绵羊MSTN基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】探讨绵羊肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其对绵羊肉质性状的影响,以期为绵羊肉用性能的选育提供有效的遗传分子标记。【方法】利用液相捕获测序技术获取MSTN基因在杜泊羊(D)、滩羊(T)和小尾寒羊(XH)共91只绵羊中的变异位点,并筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点。针对筛选出的位点,利用飞行质谱检测技术对滩羊、小尾寒羊、杜泊羊和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型,并与肉质性状进行关联分析。【结果】试验筛选出的MSTN基因rs129059715位点在4个绵羊群体中共检测到3种基因型,分别为15个CC基因型、9个CA基因型及6个AA基因型,C为优势等位基因(除杜滩寒三元杂交羊外)。在杜泊羊、滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在小尾寒羊群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05);在杜泊羊和小尾寒羊群体中均处于低度多态(PIC<0.25);在滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处于中度多态(0.25<PIC<0.50)。关联分析发现,rs129059715位点CA基因型个体背膘厚和反亚油酸含量均极显著高于CC基因型(P<0.01),净肉率、肾脏重及脂肪、十一碳酸、十三碳酸和十五碳酸含量均显著高于CC基因型(P<0.05);CC基因型个体肌纤维直径显著高于AA基因型(P<0.05),pH显著高于CA基因型(P<0.05);其他性状各基因型间均无显著差异(P>0.05)。【结论】试验经液相捕获测序技术获得MSTN基因具有差异显著的rs129059715位点,其对绵羊的屠宰性能、肉品质、脂肪酸含量均有显著影响,rs129059715位点可作为产肉性能和肉品质的潜在候选标记。

绵羊GRM 1基因多态性及其与肉质性状的相关性

为探究绵羊代谢型谷氨酸受体1基因(GRM 1)多态性及其对绵羊肉质性状的影响,以期为绵羊肉质性状选育提供有效的遗传分子标记。采用液相捕获测序技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)3个绵羊群体共91只绵羊的GRM 1基因进行测序,筛选出2个多态位点rs403075278和rs415006419。利用飞行质谱检测技术对滩羊(T)、小尾寒羊(XH)、杜泊羊(D)和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型,对筛选出的位点与肉质性状进行关联分析。结果显示:不同基因型绵羊的肉质性状存在显著差异,GRM 1基因rs415006419位点的CT基因型绵羊肾的质量显著(P<0.05)大于TT基因型,TT基因型绵羊肌肉的酪氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型。rs403075278位点TT基因型绵羊的宰前活重、胴体重、净肉重、十二指肠长度,以及心、肺和肾的质量均极显著(P<0.01)大于CT基因型;TT基因型绵羊的背膘厚、净肉重、脾的质量、肌肉的脂肪、钙含量、苯丙氨酸和组氨酸含量显著(P<0.05)高于CT基因型;CT基因型绵羊的pH值、剪切力和失水率极显著(P<0.01)大于TT基因型;CT和TT基因型的其余屠宰性能、肉品质和肌肉营养成分含量均无显著差异(P>0.05)。以上结果表明,GRM 1基因可以作为绵羊肉质性状的候选基因,rs415006419和rs403075278位点可以作为绵羊生长发育和产肉性能的候选遗传标记。

绵羊RFXANK基因多态性与肉用性状的关联分析

【目的】探究绵羊(Ovis aries)RFXANK基因多态性及其与肉用性状之间的关系,为优质肉羊育种提供有效的分子遗传标记。【方法】采用液相捕获技术测定杜泊羊(D)、小尾寒羊(XH)和滩羊(T)3组91头羊,通过液相捕获技术获取RFXANK的突变位点,并从中选出3个多态位点(rs160009883、rs420498050、rs405773959)。针对筛选出的位点,采用飞行质谱检测技术对杜滩寒三元杂交羊(DTH)、杜泊羊、小尾寒羊和滩羊共30只进行遗传分型,并与其肉用性状进行关联分析。【结果】rs160009883位点AA基因型宰前活重、胴体重、净肉重极显著高于CC基因型(P<0.01),AA基因型净肉率显著高于CC基因型(P<0.05),CA基因型净肉重显著高于CC基因型,AA、CA基因型胸围显著高于CC基因型;rs420498050和rs405773959位点AA基因型宰前活重、屠宰率、净肉重、胴体重、净肉率极显著高于GG基因型,AA基因型胸围、背膘厚显著高于GG基因型;3个位点不同基因型与GR值、肌纤维直径、肌纤维密度、蛋白质、肌苷酸、丙氨酸和缬氨酸均呈显著相关,与各内脏器官重量差异显著。【结论】RFXANK基因的3个位点对绵羊肉用性状具有显著影响,可作为绵羊肉用性状的分子标记之一,为提高杜泊羊、小尾寒羊和滩羊群体肉用性状提供参考。

不同品种绵羊肌内脂肪沉积相关miRNA的筛选与功能预测

为明确不同品种绵羊(Ovis aries)肌肉组织miRNA的表达情况,筛选影响绵羊肌内脂肪沉积的关键miRNA,以滩羊、杜泊羊和小尾寒羊为研究对象,测定背最长肌肌内脂肪含量并对其进行转录组测序(RNA-Seq),筛选绵羊脂肪沉积相关的差异表达miRNA。结果表明,滩羊肌内脂肪含量显著高于杜泊羊,极显著高于小尾寒羊;杜泊羊肌内脂肪含量显著高于小尾寒羊。转录组测序质量良好。3个品种绵羊共鉴定到134个已知miRNA和153个预测miRNA,这些miRNA的长度主要介于21~23 nt,且首位碱基对U碱基具有明显偏好性。以P≤0.05和|log 2 FC|>1(FC为差异倍数)为筛选条件,3个比较组共获得42个差异表达miRNA;杜泊羊与滩羊比较组中筛选出22个差异表达miRNA;小尾寒羊与杜泊羊比较组中筛选出21个差异表达miRNA;小尾寒羊与滩羊比较组中筛选出12个差异表达miRNA。筛选出的42个miRNA靶向到326个靶基因,显著富集到减数分裂I、肌肽-寡糖1,2-α-甘露糖苷酶活性和甘露寡糖甘露糖苷酶活性等303个基因本体(GO)条目,以及富集到α-亚麻酸代谢、亚油酸代谢、多巴胺能突触、胰岛素信号传导途径及N-聚糖生物合成等320个京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路。根据GO和KEGG的功能描述进一步筛选出23个miRNA及其靶向的119个靶基因可能参与脂肪沉积。进一步构建miRNA靶向调控网络,最终筛选到oar-miR-133、oar-miR-485-5p、novel_6、novel_85和novel_103等绵羊肌内脂肪沉积的关键miRNA。随机选择的8个差异表达miRNA的实时荧光定量PCR结果与转录组测序结果一致,表明转录组测序结果可靠。本研究为深入开展绵羊肌内脂肪沉积的分子调控机理、高品质绵羊品种的选育提供理论依据。