基于多特征融合的细胞特异性lncRNA的亚细胞定位预测

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在细胞生物学过程和疾病发展中扮演着关键性角色。由于lncRNA的亚细胞定位和其生物学功能密切相关,因此确定lncRNA的亚细胞定位具有重要意义。目前已有一些基于机器学习的方法来识别lncRNA的亚细胞位置,但在识别人类lncRNA的细胞特异性定位方面的相关工作仍然有限。该模型对人类细胞系lncRNA亚细胞定位问题进行了研究,提取了k-mer、CKSNAP、SRS和TSS特征信息,并对各类特征信息进行了融合,基于XGBoost和LightGBM结合的算法来预测人类细胞系lncRNA的亚细胞位置,并通过10倍交叉检验对模型进行了评估。结果表明,该模型预测人类细胞系lncRNA亚细胞定位的方法与现有的预测方法相比,预测成功率均有一定改进,其基准数据集的AUROC值最高达到92.26%。

细胞质lncRNA在ceRNA网络中对肝癌的预后作用

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的异常表达对肝癌(HCC)的发生和发展起着至关重要的作用,并且lncRNA的特定功能与其细胞内定位是密切相关的。lncRNA广泛存在于细胞质和细胞核中,而竞争性内源RNA(ceRNA)主要在细胞质中发挥作用,因而挑选出位于细胞质中的lncRNA进行研究。从癌症基因组图谱(TCGA)中获得了374例HCC组织和50例正常组织中lncRNA、microRNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的表达谱,并鉴定出差异表达基因。构建了一个HCC相关的ceRNA网络,随后通过建立LASSO Cox模型和多因素Cox回归分析,构建了基于5个lncRNA基因的预后模型,将肝癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现,该模型可能是预测肝癌患者的独立因素。研究结论显示,找到了一些参与HCC进展的潜在预后细胞质lncRNA。

基于铁死亡相关lncRNA的结肠癌预后模型的构建与分析

结肠癌是世界上第三大诊断癌症,也是癌症相关死亡的第二大原因。随着生物技术的不断发展,人们发现长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和铁死亡在结肠癌的预后中起着重要的作用。因此,研究铁死亡与lncRNA之间的关系将对改善结肠癌患者的预后生存有所帮助。本文筛选了结肠癌组织和正常组织中差异表达的铁死亡相关基因,并进行GO(Gene ontology)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析。筛选出与结肠癌预后相关的铁死亡相关lncRNA,通过LASSO分析构建了基于5个lncRNA基因的预后模型。将结肠癌样本分为高、低风险组,对该模型进行KM(Kaplan-meier)生存分析和ROC分析,KM分析结果显示高风险组的预后较差;ROC结果表明,该模型能较好地预测结肠癌的生存。本文构建的基于铁死亡相关lncRNA的预后模型可以准确预测结肠癌患者的预后状态,这为结肠癌的预后和治疗提供了一定的理论依据。

与m6A修饰和免疫基因相关的长链非编码RNA在前列腺癌中的作用

前列腺癌是男性癌症死亡的第二大原因,前列腺癌患者五年生存率仅为30%。m6A修饰和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在前列腺癌的预后中起着非常重要的作用。因此,研究m6A与lncRNA之间的关系对改善前列腺癌患者的预后生存将有所帮助。本文研究了与m6A相关的lncRNA和与免疫基因相关的lncRNA,通过LASSO分析构建了基于六个lncRNA基因的预后模型,将前列腺癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现该模型可能是预测前列腺癌患者的独立因素。通过突变数据分析发现肿瘤突变负荷与该模型存在密切联系;免疫浸润分析得出高、低风险组中免疫细胞浸润存在差异;GO和KEGG分析结果发现m6A修饰主要富集在肌肉收缩、离子通道活性上。这些研究结论有望提高前列腺癌患者的预后生存率。

大肠杆菌与酵母菌基因特定序列信息参量的研究

提出核酸序列的矩阵表示形式,按位点定义了有生物学意义的信息参数M1(l)、M2(l)和M3(l)。着重研究了不同表达水平的大肠杆菌(Escherichiacoli,E.coli)的SD序列(Shine -Dalgarnoregion,SD)以及大肠杆菌(E.coli)和酵母菌(Yeast)基因起始、终止密码子邻近区域核酸序列的碱基关联性与保守性。并求出相应矩阵的本征值 ,给出了信息参量与基因表达水平的关系。发现信息参量体现了原核生物和真核生物翻译起始区域的显著差异 。

基于离散增量结合支持向量机方法的凋亡蛋白亚细胞位置预测

根据凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,基于局部氨基酸序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,采用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)算法,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测。结果表明,在Re-substitution检验和Jackknife检验下,ID_SVM算法的总体预测成功率分别达到了94.6%和84.2%;在5-fold检验和10-fold检验下,其总体预测成功率也都达到了83%以上。通过比较ID和ID_SVM两种方法的预测能力发现,结合了支持向量机的离散增量算法能够改进预测成功率,结果表明ID_SVM是预测凋亡蛋白亚细胞位置的一种很有效的方法。

用离散量预测原核生物蛋白质的亚细胞位置

基于不同亚细胞位置中蛋白质的氨基酸组成及序列信息不同这一观点,以单个氨基酸含量及两两组合氨基酸含量为信息构成离散源,分别计算了原核生物蛋白质三类亚细胞位置的标准离散量D(Xe),D(Xp),D(Xc).利用离散增量的概念预测蛋白质的亚细胞位置,它是由这个蛋白质的离散量D(X)与三个标准离散量D(Xe),D(Xp),D(Xc)之间离散增量的最小值所决定的.采用Self-consistency检验和Jack-knife检验方法,给出了选择五组不同信息作为离散源中参数时的预测结果.与现有的方法比较,发现用Jack-knife检验法预测extracellular类蛋白质时,给出的离散量方法能够给出最好的预测性能,结果也表明提取更多有效的序列信息是提高预测精度的关键.

长春西汀注射液的过敏性、溶血性和血管刺激性的实验研究

目的研究长春西汀注射液的溶血性、血管刺激性和过敏反应,为其临床用药的安全性提供科学依据。方法按照《化学药物刺激性、过敏性和溶血性研究技术指导原则》的要求,对长春西汀注射液进行了溶血性、血管刺激性和过敏反应实验研究。结果动物实验表明,长春西汀注射液无溶血作用、无血管刺激性及致敏作用。结论长春西汀注射液在0.3 mg/ml浓度时,无溶血作用、无血管刺激性及致敏作用。

E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保守性、关联性的对比研究

计算E .coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的M1(l)、M2 (l)、M3 (l)值 ,很好地体现了原核生物E .coli和真核生物Yeast翻译起始区域的显著差异 ;矩阵P的本征值之和 ,可作为衡量不同生物基因碱基保守性、关联性强弱程度的一个指标 .

SD序列矩阵表示与保守性

提出用矩阵形式表示一组核酸序列的方法．以大肠杆菌ＳＤ序列（在起始密码子ＡＴＧ前－１～－２５位点的２５个碱基范围内）为例给出了表示各位点单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基出现的矩阵形式，并计算了体现序列的保守性、关联性的Ｍ（ｌ）值，发现大肠杆菌ＳＤ序列保守性，相邻双碱基。

PAI-1与Ⅱ型糖尿病血管病变关系的研究

目的:探讨Ⅱ型糖尿病血管病变与纤溶酶原激活剂抑制物(PAI-1)之间的关系。方法:选取46例正常人,71例Ⅱ型糖尿病患者,采用酶联免疫吸附法(ELISA)测定其纤溶酶原激活剂抑制物(PAI-1)水平。结果:无并发症糖尿病组(NOMIMA组)与正常对照组比,PAI-1无显著性差异,并发血管病变各组,PAI-1高于正常对照组,合并大血管病变组(MA组)的PAI-1比NOMIMA组升高,差异显著;合并微血管病变组(MI组)与NOMIMA组比,PAI-1有升高趋势,但差异不显著(P=0.0676);简单相关分析显示PAI-1与体重指数(BMI)(γ=0.31,P<0.05)、空腹胰岛素(InsO)(γ=0.20,P<0.05)呈正相关。多元回归分析显示BMI、InsO作为独立的因素影响PAI-1水平(β_1=0.32,P<0.05,β_2=0.46,P<0.05)。结论:Ⅱ型糖尿病合并血管病变者PAI-1水平升高,PAI-1水平可能与肥胖及胰岛素水平有关。

艾附暖宫颗粒治疗痛经的药理作用研究

艾附暖宫颗粒对正常大鼠在体子宫和离体子宫活动均有明显的抑制作用 ,并能对抗催产素引起的大鼠离体子宫的强烈收缩 ;与黄体酮有协同作用 ;促进未成年小鼠子宫、卵巢的发育。对缩宫素引起的小鼠“痛经模型”有明显的抑制作用 ,并能减少醋酸所致小鼠扭体反应次数。

LabWindows/CVI中基于ActiveX技术的Excel访问

以实际工程为背景,介绍了在LabWindows/CVI环境下,基于ActiveX技术访问Microsoft Excel 2003的方法,以及创建自动化仪器驱动器的方法。详细阐述了访问Excel具体函数的使用方法,实现了对Excel的访问。通过该工程实例,说明了本方法具有重要的工程实用价值。

用离散量方法预测细胞凋亡蛋白的亚细胞位置

细胞凋亡蛋白的亚细胞位置与它的功能紧密相联.基于一个凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,提出了一种新的预测凋亡蛋白亚细胞位置的算法离散量方法.计算了蛋白质一级序列中紧邻残基对的出现个数,作为离散源中的参数,利用离散增量极小化对四类凋亡蛋白进行定位预测.采用Zhou和Doctor使用的数据库,通过Re-sub-stitution检验和Jack-knife检验方法,离散量方法比他们使用的协变判别式算法总体预测成功率分别高1.0%和12.2%;采用我们自己整理的扩大以后的数据库,通过Re-substitution检验和Jack-knife检验方法,总体预测成功率分别为88.1%和78.1%.

基于支持向量机的多类凋亡蛋白亚细胞位置预测

基于支持向量机,以全部和局部氨基酸序列的n肽组分、序列的亲疏水性分布等五种特征提取方法构成特征向量表示蛋白质序列,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测.结果表明,基于氨基酸二肽组成成分构成的特征向量集(以符号DIPE表示)的预测结果高于其它四种特征向量集的预测结果,在Jackknife检验下,总预测成功率达到了89.3%;与现有的方法比较,发现对于Mitochondrial类凋亡蛋白,支持向量机方法有更好的预测效果.

壮肾胶囊药效学研究

壮肾胶囊 2 .2 g/kg、1.1g/kg、0 .5 5 g/kg与壮肾蜜丸 9g/kg均能使“阳虚证”小鼠体温增高 ,增加其自主活动次数及延长游泳时间 ;缩短去势大鼠电刺激引起的阴茎勃起潜伏期 ;延长小鼠低温游泳时间 ,增强小鼠耐缺氧能力 ;改善小鼠失血性”血虚”症状。蜜丸改为胶囊后 ,剂量减小 ,疗效有所增强。

PAI—1和tPA与II型糖尿病血管病变关系探讨

目的：以整体的观点，探讨Ⅱ型糖尿病血管病变与纤溶酶原激活物（ｔＰＡ）及抑制物（ＰＡＩ－１）之间的关系。方法：选取４６例正常人，７１例Ⅱ型糖尿病患者，采用酶联免疫吸附法（ＥＬＩＳＡ）定量测定ｔＰＡ及ＰＡＩ－１水平。结果：单纯糖尿病组（ＤＭ组），ＰＡＩ－１正常；并发血管病变各组，ＰＡＩ－１比对照组升高，差异显著；合并大血管病变组（ＤＭ＋Ａｔｈ组），ＰＡＩ－１比ＤＭ组升高，差异显著；

不同层次护生实习期压力源与应对方式的研究进展

临床实习是护理专业学生角色转化的重要过渡阶段,此阶段护生将面临多种压力,能否正确地应对压力,将会影响护生未来的职业取向,进而会影响到护理事业的进一步发展。不同层次的护生面临的主要压力和应对方式有所不同,意味着不同层次护生需要的减压指导也不同。文章从本科、大专、中专三个层次的护生实习期间的压力及应对方式进行综述。

初探甲状腺球蛋白抗体及微粒体抗体估价药物治疗Graves病预后的作用

采用酶联免疫吸附实验(ELISA)半定量测定正常人55例,初发60例,复发31例和31例缓解者血清TGAb、TMAb。同法测定35例Graves病人药物治疗前后TGAb、TMAb。对64例临床控制的Graves病人进行促甲状腺激素释放激素(TRH)兴奋试验。结果:(1)初、复发组TGAb、TMAb高于正常对照和缓解组(P<0.001),复发组TMAb高于初发组(P<0.001),各组间TGAb、TMAb阳性检出率有显著差异(P<0.01);(2)TGAb、TMAb于药物治疗后下降,差异有显著性(P<0.001);(3)临床控制的Graves病人TRH兴奋试验并非完全恢复正常;抗体水平与ΔTSH间无明确相关性。

艾附暖宫颗粒对大鼠子宫平滑肌影响的实验研究

艾附暖宫颗粒对正常大鼠在体内和离体子宫活动均有明显的抑制作用 ,能对抗催产素引起的大鼠离体子宫的强烈收缩 ,协同黄体酮对子宫平滑肌的抑制 ,具有明显的解痉作用。