深圳市2016年至2018年猩红热A族链球菌emm基因型及基因组多态性分析

目的明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别,比较不同emm型别GAS的基因结构及基因变异性,阐明猩红热病原学的流行、进化规律。方法回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本,保存GAS菌株,进行emm基因分型,选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序,通过比较基因组学分析,描述GAS菌株基因组多态性,并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树,阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。结果在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中,共检测到8种emm型别,emm12.0及其亚型(108/176株,61.4%)占比最高,其次为emm1.0及其亚型(53/176株,30.1%),两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示,GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性,emm12.0型菌株SNP数[183(163,213)个]大于emm1.0型菌株SNP数[63(54,75)个],差异有统计学意义(P<0.05);InDel分析中,emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3,6)个]和缺失数[8(6,10)个]大于emm1.0型菌株[1(0,2)个,5(3,7)个]。以MGAS5005参考序列,基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。结论引起儿童猩红热的GAS菌株型别以emm12.0型、emm 1.0型多见,不同型别菌株基因组组成之间存在差异,emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。

A族链球菌感染的传染病学及防控策略

A族链球菌(GAS)是一种具有公共卫生意义的病原体,每年在全球感染1810万人,导致50万人死亡。GAS常通过呼吸道飞沫、接触破损的皮肤等传播。儿童、老年人和免疫功能低下者是感染GAS的高危人群,学校、幼儿园、医院和养老院等人群密集地区是GAS传播的高发区域。预防和控制措施应关注改善生活条件及个人手卫生。在高风险环境中应强调遵守感染预防和控制措施。现总结GAS感染的传染病学要点及防控策略,旨在为GAS的防控提供依据。

emm簇分组系统在A族链球菌相关研究中的应用

A族链球菌(GAS)是造成全球儿童死亡的重要病原之一。细菌分型是研究病原微生物流行特征最常用的手段,emm分型是研究GAS常用的分型方法。近些年新提出的emm簇分组系统是基于M蛋白氨基酸序列同源性和与宿主血清蛋白结合能力进行分型,在国外已被广泛用于流行病学调查、菌株选择及疫苗开发等,但在国内目前尚未被应用。emm分型是基于emm基因的一个小的可变区域,而emm簇分组系统根据emm基因的几乎完整序列定义GAS类型,且emm簇分组系统可直接由emm分型比对获得,简单易行。因此,emm簇分组系统可提供有关GAS不同emm型中M蛋白的功能和结构特性的更多信息,现就emm簇分组系统的方法、原理及目前在GAS相关研究中的应用等作一综述,以便于在国内推广应用。