数据挖掘技术在肺癌危险度预测模型中的应用

目的使用数据挖掘技术建立肺癌危险度预测模型,比较C5.0决策树与人工神经网络用于肺癌风险预测的性能,并探讨其在肺癌风险预测中的价值。方法选择180例肺癌患者及240例肺良性疾病患者,收集肺癌相关危险因素和临床症状共17个自变量,建立C5.0决策树与人工神经网络模型,比较模型的预测性能。结果共收集420份病历资料,将所有样本按7:3随机分为训练集样本和测试集样本。人工神经网络模型的测试集准确度为65.3%、敏感度为61.7%、特异性为73.3%、约登指数为0.350、阳性预测值为54.9%、阴性预测值为73.1%、AUC为0.675(95%CI:0.628~0.720)。C5.0决策树模型的测试集准确度为61.0%、敏感度为47.8%、特异性80.4%、约登指数为0.282、阳性预测值为35.3%、阴性预测值为80.6%、AUC为0.641(95%CI:0.593~0.687)。结论人工神经网络模型整体性能优于C5.0决策树,在肺癌危险度的预测中具有潜在的应用价值。

副溶血性弧菌高免卵黄抗体的制备和不同提纯方法效果的比较

目的:通过比较聚乙二醇(PEG)沉淀法、氯仿抽提法和氯仿/PEG法3种卵黄抗体(IgY)提纯方法的提纯效果,为批量提纯高质量IgY提供依据。方法:制备副溶血性弧菌灭活疫苗,采用肌肉多点注射法免疫高产蛋鸡,收集鸡蛋,分别采用PEG沉淀法、氯仿抽提法和氯仿/PEG法对鸡蛋中的IgY进行提纯,比较3种提纯方法获得的IgY的蛋白质量浓度、抗体效价和纯度,结合操作过程、成本效益及安全性对3种提纯方法进行综合分析比较。结果:3种方法所提纯的IgY中,蛋白质量浓度从高到低依次为氯仿抽提法、氯仿/PEG法、PEG法;抗体效价相差不大,氯仿抽提法稍高;抗体纯度由高到低依次为PEG法、氯仿/PEG法、氯仿抽提法。PEG法安全性较好,但提取效率相对较低,成本投入较高;氯仿抽提法能够高效地从卵黄中获得IgY,但提取物中掺杂了大量的杂质蛋白;氯仿/PEG法提纯效率高,抗体纯度好,成本效益相对较高。结论:PEG法适用于实验室中少量IgY的提取;氯仿/PEG法的提取效率高,抗体纯度好,可用于批量提取高质量的IgY。

运用细胞代谢组学策略探究蒲公英提取物的抗肿瘤作用机制

目的:基于细胞代谢组学分析探究蒲公英提取物抗肿瘤作用的可能机制。方法:采用CCK-8实验检测不同质量浓度(0、5、10、25、50、100、200、400、800 mg/L)的蒲公英提取物处理细胞24 h对人非小细胞肺癌A549细胞活力的影响。以25 mg/L蒲公英提取物处理A549细胞(干预组),未处理的A549细胞为空白对照。24 h后,检测细胞活力,基于超高效液相色谱-质谱联用技术对2组细胞样品进行代谢组学分析。采用主成分分析及正交偏最小二乘判别分析法对数据进行模式识别,分析2组的代谢谱差异,进一步筛选差异代谢物,并分析代谢途径以探讨抗肿瘤机制。结果:蒲公英提取物可抑制A549细胞活力,其作用随剂量升高有增强的趋势(P<0.001)。与空白对照组比较,干预组细胞活力受抑(P<0.05)。2组细胞的代谢谱差异有统计学意义,共筛选并鉴定出136种差异代谢物,其中50种差异代谢物上调,86种下调,主要涉及嘌呤代谢、嘧啶代谢以及氨基糖和核苷酸糖代谢3个代谢通路。结论:蒲公英提取物可抑制A549细胞活力,其机制可能与影响多种能量及氨基酸代谢,从而扰乱A549细胞的生长和增殖等生命活动有关。

肺癌患者血浆外泌体microRNAs标志物的筛选

目的:筛选肺癌患者血浆外泌体中的异常microRNA(miRNA),以期为肺癌筛查及辅助诊断提供新的标志物和方向。方法:选择6名肺癌患者(腺癌3例、鳞癌2例,小细胞肺癌1例)和4名健康对照者血浆样本,采用差速离心法提取血浆外泌体,采用Agilent Bioanalyzer对抽提的RNA进行质量检验,对血浆外泌体miRNA进行高通量测序分析,采用TargetScan、PITA和miRNAorg数据库进行靶基因预测,应用R软件进行靶基因的KEGG和GO分析。结果:miRNA表达分析发现,与正常对照者比较,肺癌患者血浆外泌体中有142种miRNAs表达异常,其中62种miRNAs表达上调,80种miRNAs表达下调。GO分析显示,这些miRNAs的靶基因主要参与了以DNA为模板的转录、转录调控及信号转导等。KEGG分析显示,这些miRNAs的靶基因主要参与轴突导向信号通路、钙信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节等。结论:通过对肺癌患者和健康对照者血浆外泌体miRNAs进行高通量测序,初步筛选出差异表达miRNA,经生物信息学分析,推测其对肺癌转移具有良好预测潜力,有望成为肺癌筛查和辅助诊断的候选生物标志物。

基于核酸适配体的比率荧光探针定量检测血浆外泌体

目的:建立一种新型比率荧光探针法用于定量检测血浆中外泌体。方法:将Cy5荧光探针标记的CD63核酸适配体固定到链霉亲和素磁珠(MNPs)上,得到MNPs-Apt,加入SYBR GreenⅠ(SGⅠ)核酸染料构建比率荧光免疫磁珠(MNPs-Apt-SGⅠ)。当外泌体存在时,CD63核酸适配体捕获外泌体而发生结构改变,SGⅠ探针从双链中释放,免疫磁珠上的SGⅠ荧光强度大幅减弱,而Cy5荧光探针的荧光恒定,根据两种荧光探针被激发的荧光信号比值变化[Δ(F_(C)/F_(S))]对外泌体进行定量检测。结果:外泌体浓度在8.0×10^(4)~1.0×10^(7)个/μL范围内,Δ(F_(C)/F_(S))与外泌体浓度呈良好的线性关系。该方法灵敏度高,选择性好,检出限为4.0×10^(4)个/μL。此外,所建立的方法成功地应用于血浆外泌体的检测。结论:构建的比率荧光探针法具有快速、灵敏、准确度高、特异性强等优点,可用于血浆样品外泌体的定量检测。