基于转录组测序的中华鳖SSR和SNP特征分析及性别标记筛选

【目的】挖掘更多中华鳖(Pelodiscus sinensis)性别分子标记,为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据,利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息,开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341632条Unigenes,识别到14804个SSR位点,含有SSR位点的Unigenes序列数量为13904条,占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到6种不同核苷酸重复类型,单核苷酸串联重复基元类型的含量最多(10981个),占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11~15次为主(6173个),占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10~14 bp,占SSR总数的50.01%。搜索到32299个SNP位点,SNP的分布密度为1/1339 bp。SNP变异类型以转换类型为主,转换类型占70.05%,颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现,在31~100范围内,SNP数目最多,占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptpn11基因上与性别紧密关联的SNP位点(29144910),为中华鳖性别分子标记提供候选基因和标记。

乌鳢与白乌鳢肌肉营养成分分析与评价

采用国际标准检测方法,对乌鳢(Ophicephalus argus)和白乌鳢(Opniocepnalus argus var)进行肌肉品质及营养成分分析,并依据FAO/WHO标准进行评价。结果显示:乌鳢水分和粗蛋白含量显著低于白乌鳢,而灰分及粗脂肪含量两者间差异不显著;乌鳢和白乌鳢的第一限制性氨基酸均为缬氨酸(Val),必需氨基酸指数(EAAI)分别为66.90和65.39;乌鳢的饱和脂肪酸(SFA)及单不饱和脂肪酸(MUFA)含量高于白乌鳢,差异显著,而白乌鳢的多不饱和脂肪酸(PUFA)含量高于乌鳢,差异极显著,且白乌鳢二十碳五烯酸和二十二碳六烯酸(EPA+DHA)的含量极显著高于乌鳢;在矿物质中,白乌鳢肌肉中的Cu、Ca、Zn显著高于乌鳢。结果表明,白乌鳢比乌鳢具有更高营养价值。

岩原鲤致病性维氏气单胞菌的分离与鉴定

目的 2016年6月从重庆永川某养殖场濒临死亡的岩原鲤内脏分离到一株维氏气单胞菌,分析其生物学特征,为预防和治疗该病提供理论依据和参考。方法从患病鱼体获得一株致病菌YY01,经形态学观察、生理生化特性测定、16S rRNA和gyrB基因序列分析其分类地位;通过人工感染试验和毒力基因检测确定其致病性,并同时开展药物敏感试验筛选其敏感药物。结果病原菌16SrRNA与gyrB序列构建的进化树显示该菌与维氏气单胞菌同聚为一支,相似性在99%以上;结合其形态学特征和生理生化特性,确认为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)。人工感染试验结果显示菌株YY01对岩原鲤的半致死量为5.06×104 CFU/g。通过病原菌毒力基因检测发现,能从菌株YY01基因组中扩增到气溶素(Aer)、溶血素(Hly)、外膜蛋白(OmpA)和黏附素(Aha)4种毒力基因。药敏试验表明菌株YY01对多粘霉素B、阿米卡星、先锋霉素V等22种药物敏感;对青霉素、羧苄西林等11种药物耐药。结论所检出的维氏气单胞菌为岩原鲤的致病菌,该菌对岩原鲤有较强的致病性。

150种中草药体外抑杀维氏气单胞菌的药效研究

采用平板打孔法测定了五倍子(Galla chinensis)等150种中草药对维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)的体外抑制作用,并采用二倍稀释法测定具有良好抑菌活性的54种中草药对维氏气单胞菌的最小抑菌浓度(MIC)和最小杀菌浓度(MBC)。结果显示:五倍子(G.chinensis)、石榴(Punica granatum)皮、地榆(Sanguisorba officinalis)和乌梅(Prunnus mume)的抑菌效果最好,抑菌圈直径在20 mm以上,其中,五倍子(G.chinensis)抑菌作用和杀菌作用最强,MIC和MBC均为1.95 mg/m L;地榆(S.officinalis)次之,MIC和MBC分别为1.95 mg/m L和3.91mg/m L;虎杖(Polygonum cuspidatum)、黄柏(Phellodendron chinense)、香薷(Mosla chinensis)等16种中草药具有中等抑菌效果;木瓜(Chaenomeles sinensis)、萹蓄(P.aviculare)、桉树(P.aviculare)叶等34种中草药抑菌效果较弱;海风(Piper kadsura)藤、柴胡(Bupleurum chinense)、茵陈(Artemisia scoparia)等96种中草药无抑菌作用。

饲料蛋白水平对台湾泥鳅幼鱼生长、饲料利用率及免疫酶活性的影响

本研究旨在评价饲料蛋白水平对台湾泥鳅(Paramisgumus dabryanus ssp)幼鱼生长性能、饲料利用率及免疫酶活性的影响。选用初始体重为(8.57±0.35)g的台湾泥鳅720尾,随机分成4组,每组设置3个重复,每个重复60尾鱼,分别投喂蛋白水平为25%、30%、35%和40%的实验饲料,养殖时间为60 d。结果显示,随着饲料蛋白水平的升高,台湾泥鳅幼鱼末重(FW)、特定生长率(SGR)和饲料效率(FER)先上升,饲料蛋白水平≥35%后,进入平台期。蛋白质效率(PER)、蛋白质沉积率(PRE)和成活率(SR)均呈先升高后降低的变化趋势。摄食率(FR)则呈逐渐降低的趋势。基于FW、SGR和FER的折线模拟结果表明,台湾泥鳅幼鱼达到最佳生长速度及饲料效率的饲料蛋白水平为34.57%~35.37%。通过二次多项式回归分析可知,台湾泥鳅幼鱼蛋白利用率最高时的饲料蛋白水平为33.61%~34.68%。随着饲料蛋白水平的升高,台湾泥鳅幼鱼超氧化物歧化酶(SOD)活性呈先升高后趋于稳定的变化趋势,过氧化氢酶(CAT)活性呈先升高后降低的变化趋势;谷丙转氨酶(GPT)和谷草转氨酶(GOT)均呈先升高后降低的变化趋势。由此得出,适宜的饲料蛋白水平可促进台湾泥鳅幼鱼的生长,提高饲料效率,增强免疫酶活性。在本实验条件下,综合考虑生长性能、饲料利用率及免疫酶活性,台湾泥鳅幼鱼饲料最适蛋白水平为34.68%~35.37%。

黄颡鱼源维氏气单胞菌Aha和gyrB基因双重PCR检测方法的建立

为建立一种快速、准确检测黄颡鱼源维氏气单胞菌(A.veronii)的方法,本研究根据A.veronii菌株RC110724黏附素基因(Aha)和促旋酶B亚单位基因(gyrB)序列设计引物,经条件优化建立了A.veronii的双重PCR检测方法。结果显示该方法可以同时扩增出A.veronii 419 bp和745 bp两条特异性的片段,而对嗜水气单胞菌、迟缓爱德华菌、副溶血性弧菌、麦氏弧菌、荧光假单胞菌、金黄色葡萄球菌、柱状黄杆菌、肺炎克雷伯氏菌、无乳链球菌、舒伯特气单胞菌扩增结果为阴性;该方法对A.veronii标准株ATCC35624和RC110724基因组DNA和菌体检测下限分别为6.6×10^(-3)ng/μL和3.2×10~2cfu/mL。利用建立的双重PCR方法对30份临床样品进行检测,结果与细菌传统分离鉴定符合率为100%。同时,双重PCR可以检出菌株RC110724人工感染的黄颡鱼肝、脾和肾组织中的细菌DNA,对肝和脾脏组织的样品检测效果最好。本研究建立的双重PCR检测方法特异性好,具有较高的检测灵敏性,可用于黄颡鱼等A.veronii感染病例的快速诊断和流行病学监测。

热应激对银鲫生化指标和HSP70 mRNA表达的影响

本研究旨在探讨热应激对银鲫(Carassius auratus gibelio)生化指标及肝脏HSP70 mRNA表达的影响,选取平均体重为(72.8±10.1) g的银鲫,分别在热应激前(25℃,对照组)、热应激后(32℃,0 h、2 h、6 h、10 h)和恢复适温后6 h (25℃,恢复组)的条件下,测定机体血浆乳酸(LD)、血浆葡萄糖(Glu)、肝糖原(Gly)、己糖激酶(HK)、丙酮酸激酶(PK)和肝脏HSP70 m RNA表达量变化。研究表明,实验组乳酸含量从热应激开始至恢复期,差异始终不显著(P>0.05);实验组血浆葡萄糖水平在热应激后0 h、2 h、6 h,极显著高于对照组(P<0.01);实验组肝糖原水平在热应激0 h时,极显著高于对照组(P<0.01),其余时间点差异不显著(P>0.05);己糖激酶活力在热应激后2 h,显著高于对照组(P>0.05);丙酮酸激酶活力在热应激后6h,极显著高于对照组(P<0.01);热应激后2h,肝脏中HSP70 m RNA表达量达到最高(P<0.01),恢复至适温后,表达量与应激前无差异(P>0.05)。本研究为进一步探究银鲫的高温应激作用机制及调控机理提供参考数据,同时,也为银鲫养殖和育种等生产实践提供相应参考依据。

银鲫crh基因的克隆、组织表达谱及其对摄食的影响

为研究crh(Corticotropin-releasing hormone)基因对鱼类摄食的调控作用,首次克隆了银鲫(Carassius auratus gibelio)crh基因cDNA全长序列。运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测crh基因mRNA在不同组织的表达及餐前、餐后和禁食对其表达的影响。结果显示,银鲫crh基因的cDNA序列全长为920 bp,其中,5-UTR为53 bp,3-UTR为378 bp,开放阅读框(Open reading frame,ORF)为489 bp。推导银鲫crh基因的ORF区编码蛋白由162个氨基酸组成,其中,含有11个氨基酸的保守区,24个氨基酸的信号肽,41个氨基酸的成熟肽。氨基酸序列的多重比较分析显示,银鲫crh基因与金鱼(Carassius auratus)的同源性为99%,与鲤(Cyprinus carpio)的同源性为96%。荧光定量PCR表达分析显示,银鲫crh基因在下丘脑中的表达量最高,其次是端脑和心脏。crh基因的表达量在餐前与餐后没有显著变化(P>0.05),在禁食第5天、第7天出现极显著降低(P<0.01),而在复投喂后第9天、第11天出现极显著升高(P<0.01)。以上结果显示,crh基因在银鲫摄食调控方面可能扮演着重要角色。

剑尾鱼趋化因子CCL4和CCL19基因的克隆及嗜水气单胞菌感染对其组织表达的影响

趋化因子是一类能够吸引白细胞移行到感染部位的低分子量(8~10 ku)蛋白质,在炎症反应、非特异性免疫反应中具有重要作用。实验克隆了剑尾鱼2个趋化因子基因(CCL4、CCL19)c DNA序列,运用荧光定量PCR技术检测其在健康组织和嗜水气单胞菌感染后肝、脾中的表达情况。结果显示,剑尾鱼CCL4和CCL19开放阅读框长度分别为294和333 bp,分别编码97和110个氨基酸,推导氨基酸序列均含有趋化因子CC家族标志性的4个半胱氨酸残基,与其他物种尼罗罗非鱼、鼠、狗、人、鸡的氨基酸序列相似性比较,CCL4相似度分别为71.1%、33%、33%、31%、23.5%;CCL19相似度分别为62%、26.9%、24.5%、26.6%、27.8%。在检测的健康剑尾鱼8个组织中,CCL4和CCL19均有表达,其中CCL4和CCL19均在脾脏中表达量最高;CCL4在肌肉和肠中表达量较低,而CCL19则在心脏中表达量较低。经嗜水气单胞菌感染后,CCL4在剑尾鱼头肾中12 h表达量达到最高,在肝脏中24 h表达量最高;CCL19在头肾和肝脏中均在24 h时表达量最高。研究表明,趋化因子CCL4和CCL19可能参与剑尾鱼机体免疫调节反应,在抗嗜水气单胞菌感染过程中发挥了重要作用。

牛至油在水产饲料上的应用及研究进展

目前,植物提取物类饲料添加剂被认定为＂安全、高效、稳定、可控＂的饲料添加剂。牛至油是抗菌活性很强的一类植物提取物,主要包括香芹酚和百里香酚等30多种活性成分。1985-1999年,英国美瑞康公司对牛至进行的大量研究,培育出的活性物质含量丰富的牛至新亚种。

中华鳖组蛋白H2A变体克隆及其在卵母细胞中的表达分析

为研究组蛋白H2A对龟鳖动物生殖细胞发育分化作用和机制,克隆了中华鳖(Pelodiscus sinensis)组蛋白H2A变体的同源物(命名为PsH2A),分析其转录本的表达模式及在卵巢发育成熟过程中的细胞定位。PsH2A cDNA序列全长575 bp,5′端非编码区68 bp,3′端非编码区108 bp,开放阅读框399 bp,编码133个氨基酸。氨基酸序列比对结果显示其与龟类的H2A变体同源性更高,与哺乳类同源性较低。RT-qPCR和RT-PCR结果显示,PsH2A转录本在1冬龄、2冬龄和3冬龄的中华鳖卵巢中高表达(P<0.01),而在精巢和其他成体组织中几乎检测不到。化学原位杂交结果显示,PsH2A mRNA在卵母细胞中特异性表达,其中初级卵母细胞中表达信号最强,且均匀的分布在细胞质中。随着卵母细胞发育成熟进入到生长期和成熟期后,目的信号逐渐减弱,并且主要在核周区域表达。此外,PsH2A mRNA的相对表达量也表现出中华鳖卵巢发育的季节性变化。综上,研究结果表明PsH2A在中华鳖卵母细胞发育过程中可能发挥着重要作用。

不同贮藏温度及时间对白乌鳢肌肉品质及营养成分的影响

为研究不同贮藏温度及时间对白乌鳢(Opniocepnalus argus var)肌肉品质及营养成分的影响。对白乌鳢肌肉在不同温度条件下(0℃、4℃和-20℃)贮藏24、48和72 h后的pH、红度、明度、黄度、持水力、剪切力和挥发性盐基氮TVB-N,以及水分、粗脂肪、粗灰分、粗蛋白、氨基酸、脂肪酸和矿物质进行测定。结果表明,随着贮藏时间的延长,相同温度条件下白乌鳢肌肉的TVB-N值、明度、黄度和蒸煮损失率逐渐升高,pH值在4℃条件下先降低后升高,其余各肌肉品质及营养指标总体呈下降的趋势。贮藏72 h后,0℃和-20℃条件下肌肉的TVB-N值、明度、黄度和蒸煮损失率均显著低于4℃(P<0.05),其余各品质指标和营养成分指标显著高于4℃(P<0.05)。总之,随着贮藏时间的延长,白乌鳢肌肉品质和营养价值逐渐降低,而低温有利于减缓其降低的速率,为白乌鳢贮运保鲜提供了一定的理论支持。

白乌鳢幼鱼小瓜虫病的防治

白乌鳢(Opniocepnalus argus)俗称白甲乌鱼、白鱼,体色较浅呈灰白色,是人工定向选育获得的养殖品种,其生长速度快,对环境适应力强,且耐低氧,而深受养殖户的喜爱。白乌鳢营养丰富、味道鲜美,肌肉中的必需氨基酸组成均衡、多不饱和脂肪酸及矿物质含量丰富,具备一定的保健功能,特别是对术后和产后恢复有较好的促进作用。

白乌鳢幼鱼小瓜虫病的防治

目前,在白乌鳢养殖过程中,幼鱼阶段易感染小瓜虫,当小瓜虫大量寄生在鱼体时,会在鱼体表面形成大量白点,造成表皮腐烂、脱落、蛀鳍等严重的损伤,几天内即可导致病鱼呼吸困难而大量死亡,从而给养殖户带来巨大的经济损失。笔者采用辣椒和生姜合剂对白乌鳢小瓜虫病取得了较好治疗效果,现将有关情况总结如下,仅供参考。

2种充气模式中华鳖工厂化养殖水体水质及微生物群落结构

【目的】研究2种充气模式对中华鳖(Pelodiscus sinensis)工厂化养殖水体微生态环境的作用效果。【方法】使用EPDM微孔管(MA)和PVC普通通底管(DG)两种充气模式对该物种工厂化养殖水体进行充气,分析水体的水质状况和微生物群落结构。【结果】1)微孔管的充气效率明显优于通底管。MA组的水体溶解氧含量(DO)显著高于DG组(P<0.05),亚硝态氮含量(NO2--N)显著低于DG组(P<0.05)。2)两种充气模式的微生物群落结构差异显著。在门水平,MA组微生物群落组成为变形菌门(Proteobacteria,44.81%)、髌骨细菌门(Patescibacteria,13.15%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes,10.49%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,9.56%),DG组优势菌门较为集中,66.99%为变形菌门,12.81%为髌骨细菌门。在科水平,MA组的优势菌科为红环菌科(Rhodocyclaccae,34.07%)和芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae,10.48%),DG组的优势菌科为红杆菌科(Rhodobacteraceae,41.25%)和红环菌科(17.32%)。在已鉴定的属水平类群中,MA组以自养或好氧微生物类群为主,DG组则以厌氧性或间性厌氧性反硝化菌类为主;两种充气方式Denitratisoma属相对丰度最高,其相对丰度与pH和DO存在显著负相关关系,条件致病菌Escherichia-Shigella属的相对丰度DG组显著高于MA组。3)MA组微生物Alpha多样性指数显著高于DG组(P<0.05)。PCoA分析表明,两种充气模式的水体微生物群落组间存在显著差异(P<0.05)。【结论】使用微孔管充气可稳定中华鳖工厂化养殖水体水质,改善水体微生物群落结构。

生鱼的养殖及管理

生鱼是群众对斑鳢、乌鳢等鳢科鱼类的俗称,地方名又叫黑鱼、财鱼、乌棒和蛇头鱼等。生鱼是名贵淡水经济鱼类,是一种营养全面的水生珍贵佳肴和保健食品,受到广大消费者的青睐。在我国南方地区,特别是在广东、广西和香港、澳门一带,被视为滋补珍品。

生鱼的养殖及管理

生鱼是群众对斑鳢、乌鳢等鳢科鱼类的俗称，地方名又叫黑鱼、财鱼、乌棒和蛇头鱼等。生鱼是名贵淡水经济鱼类，是一种营养全面的水生珍贵佳肴和保健食品，受到广大消费者的青睐。在我国南方地区，特别是在广东、广西和香港、澳门一带，被视为滋补珍品。

基于转录组测序探究乌鳢皮肤白化的分子机制

为探究乌鳢白化的分子调控机理,采用Illumina HiSeq技术对白乌鳢和乌鳢皮肤组织进行高通量转录组测序。结果显示,白乌鳢皮肤组织与乌鳢皮肤组织中差异表达基因数为694个。GO信号通路分析发现,上述差异表达基因主要富集在细胞进程、代谢过程、细胞联接和转运活性等通路上。KEGG信号通路分析显示,差异基因显著富集在与皮肤白化相关的酪氨酸代谢通路上。转录组单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失标记(INDEL)分析发现,相对于乌鳢,白乌鳢纯合型单核苷酸多态性和插入缺失标记位点数目多,而杂合型单核苷酸多态性和插入缺失标记位点数目少。基于转录组单核苷酸多态性和插入缺失标记的结果,筛选出酪氨酸代谢通路上的差异表达基因,黑尿酸酶基因和乙醇脱氢酶5基因存在单核苷酸多态性错义突变,而酪氨酸酶相关蛋白1基因未找到突变位点。试验结果表明,乌鳢皮肤白化除与酪氨酸代谢通路有关,还可能与黑色素沉积相关基因表达量下降导致皮肤中色素沉积减少有关。试验结果将丰富白乌鳢和乌鳢的基因资源,为进一步探究乌鳢白化的分子调控机制奠定基础。

锦鲤疱疹病毒病分析

锦鲤疱疹病毒是近年来在锦鲤和鲤鱼养殖生产中发现的一种新型病毒,该病毒流行于世界各地,严重危害锦鲤和鲤鱼养殖业。基于此,简要介绍锦鲤疱疹病毒病、流行状况及如何分离培养该病毒,最后对疫苗研究做展望。

银鲫apelin基因的克隆、组织表达谱和摄食关系的初步研究

apelin是一种参与哺乳动物和鱼类摄食调控的重要神经肽。为了更好地研究apelin在银鲫(Carassius auratus gibelio)上的摄食调控作用,本试验采用RACE技术首次获得了银鲫apelin的cDNA全长序列,并通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)技术检测了apelin基因在各组织的表达情况以及餐前餐后和禁食对其表达量的影响。结果显示银鲫apelin全长cDNA序列长度为1082 bp,其中5’非编码区(5’-UTR)的长度为114 bp,3’非编码区(3’-UTR)的长度为734 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)的长度为234 bp。银鲫apelin基因的ORF区编码77个氨基酸,前22个氨基酸为信号肽。apelin基因在银鲫21个组织中普遍表达,特别是在下丘脑中表达量最高。在餐前餐后的试验中,银鲫下丘脑apelin基因在餐后表达量显著下降(p<0.05);在禁食试验中,禁食组下丘脑apelin基因的表达量在第5天显著升高(p<0.05),第7天极显著升高(p<0.01),复投喂后,apelin基因的表达量在第9天、第11天、第14天极显著降低(p<0.01)。综上所述,apelin基因可能是银鲫的诱食因子,在其摄食调控起到一定的作用。