大黄鱼EBI3基因的克隆与表达分析

通过克隆大黄鱼(Larimichthys crocea)的EBI3(Epstein-Barr virus-induced gene 3)基因并对其进行了序列分析.大黄鱼EBI3(Lyc EBI3)基因开放阅读框长747bp,编码248个氨基酸,存在1个信号肽序列和2个FN3结构域(37~130,145~230).多序列比对发现Lyc EBI3分子与其他已知EBI3氨基酸水平一致性为27.68%~57.53%.Real-time PCR结果表明,Lyc EBI3基因在脾脏和血液中表达量最高,且溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)刺激后,大黄鱼头肾和脾脏中Lyc EBI3基因的转录水平会显著升高,说明Lyc EBI3基因可能参与了抑制由细菌引起的炎症反应.

乌鳢感染鰤诺卡氏菌的转录组反应(英文)

利用转录组技术对鰤诺卡氏菌(Nocardia seriolae)感染的乌鳢(Channa argus)进行分析与比较,以揭示可能的免疫机制,尤其在Toll样受体和Nod样受体的免疫反应.从乌鳢的头肾提取总RNA,采用Illumina Hi Seq TM2500进行测序和de novo转录组分析.乌鳢感染鰤诺卡氏菌后,对照组和试验组的clean reads分别是33 556 284(93.79%)和34 202 766(93.52%).利用Trinity软件对unigenes进行注释,从133 999条unigenes里,一共106319条unigenes得到注释,占79.34%;NR(NCBI non-redundant protein database)注释54 886(40.97%)条unigenes;39 795(29.69%)的Swiss-Prot注释;5 885(4.39%)条unigenes被KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)注释到335条通路;5 753(4.29%)被注释到GO(Gene ontology)里.3 912条unigenes表达差异,其中1552条表达上调(39.67%)和2 360条表达下调(60.33%).Toll样受体和Nod样受体的免疫信号通路分别有28和13条差别表达基因发现有调制,12和3个上调,11和6个下调,5和4个unigenes没有显著的变化.经过转录组测序分析显示,乌鳢感染鰤诺卡氏菌后的转录复杂程度高,导致感染个体重诱导表达的基因产品的验证发现,尤其在非特异性免疫系统方面.