狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组测定及结构特征分析

为解析狄氏斧蛤(Donax dysoni)线粒体全基因组结构特征以及进化地位,采用二代高通量测序技术获得狄氏斧蛤线粒体基因组全序列,对线粒体基因进行注释并对其序列结构进行分析。结果表明,狄氏斧蛤的线粒体全基因组序列全长为16 908 bp,碱基组成为A (26.81%)、T (41.13%)、G(21.21%)和C (10.85%),A+T含量为67.94%,表现出明显的AT偏向。与其他双壳贝类相似,狄氏斧蛤共编码13个蛋白质编码基因,包含22个t RNA和2个r RNA,且所有基因均位于H链;蛋白质编码基因拥有3种起始密码子(ATG、ATT、ATA),而除了ND3、ND4以及ATP6使用TAG作为终止密码子外,其余所有蛋白质编码基因都使用TAA作为终止密码子。除t RNASer不能折叠成典型的三叶草结构,没有明显的DHU茎环,其余t RNA都能折叠成典型的三叶草结构。狄氏斧蛤与斧蛤科(Donacidae)其他物种具有相同的基因排列,未发现基因重排现象。基于线粒体12个蛋白质编码基因构建62种贝类的进化树,结果显示:Donax semiestriatus和Donax vittatus聚为一小支,Donax trunculus和Donax variegatus聚为一小支,这四个物种与狄氏斧蛤一起聚为斧蛤科这一支;进化树支持将斧蛤科划归到樱蛤总科中,且将樱蛤总科所属的鸟蛤目单独列为一个目而非划归到帘蛤目中。

基于线粒体COI及16S rRNA基因序列的笠贝科系统进化研究

采集了中国东南沿海地区笠贝科3属7种笠贝样品:陆川小笠贝、北戴河小笠贝Nipponacmea sp.、黑新笠贝、鸡爪拟帽贝、琉球拟帽贝,通过PCR扩增笠贝的COI及16S rRNA基因片段并测序,另外从GenBank中下载了笠贝科11种笠贝的COI和16S rRNA基因,计算了所有18种笠贝的碱基含量和遗传距离,并分别构建了基于COI和16S rRNA系统进化树。结果表明:COI基因片段长度为550 bp,16S rRNA基因片段长度为449 bp,T碱基含量最高,C碱基含量最少,COI基因的遗传距离为0.004~0.470,16S rRNA的遗传距离为0.013~0.575,系统发育分析表明,3个属的进化关系为Nipponacmea与Lottia互为姐妹群,其次为Patelloida。每个属都形成独立分支,参与分析的其他属的进化地位也与早期研究相接近,但本研究中,COI和16S rRNA的系统发育树也呈现出略微差异,如笠贝科的Yayoiacmea与Tectura聚集在一起形成了姐妹群,Patelloida内物种的位置也产生了小范围的变化。