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题名蓖麻AP2/ERF转录因子家族的生物信息学分析
被引量:3
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作者
闫星伊
风兰韩雯毓
李国瑞
黄凤兰
陈永胜
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机构
内蒙古民族大学农学院
内蒙古民族大学
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出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期1088-1102,共15页
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基金
国家自然科学基金项目(31460353)
内蒙古自治区科技创新引导资金项目(KJCX15002)
+2 种基金
内蒙古民族大学科研项目(MDK2016008,MDK2017034,MDK2017035)
草原英才创新团队项目
国家青年科学基金(31401418)共同资助。
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文摘
AP2/ERF家族是一种广泛存在于植物体内的重要转录因子,该转录因子大多数参与植物的生长发育、生理代谢以及抵抗非生物胁迫的过程。本研究利用蓖麻基因组数据库寻找到了113个蓖麻AP2/ERF家族基因,利用生物信息学方法对这113个蛋白序列构建无根进化树,且对氨基酸组成成分进行分析,发现组成蛋白质的氨基酸数目在不同亚族之间差异较大,其中AP2亚族的平均氨基酸数目为个439,亚族中最小的平均氨基酸数目为ERF亚族,平均为255个。在蓖麻的113个蛋白序列中大部分为稳定的亲水性蛋白、且含有多个磷酸化位点、在该蛋白中α—螺旋和无规则卷曲是主要的二级结构方式,除AP2亚族外,其余亚族均含有β—转角,亚族无规则卷曲均占50%以上,说明延伸链和(β—转角则分散在整个氨基酸链中。三级结构与二级结构预测一致。还对保守结构域、蛋白无序化特性等进行了预测和较为全面的分析。这些分析结果为进一步研究蓖麻中AP2/ERF转录因子对生长发育过程中的作用提供了理论依据。
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关键词
蓖麻(Ricinus
communis)
AP2/ERF转录因子
生物信息学
进化树
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Keywords
Castor(Ricinus communis)
AP2/ERF transcription factor
Bioinformatics
Evolutionary tree
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分类号
S565.6
[农业科学—作物学]
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