基于蛋白质相互作用网络探讨天花粉蛋白对乳腺癌MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用

目的:构建人乳腺癌MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络,预测细胞关键靶点,从凋亡耐药途径观察天花粉蛋白对MCF-7/PTX细胞的耐药逆转作用。方法:通过在线基因银行数(GenBank)筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因;使用STRING进行文本挖掘并构建蛋白质相互作用网络;应用插件Centiscape 2.2实现拓扑分析;基于拓扑分析所得的关键因子,选取Bcl-2基因为研究指标;MTT法检测TCS对MCF-7/PTX细胞的增殖抑制作用,Western Blot检测TCS对MCF-7/PTX细胞Bcl-2蛋白表达的影响。结果:通过"GenBank"筛选获得MCF-7/PTX细胞相关基因134个,软件STRING挖掘出MCF-7/PTX细胞的蛋白质相互作用网络包含1194个节点(蛋白质)、19733条边(相互作用关系);插件Centiscape 2.2分析得出关键节点Bcl-2。实验表明TCS对MCF-7/PTX细胞有明显的增殖抑制作用,且随着药物浓度的升高和作用时间的延长,对细胞的增殖抑制率升高,具有时间-剂量依赖性。不同浓度TCS作用于MCF-7/PTX细胞72 h,Bcl-2蛋白的表达下调,且呈剂量依赖性。结论:TCS通过下调MCF-7/PTX细胞Bcl-2蛋白的表达来发挥耐药逆转作用。

蛋白质分子网络对接技术鬼臼毒素对精原细胞瘤作用靶点的预测

目的精原细胞瘤是最常见于睾丸的恶性肿瘤,而鬼臼毒素在对其治疗中效果明显,但对于鬼臼毒素的作用机制研究甚少,本研究通过蛋白质互作网络及分子对接技术以期发现鬼臼毒素作用于精原细胞瘤的分子机制。方法筛选在线人类孟德尔遗传数据库OMIM中的精原细胞瘤遗传相关基因,应用Cytoscape软件和插件进行文本挖掘,建立精原细胞瘤的相关蛋白质相互作用网络,发现网络中可能包含的分子复合物并对其生物学过程、分子功能、细胞组分进行GO富集、分析;基于DAVID,富集分子复合物的生物学通路;通过SYBYL8.1软件对精原细胞瘤蛋白质网络进行拓扑属性分析,找出关键节点蛋白,并将其作为本研究的受体在SYBYL中与鬼臼毒素进行对接打分,找出鬼臼毒素的主要作用节点。结果人类孟德尔遗传数据库中精原细胞瘤基因有48个。可能包含6个关联积分值≥6的分子复合物。精原细胞瘤相关遗传靶基因集合分别富集在前列腺增生的负调控、Notch信号通路的负调控、前列腺芽形成的调节、干细胞的分化、雄性性腺发育和TGF-β信号转导通路等相关通路,应用分子对接技术发现鬼臼毒素干预精原细胞瘤的关键靶点。结论精原细胞瘤的发生发展是一个由多基因、多通路协同作用的复杂过程,而鬼臼毒素通过对精原细胞瘤关键节点蛋白的作用可有效干预其发展。

基于蛋白质相互作用网络对滑膜肉瘤生物学通路探索

目的滑膜肉瘤(synovial sarcoma,SS)是一种来源不明的软组织恶性肿瘤,临床上较少见。随着分子生物学的不断发展,从分子层面了解滑膜肉瘤并发现其相关生物学通路,以此寻找其治疗靶点成为目前研究的热点。本研究通过建立蛋白质相互作用网络预测滑膜肉瘤的生物学通路,以期发现其相关作用靶点。方法通过在线人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因,采用Cytoscape软件和插件Agilent Literature Search进行文本挖掘并建立滑膜肉瘤的蛋白质相互作用网络;采用插件Clusterviz,发现网络中可能包含的分子复合物;基于DAVID富集分子复合物的生物学通路。结果通过人类孟德尔遗传数据库筛选出滑膜肉瘤相关基因有67个;采用Cytoscape软件挖掘出滑膜肉瘤相关蛋白质相互作用网络包含489个节点(蛋白质)和1 414条边(相互作用关系);Clusterviz插件发现其可能包含6个分子复合物;通过DAVID对这6个分子复合物进行富集,获得其相关生物学通路,以错误发现率(false discovery rate,FDR)<1为差异有统计学意义,最终获得分子复合物1有7条通路,分子复合物2有45条通路。分子复合物3、4、5和6的细胞通路FDR值均>1,差异无统计学意义。结论分子复合物1主要与p53信号通路及细胞因子调节有关,且与膀胱癌有相关性;分子复合物2涉及通路较多,说明滑膜肉瘤的发生是一个受多种细胞通路、多基因构成的网络协同调控的复杂过程。

姜黄素抑制肺癌细胞血管拟态形成机制探讨

目的观察姜黄素对肺癌细胞A549血管拟态生成及细胞内Wnt/β-catenin信号通路相关基因表达的影响,探讨姜黄素抑制肿瘤血管形成的机制。方法体外培养A549细胞株,0、2.5、5、10、20和40μmol/L姜黄素处理细胞24h,应用MTT法检测姜黄素对细胞增殖的影响,体外血管生成拟态实验检测各组细胞形成血管拟态能力,RT-PCR法检测细胞内β-catenin基因mRNA的转录水平;选取Wnt/β-catenin特异性抑制剂XAV939,蛋白质印迹法检测对照组、姜黄素组和XAV939组血管生成基因VE-cadherin蛋白的表达。结果姜黄素对肺癌A549细胞株有抑制作用,并呈剂量依赖性,IC50值约为17.5μmol/L。与对照组相比,姜黄素含药组血管拟态形成数目减少,呈剂量依赖性;随着姜黄素浓度增加,β-catenin基因mRNA表达水平显著降低,差异有统计学意义,P值均<0.05。蛋白质印迹法结果示,与对照组相比,姜黄素组VE-cadherin蛋白表达减少,P=0.047;与XAV939组相比差异无统计学意义,P=0.087。结论姜黄素可抑制肺癌细胞的血管拟态形成能力,其机制可能是通过抑制Wnt/β-catenin信号通路活性实现的,这将为临床治疗肺癌提供新的思路。

网络药理指导下大黄对慢性粒细胞白血病作用机制研究

目的近年来,随着蛋白质相互作用网络与分子对接技术等方法论的不断创新,为探索慢性粒细胞白血病(chronic myelogenous leukemia,CML)的发生发展机制及中药治疗CML的内在机制提供了新的研究思路。本研究在CML蛋白质相互作用网络构建与分子对接技术指导,并进行体外实验验证,探讨大黄干预CML的内在分子生物学机制。方法使用人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)筛选CML相关基因,导入Cytoscape 3.2.1实现蛋白质相互作用网络的可视化,插件CentiScaPe 2.1实现网络拓扑分析。大黄活性小分子物质从第三方数据库获取,Chemoffice 8.0与SYBYL 8.1对其再构建、结构优化,得到大黄小分子配体结构库,再通过Surflex-Dock模块与受体靶点进行分子对接,打分后得到关键靶标丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen activated protein kinase 3,MAPK3)。随后针对其进行实验验证,通过四甲基偶氮唑盐(methyl thiazolyl tetrazolium,MTT)法检测对照组(无药血清)与实验组(1.2、6、12g/kg的大黄含药血清)在24、48、72、96h对K562细胞的增殖抑制率,蛋白质印迹法检测MAPK3蛋白的表达情况。结果构建了由705个节点(蛋白质)和2 058条边(相互作用)组成的蛋白质相互作用网络,分析得出关键靶标MAPK3。MTT法结果表明大黄能显著抑制K562细胞的增殖,且抑制率与动物给药剂量(所获含药血清)高低与作用时间成正相关。各实验组48、72、96h抑制作用优于24h,P<0.05;各实验组与对照组比较,差异均有统计学意义,P<0.05。蛋白质印迹法结果显示,大黄能显著降低MAPK3蛋白的表达。结论 CML是一个受多基因、多功能蛋白调控的复杂疾病,MAPK3很可能是CML的关键节点,而大黄可通过降低MAPK3蛋白的表达干预K562细胞增殖。

开通企业党建网

“乌鲁木齐电业局在文明单位创建工作中措施有力，重点突出，活动载体内容丰富、不断创新，今天建成开通的党建网在进一步加强企业党建、精神文明工作中必将发挥积极作用!”在3月4日召开的乌鲁木齐电业局创建“全国文明单位”誓师推进大会上，自治区党委宣传部副部长孙新刚对乌鲁木齐电业局党建网建成给予充分肯定，并欣然为网站开通揭牌。

“一体两翼”应急管理体系在电网企业中的应用

随着现代社会对电力能源依赖性的增强,电力行业成为关系国民经济安全、社会稳定的基础性行业。建立健全应急管理机制,提升应急处置能力,有效处理各类突发事件,保障电网的安全、稳定运营,为人们生活和生产提供优质、清洁的电力能源是全社会稳定、健康发展的基础,也是电网企业履行社会责任的重要途径和手段。