为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据...为了筛选华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量相关的遗传标记和候选基因,试验以1478头华西牛和452头雪龙黑牛为研究对象,对其背最长肌重量性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),即测定其屠宰后背最长肌重量表型数据,利用Illumina Bovine-HD(770K)芯片对其基因组进行基因分型,采用FarmCPU模型和GEMMA模型对质控后的芯片数据进行GWAS,挖掘与华西牛和雪龙黑牛背最长肌重量显著相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点和候选基因。结果表明:华西牛与雪龙黑牛群体背最长肌重量表型性状均符合正态分布,且二者芯片数据经过质控后分别得到607198,511320个SNP位点,这些SNP位点在二者各个染色体上的分布比较均匀;利用FarmCPU模型在华西牛与雪龙黑牛群体分别检测到12个和9个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,且华西牛群体的显著SNP位点分别位于1,5,7,11,12,13,15,16,22,23号染色体上,鉴定到KCNAB1、PFN2、RNF13、TTLL1、MCAT、CREB3L3、ZBTB7A、MAP2K2、CAMKMT、ZC3H13、OPTN、MCM10、UCMA、OVOL2、PET117、KAT14、MAML2、HHAT、FHIT和LY86共20个候选基因;雪龙黑牛群体的SNP位点分别位于4,16,27号染色体上,鉴定到PCLO、DCTD、WWC2共3个候选基因;利用GEMMA模型在华西牛与雪龙黑牛群体中分别检测到6个与其背最长肌重量显著相关的SNP位点,其中华西牛群体的SNP位点位于13号染色体上,鉴定到GATA3、TAF3、ODAD2、SNX5、MGME1、OVOL2、KAT14、PET117共8个候选基因;雪龙黑牛群体的SNP位点位于1,4,5,25号染色体上,但未鉴定到有效的候选基因。说明在华西牛和雪龙黑牛群体中分别检测到的18个和15个SNP位点与注释到的25个和3个候选基因可作为改良牛背最长肌重量的新的分子标记和候选基因。展开更多
该研究分析了“科尔沁肉牛”群体的遗传多样性和种群结构,以期为“科尔沁肉牛”新品种培育和后续遗传改良提供遗传背景支撑。试验使用Illumina Bovine HD BeadChip芯片对“科尔沁肉牛”群体(n=437)、华西牛群体(n=55)和美系西门塔尔牛群...该研究分析了“科尔沁肉牛”群体的遗传多样性和种群结构,以期为“科尔沁肉牛”新品种培育和后续遗传改良提供遗传背景支撑。试验使用Illumina Bovine HD BeadChip芯片对“科尔沁肉牛”群体(n=437)、华西牛群体(n=55)和美系西门塔尔牛群体(n=25)进行基因分型,对其遗传多样性参数和群体结构进行统计分析,并对比三个群体的连锁不平衡衰减情况。研究结果表明:(1)“科尔沁肉牛”群体内中高频(MAF≥0.3)标记的数量多于华西牛和美系西门塔尔牛群体,且“科尔沁肉牛”群体遗传多样性在三个群体内最高。(2)“科尔沁肉牛”群体和美系西门塔尔牛群体具有相似的遗传组成,与华西牛群体的遗传距离相对较远。从群体结构来看“科尔沁肉牛”群体内部分个体与美系西门塔尔牛群体遗传分化较差。(3)“科尔沁肉牛”群体远端标记的连锁能力在三个群体中处于比较低的情况。从整体来看,“科尔沁肉牛”与华西牛及美系牛之间存在明显的遗传距离。尽管科尔沁牛的选育工作正在持续进行,但相对于美系西门塔尔牛和华西牛,其选择强度仍有提高的空间。展开更多
文摘该研究分析了“科尔沁肉牛”群体的遗传多样性和种群结构,以期为“科尔沁肉牛”新品种培育和后续遗传改良提供遗传背景支撑。试验使用Illumina Bovine HD BeadChip芯片对“科尔沁肉牛”群体(n=437)、华西牛群体(n=55)和美系西门塔尔牛群体(n=25)进行基因分型,对其遗传多样性参数和群体结构进行统计分析,并对比三个群体的连锁不平衡衰减情况。研究结果表明:(1)“科尔沁肉牛”群体内中高频(MAF≥0.3)标记的数量多于华西牛和美系西门塔尔牛群体,且“科尔沁肉牛”群体遗传多样性在三个群体内最高。(2)“科尔沁肉牛”群体和美系西门塔尔牛群体具有相似的遗传组成,与华西牛群体的遗传距离相对较远。从群体结构来看“科尔沁肉牛”群体内部分个体与美系西门塔尔牛群体遗传分化较差。(3)“科尔沁肉牛”群体远端标记的连锁能力在三个群体中处于比较低的情况。从整体来看,“科尔沁肉牛”与华西牛及美系牛之间存在明显的遗传距离。尽管科尔沁牛的选育工作正在持续进行,但相对于美系西门塔尔牛和华西牛,其选择强度仍有提高的空间。