乙型肝炎病毒相关肝细胞癌关键基因筛选及其与预后关系的生物信息学分析

目的:采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE121248,通过R软件中的“limma”数据包筛选差异表达基因(DEGs),采用“clusterProfiler”数据包对DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络并筛选关键基因。采用基因表达水平值的交互式分析(GEPIA)、Kaplan Meier-Plotter和人类蛋白质图谱(HPA)数据库验证关键基因及其蛋白质表达水平,采用“CIBERSORT”数据包分析免疫细胞的浸润情况。结果:共筛选出574个DEGs,其中上调基因173个,下调基因401个。GO功能富集分析,DEGs主要富集于小分子代谢、信号转导、免疫应答和炎症反应等生物学过程;KEGG通路富集分析,DEGs主要富集于视黄醇代谢、细胞色素P450对外源药物代谢通路和化学致癌作用等。筛选PPI网络中的细胞分裂周期20(CDC20)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、纺锤体检测点蛋白(BUB1B)、拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、Discs大同源相关蛋白5(DLGAP5)、异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)、中心体蛋白55(CEP55)、驱动蛋白超家族11(KIF11)和驱动蛋白超家族20A(KIF20A)为HBV-HCC的关键基因。GEPIA数据库分析,上述10种关键基因在HCC患者中均呈高表达。Kaplan-Meier生存曲线分析,关键基因高表达的HCC患者总生存期短于低表达患者。结论:细胞周期与病毒致癌作用相关基因(CDC20、CDK1、CCNA2和BUB1B)与HBV-HCC患者的发生发展及不良预后有密切关联,可能成为诊断标志物和治疗新靶点。

基于G-计算的高血压、抑郁在2型糖尿病与认知功能之间的因果多中介分析

目的探究2型糖尿病(T2DM)与认知功能之间的直接因果效应,以及高血压和抑郁在其因果关系中的中介效应。方法选取美国国家健康和营养检查调查(NHANES)数据库2013年至2014年60~80岁研究对象1306例,根据是否患T2DM分为对照组和T2DM组。采用G-计算因果多中介分析方法,分析二分类中介高血压、连续型中介抑郁两变量在T2DM与认知功能间的中介效应,并根据性别进行亚组分析。结果T2DM与动物词语流畅性测试、数字符号替换测试之间直接效应差异均有统计学意义,b和95%CI分别为-0.75(95%CI:-1.45~-0.04)和-4.10(95%CI:-6.02~-2.18)。高血压、抑郁在T2DM暴露与认知功能关系中起到部分中介作用,b和95%CI分别为-0.11(95%CI:-0.21~0.00)和-0.50(95%CI:-0.94~-0.05)。亚组分析结果显示,不同性别的直接、间接效应不同。结论T2DM引起认知功能下降可能由高血压和抑郁介导,性别可能是调节变量,预防、管理及治疗合并症对降低认知功能障碍发生风险有重要作用。