生物信息学分析CETP基因在肝癌中表达及其对预后和免疫的影响

目的:探讨胆固醇酯转移蛋白(CETP)在原发性肝癌(肝癌)中表达及其对预后和免疫的影响。方法:下载GEO数据集GSE101685、GSE45267、GSE62232,以及ImmPort数据库人类免疫相关基因(IRGs),联合筛选差异表达的下调基因并选择未研究过的基因CETP。使用UALCAN和Kaplan-Meier Plotter数据库分别分析CETP在肝癌中的表达和其与肝癌患者预后的关系。LinkedOmics数据库进行基因本体(GO)分析和KEGG通路基因富集分析。Timer数据库及TISIDB数据库分析CETP与肝癌免疫细胞浸润、免疫调节剂的相关性。结果:3个肝癌数据集及ImmPort数据库筛选出共有的16个差异基因,从中选择下调的关键基因CETP。UALCAN数据库显示,与正常组织相比,CETP基因在肝癌组织中表达水平降低(P<0.05);CETP表达与美国癌症联合委员会(AJCC)分期、淋巴结转移密切相关(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析显示,CETP基因低表达患者中位生存时间37.8个月,明显短于高表达患者的61.7个月(HR=0.66,P<0.05)。GO分析显示,CETP相关基因主要参与免疫反应、白细胞粘附、细胞死亡、细胞趋化等活动;KEGG通路分析显示,CETP基因在NK细胞介导的细胞毒性、细胞因子-细胞因子受体相互作用、氧化磷酸化、Th1和Th2细胞分化等通路中富集。TIMER数据库及TISIDB数据库表明CETP与肝癌中树突状细胞、CD8+T细胞免疫细胞浸润水平及免疫调节剂相关。结论:在线数据库分析表明,CETP基因在肝癌中表达下调,CETP低表达与患者临床特征和不良预后相关,CETP表达的改变可影响免疫应答,从而可能影响患者预后。

CDC42EP2基因与肝癌预后、免疫细胞浸润关系及其对细胞迁移侵袭的影响

目的 探讨CDC42EP2基因与肝细胞癌(肝癌)患者预后和免疫细胞浸润的关系及其对细胞迁移侵袭的影响。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载肝癌组织与正常肝组织中CDC42EP2基因表达谱数据,分析肝癌组织CDC42EP2基因表达与临床病理特征的相关性,并用Kaplan-Meier Plotter数据库进行生存预后分析;利用HCCDB数据库分析CDC42EP2的共表达网络;利用TIMER2.0数据库探讨CDC42EP2表达与免疫细胞浸润的相关性;采用siRNA技术抑制HepG2肝癌细胞中CDC42EP2基因表达,qRT-PCR及Transwell实验分别检测CDC42EP2对肝癌细胞迁移和侵袭能力的影响。结果 TCGA数据库分析显示,肝癌组织CDC42EP2表达明显高于正常肝组织(P<0.05),肝癌组织CDC42EP2表达与肝癌病理组织学分级、TNM分期、TP53突变相关(P<0.05)。肝癌组织CDC42EP2高表达患者中位生存时间为41.0个月,明显低于低表达患者的84.4个月(HR=1.86,P<0.05)。CDC42EP2表达与辅助性T细胞(Th)、中央记忆型T细胞(Tcm)及Th2细胞浸润成正比,而与树突状细胞(DC)及Th17细胞浸润成反比(r=0.179,0.172,0.144,-0.125,-0.182;P<0.05)。siRNA敲低CDC42EP2基因后,HepG2肝癌细胞迁移和侵袭能力显著降低。结论 肝癌组织CDC42EP2基因高表达,其高表达与肝癌预后不良有关。敲低CDC42EP2基因可抑制肝癌细胞的迁移和侵袭能力。

肝癌肝切除术后肝衰竭的危险因素分析及列线图模型构建

目的 探讨肝细胞癌(肝癌)患者肝切除术后肝衰竭(PHLF)发生的危险因素,并构建预测PHLF的列线图模型。方法 回顾性分析2022年1月至2023年4月在中山大学附属第三医院行根治性肝切除术的188例肝癌患者临床资料。患者均签署知情同意书,符合医学伦理学规定。其中男165例,女23例;年龄24~75岁,中位年龄55岁。采用Logistic回归分析确定PHLF发生的独立危险因素,构建列线图模型,利用ROC曲线下面积(AUC)和校准曲线评价模型的区分度和校准度,并将模型与现有肝功能综合评分进行比较。结果 患者PHLF发生率25%(47/188),其中A级PHLF患者3例,B级42例,C级2例,其中1例死于PHLF。Logistic回归分析显示,ALT(OR=1.037,95%CI:1.007~1.068)、TB(OR=1.176,95%CI:1.013~1.365)、肿瘤长径(OR=1.414,95%CI:1.148~1.742)、ALBI评分(OR=0.173,95%CI:0.031~0.962)、ICGR15(OR=1.081,95%CI:1.005~1.162)是PHLF发生的独立危险因素(P<0.05)。基于ALT、ICGR15、TB和肿瘤长径构建列线图(ARTL)模型的AUC值达0.816(95%CI:0.747~0.885),具备较好的预测能力,校准曲线和校准预测曲线贴合良好,预测值与观测值较符合。ARTL模型预测效能和临床获益优于ALBI评分(AUC=0.607)、FIB-4指数(AUC=0.672)、APRI评分(AUC=0.730)。结论 ALT、ICGR15、TB、肿瘤长径和ALBI评分是PHLF发生的独立危险因素,构建的ARTL模型具有良好的预测能力,优于现有的3种肝功能综合评分系统。