基于GPU运算的宏基因组第二代测序模拟软件

提出一个新的宏基因组模拟系统NeSSM(Next-Generation Sequencing Simulator forMetagenomics)。通过结合目前数据库中所有的基因组信息和一些初步的宏基因组测序信息,该系统可以产生一个接近于实际情况的模拟宏基因组测序数据。为了加快该系统的运行时间,运用了显卡计算(GPU并行化计算),通过并行化运算有效地缩短了程序运行所需时间。目前,NeSSM支持454和Illumina的测序平台。

广西林纸公司召开年产2.5万吨彩色胶印书刊纸评估会

近日,广西林纸公司总投资约4990万元,年产2.5万吨彩色胶印书刊纸技改工程评估会在其公司的喜来宾馆召开。参加此次评估会的有省林业厅罗永魁副厅长和广西造纸工业公司、中国轻工总会南宁设计院、柳州地区经贸局、柳州地区农行、鹿寨县农行、柳州地区环保局。

广西“林纸”第十条生产线试机运转

广西林业造纸厂于95年8月10日动工兴 建的十号机工程已全部施工完成,于今年10月 10日带料试机。

广西国发林纸公司首产文化用纸成功

广西国发林业造纸有限责任公司日前生产出第一批胶印书刊纸,其各项指标均达到和超过国家标准,这标志着该公司产品结构从生产包装纸到生产文化用纸获得了重大突破。 “多品种、少批量”是企业决胜的重要战略决策。十几年来,该公司坚持“技改再技改,发展再发展”的方针,实现了在包装生产领域里“多品种、少批量”

水稻功能基因组育种数据库(RFGB)：3K水稻SNP与InDel子数据库

水稻是全世界最重要的粮食作物之一.对全球水稻品种资源进行基因组研究,挖掘有利等位基因和指导基于全基因组信息的分子育种具有重大的理论和实践意义,是关系国家乃至全球粮食安全的重大战略问题.本研究通过全球3000份水稻资源(3K水稻)的全基因组重测序,获取了其中质量较好的2859份水稻基因组的单核苷酸多态性(SNP)及小片段插入缺失(In Del)的基因组变异数据,建立了综合性的水稻功能基因组育种数据库的SNP与In Del多态性子数据库.该子数据库包含了3K水稻多态性信息检索、基因组浏览器可视化系统、特定区段基因组数据导出系统等多项功能.本数据库的建立将为研究水稻基因功能、指导水稻全基因组选择育种提供重要平台.

HUPAN助力人类基因组研究向人类泛基因组学跨越

近期上海交通大学科研人员成功构建人类泛基因组分析流程的报道受到学术界广泛关注,英文论著原文发表在国际基因组学研究权威刊物《Genome Biology》(基因组生物学)上。不少学者都想了解这是一项什么新技术,特别是从事基础医学研究的科研人员更想了解这项新技术会对人类疾病研究带来什么影响。为了使生物医学领域研究人员对HUPAN开发的生物学意义有更多的了解,作者从泛基因组学分析流程的构建过程、泛基因组学研究需要的硬件条件、已经公布的人类基因组参考序列与泛基因组理念的差别、泛基因组研究将会对人类疾病研究产生的影响等多角度进行述评。

Illumina-Solexa测序数据质量评估系统的构建

目的:针对下一代测序数据量大、序列长度短的特点,研究数据分析和质量评估方法。方法:选择已发布的Illumina-Solexa平台测序数据为研究对象,通过MAQ软件将测序数据与人类全基因组序列进行比对,并以外显子区域为例,在位点水平对测序数据质量进行评估。结果:结合已有软件系统和本文自创线性算法,建立了一套包括比对、拼接在内的测序数据质量评估系统。比对分析后,发现原始测序序列共覆盖了127,113,378个位点,涉及24条染色体上的64868个外显子。其中,每个位点都被测到的外显子为0.50%,位点平均测序深度大于等于1的外显子为3.98%。结论:成功构建了基于Illumina-Solexa测序平台的数据分析和质量评估方法,其可适用于其它第二代测序平台。研究者可在质量评估的基础上完善测序试验设计,并进行SNP和突变筛选及后续功能性研究。

FIND:从下一代单端测序数据中快速查找Indel的方法

目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel的确切位置和相关信息。结果:本文成功构建FIND(Fast INDel detection system)系统,用于从单端测序数据中查找Indel信息。以模拟测序数据作为测试数据,在12X测试数据情况下,FIND的灵敏度和特异性分别为87.71%和99.66%,而且该性能还随着测序倍数的增加而提升。结论:充分利用比对过程获取的信息,在确定Indle长度的同时也确定出其大致位置,最终在局部范围内实现对单端测序数据中Indle的快速而准确的查找。