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题名痕量样本高通量测序文库构建
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作者
李博星
陈楠
陶许诺
陈璐萍
朱宝利
律娜
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机构
中国科学院微生物研究所
中国科学院遗传与发育生物学研究所
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出处
《食品安全质量检测学报》
CAS
北大核心
2021年第17期6835-6842,共8页
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基金
国家重点研发计划项目(2018YFC1603900、2017YFA0505901)。
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文摘
目的通过调整建库过程中的测序接头加入量、片段选择的执行与否、文库扩增循环数等条件,建立一种基于Illumina测序平台的高效稳定的痕量样本高通量文库构建方法。方法采用不同类型的样本,设计不同起始DNA量(最低至0.1 ng)的文库构建策略,主要对接头使用量、扩增循环数等进行优化,并通过数据分析评估文库质量。结果对于起始量低至0.1 ng的DNA样本,基因组文库构建成功率达100%。对于基因组较小的细菌,0.1 ng的起始DNA量的数据组装效果与100 ng起始DNA量相近;对于基因组较大、结构复杂的细菌,0.1 ng的起始DNA量的数据组装效果显著差于100 ng起始DNA量,但可通过增加测序数据量的方法提高组装效果。对于元基因组测序,起始DNA量为1ng时,制备的测序文库与常规起始DNA量制备的文库得到的微生物群落结构相近。结论本研究建立的0.1 ng起始DNA量文库构建方法稳定,可用于更多微生物基因组测序、元基因组测序的应用领域。
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关键词
高通量测序
文库构建
微生物
痕量
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Keywords
high throughput sequencing
library construction
microorganism
trace
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分类号
TS207.4
[轻工技术与工程—食品科学]
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