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液态水的分子动力学模拟 被引量:4
1
作者 顾健德 田安民 鄢国森 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1996年第4期331-337,共7页
用分子动力学(MD)模拟方法在150~376K的温度范围内对液态水的微正则系综进行了研究.考察了液态水的结构及其性质.模拟采用了由从头算得出的柔性水-水相互作用势MCYL.对时间和空间的平均得出了液态中水分子几何构型及温度改变所引起的... 用分子动力学(MD)模拟方法在150~376K的温度范围内对液态水的微正则系综进行了研究.考察了液态水的结构及其性质.模拟采用了由从头算得出的柔性水-水相互作用势MCYL.对时间和空间的平均得出了液态中水分子几何构型及温度改变所引起的液态水结构变化.对径向分布函数g_(OH),goo,g_(HH)及配位数的分析表明,在所考察的温度范围内,每个水分子与相邻分子形成的氢键数为2~3,水分子在参与的2个氢键中同时作为接受体.结合对振动谱的研究表明在低温时液态水形成的网络结构可能随温度的升高而形成小的簇结构. 展开更多
关键词 结构 热力学性质 分子动力学 势函数
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N_2,O_2水溶液光谱的分子动力学模拟 被引量:1
2
作者 顾健德 田安民 鄢国森 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1995年第8期719-723,共5页
用分子动力学模拟方法研究了N2和O2水溶液的光谱性质.给出了能描述分子内部运动的溶质-溶剂相互作用势.对溶质和溶剂原子的速度自相关函数(VACF)作了计算.讨论了所得VACF的性质并计算了其谱密度.溶质分子振动谱出现的红移,与液... 用分子动力学模拟方法研究了N2和O2水溶液的光谱性质.给出了能描述分子内部运动的溶质-溶剂相互作用势.对溶质和溶剂原子的速度自相关函数(VACF)作了计算.讨论了所得VACF的性质并计算了其谱密度.溶质分子振动谱出现的红移,与液态N2,O2的Raman实验结果相吻合.模拟得出的转动谱表明了溶剂分子对溶质转动运动的阻滞,模拟结果也表明VACF计算对溶液和液体光谱的研究十分有效. 展开更多
关键词 光谱 分子动力学模拟 水溶液 氮气 氧气
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用于计算机模拟的ab initio N_2-H_2O势
3
作者 顾健德 张敬来 +1 位作者 田安民 鄢国森 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1996年第4期320-324,共5页
用6-31G基组对N_2-H_2O体系作了量子化学ab initio计算研究.采用模拟褪火(Simulated anneal)算法将所得的计算结果用于拟合一个适用于计算机模拟的解析势能函数.函数的形式为10-6的Lennard-Jones势加指数项校正.鉴于非极性溶质的排斥能... 用6-31G基组对N_2-H_2O体系作了量子化学ab initio计算研究.采用模拟褪火(Simulated anneal)算法将所得的计算结果用于拟合一个适用于计算机模拟的解析势能函数.函数的形式为10-6的Lennard-Jones势加指数项校正.鉴于非极性溶质的排斥能对第一水合层的形成起着重要作用,在拟合过程中对势能的排斥部分和吸引部分作了等权考虑. 展开更多
关键词 解析势 从头算
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液态水热容的量子校正
4
作者 顾健德 MuhammadAshrafKhan +1 位作者 田安民 鄢国森 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1995年第6期509-515,共7页
在不同温度下对液态水进行分子动力学模拟,研究各温度下液态水中各个原子的速度自相关函数密度谱,以考察液态水热容的量子校正随温度的变化规律.研究结果表明,水分子的三个内部振动模式对热容的量子校正不随温度变化,而转动和分子... 在不同温度下对液态水进行分子动力学模拟,研究各温度下液态水中各个原子的速度自相关函数密度谱,以考察液态水热容的量子校正随温度的变化规律.研究结果表明,水分子的三个内部振动模式对热容的量子校正不随温度变化,而转动和分子距平衡位置的摆动运动模式的量子校正随温度升高而逐步减小.对于分子动力学模拟结果经温度涨落计算所得的热容进行了量子校正,校正结果与实验值能符合. 展开更多
关键词 热溶 量子校正 MD模拟
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液态水几何构型的分子动力学模拟
5
作者 顾健德 田安民 鄢国森 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1994年第6期886-890,共5页
利用MCYL势对液态水进行分子动力学模拟,以探求近程和远程相互作用及液体的有序结构对水分子几何构型的影响,并确定对液态中水分子几何构型起作用的主要范围。模拟给出的液态水中原子对径向分布函数和水分子键长键角的变化与实验... 利用MCYL势对液态水进行分子动力学模拟,以探求近程和远程相互作用及液体的有序结构对水分子几何构型的影响,并确定对液态中水分子几何构型起作用的主要范围。模拟给出的液态水中原子对径向分布函数和水分子键长键角的变化与实验值能较好地符合。研究结果表明,液态水分子几何构型除与氢键的形成有关外,还与液体的近程有序结构有很大关系。键长的变化对这种近程有序结构虽不敏感,但键角的变化则对此非常灵敏。液态中第二水合层对键角的影响极为重要。 展开更多
关键词 液态水 几何构型 MCYL势
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扩散限制聚集与粘性指化图案的模拟研究
6
作者 顾健德 田安民 鄢国森 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1994年第8期1222-1224,共3页
扩散限制聚集与粘性指化图案的模拟研究顾健德,田安民,鄢国森(四川大学化学系,成都,610064)关键词DLA,粘性指化,计算机模拟大自然经常以非常奇妙的方式向人们展示其魅力,吸引人们不断去思考和探索.四川大学图书馆文... 扩散限制聚集与粘性指化图案的模拟研究顾健德,田安民,鄢国森(四川大学化学系,成都,610064)关键词DLA,粘性指化,计算机模拟大自然经常以非常奇妙的方式向人们展示其魅力,吸引人们不断去思考和探索.四川大学图书馆文献阅览室的玻璃顶棚上出现的粘性指化... 展开更多
关键词 DLA 粘性指化 计算机模拟
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5-硝基-1-氢-四唑衍生物热分解机理的从头算分子动力学模拟及密度泛函理论研究 被引量:7
7
作者 汪敬 顾健德 田安民 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期315-320,共6页
应用从头算分子动力学模拟方法以及密度泛函理论对 5 硝基 1 氢 四唑衍生物的热解机理进行了研究 .报道了三条相关的反应途径 ,包括直接开环途径和质子转移途径 .其中N1-N2 键断裂直接开环的机理与文献报道一致 .而涉及质子转移的反... 应用从头算分子动力学模拟方法以及密度泛函理论对 5 硝基 1 氢 四唑衍生物的热解机理进行了研究 .报道了三条相关的反应途径 ,包括直接开环途径和质子转移途径 .其中N1-N2 键断裂直接开环的机理与文献报道一致 .而涉及质子转移的反应途径则是一个新的发现 .另一条关于C5-N4 键断裂直接开环的途径由于能垒较高 。 展开更多
关键词 5-硝基-1-氢-四唑衍生物 从头算 分子动力学模拟 热分解反应 密度泛函理论 热解机理 直接开环反应 质子转移反应
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石杉碱甲类化合物定量构效关系的量子化学研究 被引量:6
8
作者 朱维良 蒋华良 +4 位作者 陈建忠 顾健德 陈凯先 嵇汝运 曹阳 《中国药物化学杂志》 CAS CSCD 1997年第4期258-263,共6页
对11个石杉碱甲类化合物进行了半经验量子化学(AM1)方法计算,讨论了主要基团抑制乙酰胆碱酯酶活性的作用特点.用3个变量对其中的10个化合物建立起了良好的定量构效关系,结果表明。
关键词 中药化学 石杉碱甲 构效关系 量子化学
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生物体系中电子转移机理的理论研究——Ⅰ.一种计算电子转移的方法及在螺环化合物中的应用 被引量:2
9
作者 翟宇峰 顾健德 +4 位作者 蒋华良 陈建忠 朱维良 陈凯先 嵇汝运 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1998年第11期1081-1086,共6页
应用“相应轨道变换”和“广义”密度矩阵的方法,向MOPAC程序包中加入了新的功能,使其能处理电子转移反应中的部分参数.然后用此程序包中AMI方法对具有螺环结构的分子进行处理,计算了化合物在不同外加电场强度下的势能面、反应热ΔE,重... 应用“相应轨道变换”和“广义”密度矩阵的方法,向MOPAC程序包中加入了新的功能,使其能处理电子转移反应中的部分参数.然后用此程序包中AMI方法对具有螺环结构的分子进行处理,计算了化合物在不同外加电场强度下的势能面、反应热ΔE,重组能λ及电子转移矩阵元V_(AB),结果表明,λ,V_(AB)受外加电场的影响较小,而ΔE则与之成正比.对标题化合物1的计算结果也同ab initio法的结果进行了比较,发现其变化趋势完全一致,这说明本方法在计算电子转移方面是可靠的.与ab initio方法相比,本程序不仅适用于计算较大体系(如生物大分子),而且还具有速度快,耗时少的优点. 展开更多
关键词 电子转移 生物体系 AM1 螺环化合物 机理
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5-硝基-1-氢-四唑分子热分解反应机理的密度泛函理论研究 被引量:4
10
作者 汪敬 顾健德 田安民 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第4期590-595,共6页
利用密度泛函理论研究了 5 硝基 1 氢 四唑分子热分解的反应机理 .首先用B3LYP/ 6 31G(d)方法优化反应中反应物、过渡态、中间体以及产物的几何构型 ,通过振动分析得到零点能校正值并确认反应的过渡态 .此外 ,对各个构型作了CCSD(T) ... 利用密度泛函理论研究了 5 硝基 1 氢 四唑分子热分解的反应机理 .首先用B3LYP/ 6 31G(d)方法优化反应中反应物、过渡态、中间体以及产物的几何构型 ,通过振动分析得到零点能校正值并确认反应的过渡态 .此外 ,对各个构型作了CCSD(T) / 6 31G(d ,p)水平下的单点计算 .报道了三条可能的反应途径 ,即直接开环途径和质子转移途径 :其中N(1)—N(2 )键断裂直接开环的机理与文献报道一致 ;而涉及质子转移的反应途径则是一个新的发现 ;另一条关于N(4 )—C(5 )键断裂直接开环的途径由于能垒较高 ,因此发生的几率较小 . 展开更多
关键词 5-硝基-1-氢-四唑 热分解 反应机理 密度泛函理论
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羟喜树碱结合肽的研究 被引量:2
11
作者 朱威 张莲芬 +2 位作者 雷楗勇 顾健德 金坚 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期126-129,137,共5页
酯化脱水法制备生物素化羟喜树碱,使用Resourse 15反相柱纯化,液质联用分析确证。磺酰罗丹明B染色法鉴定生物素化羟喜树碱的抗癌活性。采用噬菌体展示技术筛选得到14条羟喜树碱结合肽。构建并优化了羟喜树碱结构模型。构建并通过分子动... 酯化脱水法制备生物素化羟喜树碱,使用Resourse 15反相柱纯化,液质联用分析确证。磺酰罗丹明B染色法鉴定生物素化羟喜树碱的抗癌活性。采用噬菌体展示技术筛选得到14条羟喜树碱结合肽。构建并优化了羟喜树碱结构模型。构建并通过分子动力学优化了羟喜树碱结合肽结构模型。使用分子对接验证并分析了羟喜树碱结合肽与羟喜树碱的结合作用。 展开更多
关键词 羟喜树碱 结合肽 噬菌体展示 分子动力学 分子对接
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H_3^+的精确量子化学计算 被引量:1
12
作者 杨捷 梁国明 +4 位作者 田安民 顾健德 鄢国森 唐敖庆 李前树 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1994年第6期562-566,共5页
本文采用组态相互作用方法(CI),对H_3^(?)的基态和三个低激发态~3A_1,~1A_1和~3∑_u^+进行了计算研究.结果表明,键函数方法不失为一个可供选择的精确量子化学计算方法.
关键词 键函数 激发态 量子化学 氢离子
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定域分子轨道中的σ-π分离 被引量:1
13
作者 梁国明 顾健德 田安民 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1993年第12期1737-1739,共3页
对含重键的分子体系,分子轨道定域化会涉及到两种完全不同的重键描述,即等价的重键或“香蕉”键和不等价的σ和π键,文献曾利用杂化轨道法对此进行过讨论。对于定域分子轨道,具体得出哪种描述取决于所采用的定域准则及计算中采用的近似... 对含重键的分子体系,分子轨道定域化会涉及到两种完全不同的重键描述,即等价的重键或“香蕉”键和不等价的σ和π键,文献曾利用杂化轨道法对此进行过讨论。对于定域分子轨道,具体得出哪种描述取决于所采用的定域准则及计算中采用的近似方法。对于从头算法的定域化研究,Boys定域准则强烈地趋向于等价重键描述;Ruedenberg定域准则只是对未共轭的重键体系有较强的等价重键描述倾向,对共轭的重键体系。 展开更多
关键词 σ-π分离 多重键 定域分子轨道
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开壳层元素簇合物BCHe^(2+)的几何构型和成键性质研究
14
作者 张敬来 顾健德 +2 位作者 田安民 鄢国森 王一波 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1995年第7期665-669,共5页
本文用ab initio方法研究了开壳层元素簇合物BCHe^(2+)基态的三种几何构型,即线形BC-He^(2+)CB-He^(2+)T形(He在B-C键中点上方)的稳定性并讨论了其成键性质.计算了势能曲线.计算是在6-31G~*,6-311G~**,6-311+G~**,6-311++G~**,6-311G~**... 本文用ab initio方法研究了开壳层元素簇合物BCHe^(2+)基态的三种几何构型,即线形BC-He^(2+)CB-He^(2+)T形(He在B-C键中点上方)的稳定性并讨论了其成键性质.计算了势能曲线.计算是在6-31G~*,6-311G~**,6-311+G~**,6-311++G~**,6-311G~**(2df)和6-311G(3df,2p)基组下,用UHF,MP2,PMP2,MP4(SDTQ),CISD和ST4CCD方法完成的.结果表明,He与B和C之间有弱键存在.三种构型之间的能量差别不大,其结构都是非刚性的.在我们所查阅文献范围内,本工作尚属首次. 展开更多
关键词 簇合物 成键性质
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Si_2分子基态和低激发态的电子结构
15
作者 张敬来 曹泽星 +2 位作者 顾健德 田安民 鄢国森 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1994年第5期396-398,共3页
Using ab initio molecular orbital theory at the SOCI/MCSCF/HF/DH+d level, the equilibrium geometries, total energies, harmonic vibrational frequencies, zerro point vibrational energy and potential energy curves of the... Using ab initio molecular orbital theory at the SOCI/MCSCF/HF/DH+d level, the equilibrium geometries, total energies, harmonic vibrational frequencies, zerro point vibrational energy and potential energy curves of the ground state and 8 excited states of Si2 molecule were obtained. The relationship between the bond length and the electronic codriguration of the state was discussed. The results revealed that bond length and the harmonic vibrational frequency of the molecule strongly depended upon the number of π-electrons in the bonding MO’s. The reported states 3Πg, 5∑,3△u,3∑. havenot been seen in literatures. 展开更多
关键词 激发态 电子结构 硅分子 基态
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数学─—现代化学发展的推动力
16
作者 顾健德 谢代前 田安民 《化学研究与应用》 CAS CSCD 1995年第2期212-215,共4页
数学─—现代化学发展的推动力顾健德,谢代前,田安民(四川联合大学化学系,成都610064)现代化学是研究从基本粒子到生物大分子的各层次的粒子质变的科学 ̄[1]。它有以下五个显著的特点 ̄[1]:实验设备的仪器化和计算机... 数学─—现代化学发展的推动力顾健德,谢代前,田安民(四川联合大学化学系,成都610064)现代化学是研究从基本粒子到生物大分子的各层次的粒子质变的科学 ̄[1]。它有以下五个显著的特点 ̄[1]:实验设备的仪器化和计算机化;从宏观层次深入到微观层次;从定... 展开更多
关键词 数学 现代化学 推动力
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键函数法与Be_2体系的稳定性——Ⅰ.Be_2的基态
17
作者 梁国明 顾健德 +1 位作者 田安民 鄢国森 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1995年第10期961-965,共5页
采用价电子全CI(FCI)方法对Be_2的基态(X^1∑_g^+)进行了研究,仔细考察了键函数在弱键体系计算中的作用.对引入键函数的不同方式分别按Boys方法计算了基组重叠误差(BSSE).键函数的运用使得Be_2基态性质的计算结果大为改善.研究结果表明... 采用价电子全CI(FCI)方法对Be_2的基态(X^1∑_g^+)进行了研究,仔细考察了键函数在弱键体系计算中的作用.对引入键函数的不同方式分别按Boys方法计算了基组重叠误差(BSSE).键函数的运用使得Be_2基态性质的计算结果大为改善.研究结果表明键函数方法在相互作用能小的体系的计算中十分可取. 展开更多
关键词 键函数 铍簇合物 FCI
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分子轨道定域化变换酉矩阵的作用
18
作者 梁国明 顾健德 +1 位作者 田安民 鄢国森 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1993年第3期370-374,共5页
讨论了分子轨道定域化酉矩阵的性质,揭示了其物理意义和统计性质。利用酉矩阵的性质对一系列化合物进行分析,得出了分子轨道的分类特点。
关键词 定域化 酉矩阵 分子轨道
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阳离子-π体系相互作用的理论研究——Ⅱ.铵离子-二苯复合物体系的密度泛函研究 被引量:7
19
作者 朱维良 蒋华良 +7 位作者 谭小健 陈建忠 翟宇峰 顾健德 林茂伟 陈凯先 嵇汝运 曹阳 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1999年第8期852-859,共8页
运用密度泛函B3LYP/6-31G~*方法对铵离子-二苯复合物体系的可能构型进行了结构优化,得到了复合物的能量最低构型为:铵离子位于两个苯环平面之间分别以两个氢原子和苯环作用,频率计算结果表明该构型为稳定结构.复合物的键长、原子净电荷... 运用密度泛函B3LYP/6-31G~*方法对铵离子-二苯复合物体系的可能构型进行了结构优化,得到了复合物的能量最低构型为:铵离子位于两个苯环平面之间分别以两个氢原子和苯环作用,频率计算结果表明该构型为稳定结构.复合物的键长、原子净电荷、分子轨道系数、前沿轨道能量、Mullicken键级等都表明,铵氢原子和与之接近的苯环碳原子之间通过s-π相互作用而实现铵与两个苯环的结合,结合时电子从苯环向铵转移,形成电荷转移复合物.它们之间的结合方式和铵离子-苯复合物及典型氢键的结合方式相似,计算得到的热力学参数证明了这一点.复合物的红外特征振动频率位于230cm^(-1)附近,振动方式为铵平行于苯环平面来回振动. 展开更多
关键词 铵离子 相互作用 二苯 复合物 氢键 密度泛函
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石杉碱甲-AChE复合物中石杉碱甲的结构特征——量子化学研究 被引量:7
20
作者 朱维良 蒋华良 +6 位作者 陈建忠 顾健德 刘东祥 林茂伟 陈凯先 嵇汝运 曹阳 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1998年第3期233-237,共5页
在运用量子化学从头计算方法(HF/4-31G)结合点电荷模型方法对AChE-HuPA复合物活性位点的410个原子和1929个点电荷进行理论计算的基础上,比较了石杉碱甲分子在形成复合物前后的结构变化特征.发现复合物中石杉碱甲分子构象并非能量最低构... 在运用量子化学从头计算方法(HF/4-31G)结合点电荷模型方法对AChE-HuPA复合物活性位点的410个原子和1929个点电荷进行理论计算的基础上,比较了石杉碱甲分子在形成复合物前后的结构变化特征.发现复合物中石杉碱甲分子构象并非能量最低构象,它的能量比HF/4-31G全优化得到的构象的能量高91.8kJ/mol.和单分子状态相比,形成复合物后季铵基和内酰胺基的N—H,C(?)O键的键长变长、键强减弱,其总原子净电荷也发生了明显的变化.且这些基团的空间取向都有不同程度的改变,C(8)—N(21)键的旋转达20°.这些信息将有益于设计新的AChE抑制剂. 展开更多
关键词 量子化学 石杉碱钾 HupA 复合物 AChE抑制剂
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