N端6-甲基辛酰基化修饰对小肽KTKKKFLKKT结构的影响

得到生物活性肽的三维结构,有助于预测和理解其功能机理.研究发现对小肽KT-KKKFLKKT的N端进行6-甲基辛酰基化修饰后,其细胞毒性增强.用nnPredict服务器预测,发现该小肽具有α螺旋二级结构序列特征.为研究此修饰造成该小肽细胞毒性增强的分子机理,用AM-BER软件对该小肽进行全原子折叠模拟,发现其最低能量结构确实形成右手α螺旋,再对该结构的N端进行6-甲基辛酰基化修饰后,以分子动力学模拟计算,发现6-甲基辛酸可通过与氨基酸侧链间的疏水作用破坏小肽最低能量结构的α螺旋,增强了该小肽疏水相互作用,这可能是此修饰造成该小肽细胞毒性增强的原因所在,这为指导实验研究其细胞毒性分子机理和进一步修饰设计奠定了基础.

神经系统中富含亮氨酸重复结构的蛋白

从细菌到哺乳动物,多种物种的神经系统内都存在有一3D结构为马蹄形的富亮氨酸重复结构(LRR)蛋白,其主要在信号转导,细胞黏连,神经系统发育等过程中起作用.过去的几年内,在无脊椎动物及脊椎动物神经系统内发现了许多具LRRs的蛋白,它们参与了多种神经生理活动.对这些蛋白的功能作进一步分析,有助于揭示该蛋白家族的分子作用机制,并对进一步认识神经系统的发育等重要生理活动有所裨益.

蛋白质相互作用界面中磷酸酪氨酸质子化状态的判定研究

蛋白质相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态对蛋白质相互作用具有重要影响,在进行相关结构的计算研究时,必须对其进行准确判定.采用AMBER/parm99力场和广义波恩(GBobc)隐式水模型,以SHC1(src homology2domain-containing transforming proteinC1)的SH2(Src homology2)结构域与磷酸化激活的T细胞受体CD247链的相互作用核磁结构为例,首次以热力学积分方法对相互作用界面上磷酸酪氨酸的质子化状态进行判定研究,结果显示该方法计算精确,判定结果与实验结果一致.表明该方法不仅为涉及磷酸酪氨酸的蛋白质相互作用的计算结构研究奠定了基础,在其它具有可电离基团的氨基酸的质子化状态判定中也将具有潜在的推广应用价值.

MAPK／ERK kinase 2(MEK2)的全长三维结构

作为一种枢纽性的信号通路,Ras/Raf/MEK/ERK级联可被众多细胞外刺激激活,进而将不同刺激信号传递到不同的底物分子.其中MEK分子只有MEK1和MEK2两种,它们如何介导众多信号,一直是人们感兴趣的问题.但由于技术局限,一直难以得到MEK分子的完整三维结构,限制了对此复杂机理分子水平上的研究.利用同源模建与分子动力学模拟相结合,构建了MEK2分子的完整结构,并研究了其分子动力学特性.结果显示,MEK2的N端部分具有非常高的柔性,富脯氨酸环区和C端也具有相当的柔性.这些结构特性提示,对于不同的上游信号,MEK2有可能以相应的不同构象与ERK和/或其他上下游蛋白作用,从而导致相应不同的下游效应.