条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性分析

条斑紫菜是一种具有重要经济价值的藻类植物,广泛应用于医学、纺织和食品等领域。本研究通过Python、OGDRAW、CodonW、CUSP、DNAstar及SPSS20等软件进行多元统计和密码子偏爱性分析,并获得了56个条斑紫菜叶绿体基因序列的GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)、ENC值和RSCU值,同时获得了条斑紫菜叶绿体基因组结构图和密码子使用热图。结果显示,条斑紫菜叶绿体基因的AT碱基含量高于GC碱基含量,说明其密码子偏爱于A/T碱基结尾。中性绘图分析、ENC绘图分析和PR2-plot分析结果表明影响条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性的主要影响因素是自然选择。将高频密码子和高表达优越密码子结合,最终获得了9个条斑紫菜叶绿体基因的最优密码子,如UUU、UCA和CCU,均偏爱于A/U碱基结尾。研究结果为条斑紫菜的资源开发和培育利用,以及外源基因的稳定表达提供了重要的科学依据。

红藻rbcL基因密码子偏爱性分析

红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值。结果显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾。ENC绘图分析,PR2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义。