叶尔羌高原鳅鳃组织TLRs基因家族成员鉴定及生物信息学分析

为探究叶尔羌高原鳅(Triplophysa yearkandensis)免疫系统中TLRs基因家族的多样性、进化关系和功能特征,基于该物种鳃组织的高通量二代转录组测序数据进行了生物信息学分析,在对该物种TLRs基因家族进行鉴定的基础上分析了其系统发育和蛋白功能。结果表明,叶尔羌高原鳅鳃组织中存在11个TLRs基因家族成员,分别为TLR1、TLR2、TLR3、TLR5、TLR7、TLR8、TLR9、TLR13、TLR18、TLR22和TLR25,其中TLR7、TLR9和TLR13缺失5′端序列,而其余序列均完整。TLRs基因家族成员系统发育分析发现,可以将11个基因分为5个亚家族。蛋白功能分析发现,各个TLR基因都含有富含亮氨酸重复结构域以及TIR结构域。物种间系统发育分析显示,叶尔羌高原鳅与西藏高原鳅(Triplophysa tibetana)和玫瑰高原鳅(Triplophysa rosa)在TLRs基因家族成员方面分别聚为一类,说明3个物种亲缘关系相近。研究结果有助于深入了解叶尔羌高原鳅TLRs基因家族的进化关系和免疫功能,同时也为该物种的遗传资源保护和养殖利用提供理论基础。

基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析

为了解鳅科(Cobitidae)鱼类线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息,利用生物信息学方法对已知的40种鳅科鱼类线粒体全基因组进行比对分析,用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示:(1)鳅科鱼类线粒体基因组全序列长度在16553~16937 bp之间,基因组的结构特征及基因排列顺序与其他硬骨鱼类一致。(2)鳅科鱼类线粒体全基因组一致序列长度为17483 bp,变异位点数为8039(45.9%),Kimura双参数平均遗传距离为0.19。在13个蛋白质编码基因中,ND2的变异程度(58.9%)和平均遗传距离(0.28)最大,变异程度最小的是12S rRNA(30.5%),tRNA拼接序列的平均遗传距离最小(0.07)。(3)Cox1、ND5、Cytb基因是进行鳅科鱼类系统发育分析较为理想的分子标记,NJ系统发育树显示,条鳅亚科(Noemacheilinae)是最早分化出来的一枝群系,位于祖先位置,沙鳅亚科(Botiinae)和花鳅亚科(Cobitinae)亲缘关系更近,互为姐妹群系。本研究为鳅科鱼类进化学研究和分子标记的选取提供参考依据。

草鱼源鲁氏耶尔森菌的分离鉴定及药敏试验

为查明临沂蒙阴县某草鱼养殖场出现草鱼暴发性死亡的病因,从患病草鱼肝脾肾混合组织中分离纯化菌株,通过形态学观察、16S rRNA基因序列及其系统发育分析,确定其分类地位,利用药敏纸片扩散法检测其耐药特性。结果表明,分离的菌株是一种短杆状革兰阴性菌,在LB平板上形成表面光滑、边缘整齐、不透明的圆形乳白色菌落;基于16S rRNA基因序列构建系统发育树显示,该菌株与鲁氏耶尔森菌(Yersinia ruckeri)聚在同一分支,序列同源性高达100%;在1%氯化钠(NaCl)胰胨水、3%NaCl胰胨水、鸟氨酸脱羧酶、赖氨酸脱羧酶、MR-VP、β-半乳糖苷酶、甘露糖、甘露醇等8项试验中,结果呈阳性,与鲁氏耶尔森菌特征相近,确定分离株为鲁氏耶尔森菌。该菌株具有多重耐药性,对万古霉素、麦迪霉素、头孢唑啉、红霉素等6种药物耐受;对环丙沙星、头孢曲松、诺氟沙星、四环素等14种药物敏感。

关于豆豉微生物多样性和挥发性成分检测技术及其关联分析的研究进展

豆豉作为我国的一种传统发酵豆制品,因其独特的风味和促进健康的特点深受人们的青睐。文章对目前豆豉微生物多样性和挥发性成分的检测技术和进展及两者的相关性分析进行了综述,较全面地对有关豆豉的研究现状进行了总结,以期对进一步研究豆豉的核心风味功能菌群和相关行业提供一定的参考。

一株草鱼源荧光假单胞菌的分离鉴定及其耐药特性分析

为探究临沂市某草鱼养殖场发生病害的原因,从患病的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肝脏和肾脏混合组织中分离得到一株优势致病菌G-13,通过细菌形态学观察、革兰氏染色、生理生化特征、16S rRNA基因测序,以及系统发育分析等完成菌株鉴定,并测定其耐药特性。形态特征显示G-13是一种短杆状的革兰氏阴性菌,在LB固体平板上形成乳白色、圆形、整体呈隆起状、边缘较为整齐、表面光滑湿润的菌落;16S rRNA系统发育进化分析发现G-13与荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)聚在一支,序列同源性高达100%;生理生化试验显示葡萄糖、精氨酸双水解酶、鸟氨酸脱羧酶、赖氨酸脱羧酶、氧化酶、无盐和3%NaCl胰胨水等7项指标为阳性,与假单胞菌属特征相近,确定分离株G-13为P.fluorescens。药敏试验结果显示菌株G-13对丁胺卡那、多西环素、四环素、新霉素、环丙沙星、氧氟沙星等13种抗生素敏感,对氨苄西林、头孢拉定、克林霉素、呋喃唑酮等7种抗生素耐药。

多重耐药维氏气单胞菌porin基因敲除的构建及其耐药特性研究

目的研究微孔蛋白基因porin对维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,A.veronii)耐药性的影响以解析A.veronii的耐药机制。方法以多重耐药的A.veronii WL-3为研究对象,采用同源重组双交换的方法构建Δporin敲除株,利用比浊法测定其生长曲线,通过药敏纸片法分析其耐药性。结果以A.veronii WL-3基因组DNA为模板,利用overlap聚合酶链式反应技术扩增获得上下同源臂融合片段,并连接至自杀质粒pDM4中,重组成敲除质粒pDM4-Δporin。将pDM4-Δporin转化至感受态大肠杆菌SM10中,通过接合转移转入A.veronii WL-3中。通过同源重组双交换构建A.veronii WL-3Δporin敲除株。生长曲线显示与野生株相比,Δporin菌株的生长速度并无明显变化;抗生素耐药特征分析显示敲除porin基因会降低A.veronii对头孢氨苄、新霉素、四环素、环丙沙星等10种抗生素的敏感性,提高对多粘菌素B的敏感性。结论基因porin不是A.veronii生长所必需的,但会影响A.veronii对部分抗生素的敏感度。本研究所构建的敲除株可为深入研究porin在A.veronii的耐药机制提供必要材料。

高校遗传学课堂模式改革探析

遗传学是生物类本科专业最重要的专业基础课之一,生物技术、生物科学、生物工程和生物制药等专业均需修读该课程.因此,遗传学课程的建设一直受到广泛重视.通过对遗传学的教学内容进行优化,利用丰富多变的教学手段、信息化教学资源,利用有效的课堂教学模式,结合"过程+结果"的多元化考核方式,探讨出高校遗传学的课程改革的思路与方法,提高了课堂效益,发挥了创新创业教育项目的示范作用.

高原鳅属鱼类线粒体DNA和微卫星标记开发研究进展

高原鳅属Triplophysa鱼类主要分布于亚洲中部的高原地区,对高原环境表现出极强的适应性,是世界上已知分布海拔最高的鱼类。本文通过综述高原鳅属鱼类线粒体DNA、微卫星标记开发的研究现状以及保护遗传学研究进展,为该属鱼类资源的保护提供遗传参考数据。

基于16S rRNA高通量测序评价患病草鱼体表及肝脏细菌多样性

草鱼是一种重要的淡水养殖鱼类,但因经常暴发细菌性疾病,造成相关养殖产业重大经济损失。利用16S rRNA基因V4区高通量测序,实现快速评价2个不同养殖池内患病草鱼溃烂皮肤组织和肝脏中细菌的群落结构及多样性。试验结果显示,1号池草鱼皮肤和肝脏的运算分类单元数(611个和875个)较2号池(376个和644个)多;α多样性分析结果显示,1号池草鱼肝脏中的菌群丰度和多样性最高;β多样性分析结果显示,1号池草鱼的皮肤、2号池草鱼的皮肤与2号池草鱼的肝脏群落结构相似,但1号池草鱼的肝脏与这3个样品存在差异,分析推测1号池草鱼感染情况较2号池复杂。患病草鱼皮肤和肝脏细菌群落结构以拟杆菌门和变形杆菌门为优势菌门,以黄杆菌属和希瓦氏菌属为优势菌属,推测其是引发本次草鱼病害的优势病原细菌。试验结果可为前期病害防治提供科学依据,也可为后期细菌分离鉴定提供优势菌群的参考。

一株河鲈源致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株的全基因组测序及比较基因组分析

致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌,其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于Illumina PE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序,对测序数据进行组装和组分分析,进行基因预测与功能注释,预测次级代谢产物合成基因簇,并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示,CHL02基因组大小为36.17 Mb,GC含量为53.09%;预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个t RNA;共注释7724个基因,其中,1985个基因获得KOG注释,GO聚类分析中,2687个基因参与代谢过程,预测到22个次级代谢产物合成基因簇,1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示,CHL02菌株与参考菌株昆虫源粗糙虫草菌(C.confragosa)RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C.confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基本特征,与参考菌株进行比较基因组分析,为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定理论基础。

乌鳢源维氏气单胞菌的分离鉴定及其生物学特性研究

为探究引发山东省临沂市某养殖场乌鳢(Channa argus)体表溃烂病的病原菌,从患病乌鳢病灶处分离出一株优势菌株WL-3,通过形态学特征、革兰染色、生理生化特性及16S r RNA和gyrB基因系统发育分析,完成菌株分类鉴定,检测其环境适应性、药物敏感性和毒力基因。结果显示,WL-3在LB平板上呈边缘整齐、中间隆起、表面光滑湿润的淡黄色圆形菌落,为革兰阴性菌;16S r RNA和gyrB基因系统发育进化分析显示,WL-3与维氏气单胞菌的亲缘关系最近,同源性分别高达99.70%和99.81%;生理生化试验表明,葡萄糖、蔗糖、甘露醇、乳糖、甘露糖、精氨酸双水解酶和V-P试验等7项指标为阳性;药敏试验显示,WL-3对头孢唑啉、头孢氨苄、头孢拉定、头孢呋辛、丁胺卡那、新霉素、氯霉素、氧氟沙星等16种抗生素敏感,对氨苄西林、多西环素、卡那霉素、红霉素、四环素、复方新诺明等12种药物具有较强耐药性;WL-3在温度为25~37℃(最适温度为37℃)、pH值为5~8(最适pH值为7)时可生长,说明该菌株具有较强的环境适应能力;毒力基因检测显示,WL-3携带了aer、alt、ahyB、act等4种毒力基因。

《遗传学》课程思政教育的探索和实践

在高校专业课的教学中,融入思想政治理论教育,是中国特色社会主义教育的必然要求。依托《遗传学》课程,笔者对此做了一些初步的探索尝试,在教学过程中根据课程特点,选择理想的思政素材,摸索课程思政融入教学内容的切入点,把握好思政时机与方法,课程思政起到了积极的影响,取得了较好效果。