雪花胺类化合物的三维构效关系研究

雪花胺是一类重要的乙酰胆碱脂酶抑制剂，有可能发展成治疗阿尔茨海默病的药物.利用分子力学计算得到了这类化合物的优势构象，并对这些化合物进行了CoMFA研究．发现，对于雪花胺类化合物，影响其药效的主要因素是空间结构，电荷作用力的影响较小．对空间因素的进一步分析发现，对于该类分子，不宜用空阻较大的基团进行取代．由电荷影响的分析得到了在不同位置上取代基所应有的电行性质．三维定量构效关系研究为基于雪花胺的抑制剂设计提供了方案．

基于蛋白质结构知识的合理药物分子设计

利用受体的结构进行合理药物设计是目前国际上药物设计的主要发展方向之一.综述了有关合理药物设计及全新药物设计的方法,并以 HIV-1蛋白水解抑制剂的设计为例介绍了该方法在新药设计中的成功应用.

模拟退火算法在优化中的研究进展

模拟退火算法在处理全局优化、离散变量优化等困难问题中,具有传统优化算法无可比拟的优势。在计算机计算速度不断提高的条件下,具有不可低估的发展潜力和重要的研究价值。本文研究分析了基本的模拟退火算法原理,主要介绍了模拟退火算法的发展历史和特点,综合了近期关于模拟退火算法研究进展。本文在比较了模拟退火算法与传统的优化方法的基础上,最后指出了它的发展趋势和研究热点,对模拟退火算法在优化中的推广应用具有重要意义。

磷脂酶A_2及其复合物的分子动力学研究

本文运用分子动力学方法对磷脂酶A2的自由态以及有机小分子形成的复合物进行了研究．通过模型构建分子动力学模拟得到了磷脂酶A2与配体结合的模型，与磷脂酶A2的自由态相比，其口袋更为宽松，组成口袋的残基的结构趋于稳定，但催化残基的柔性变大．研究结果为药物分子设计提供了有用的信息．

基于蛋白质结构的药物分子设计

随着蛋白质晶体学和分子模型技术的发展，基于蛋白质结构的药物分子设计已成为药物设计的主要潮流之一。这类方法从与疾病有关的蛋白质的三维结构出发，利用计算机程序，先对药物结合位点进行描述，然后通过各种方法产生潜在的配体分子，最后才配体分子进行打分，给出设计结果。目前已出现了多种基于蛋白质结构的药物分子设计方法，也有了一些商业化的软件。文章综述了近年来出现的有关设计方法，列举了成功的设计实例，并对各种方法的优缺点以及所存在的问题进行了简要的讨论。