高原林蛙线粒体全基因组序列测定及系统发育分析

利用二代测序技术Illumina平台对高原林蛙(Rana kukunoris)线粒体进行低覆盖全基因组测序,对线粒体基因组进行获取、拼接与注释,获得高原林蛙线粒体全基因组序列,序列全长21 913 bp,主要包括tRNA基因(22个)、rRNA基因(2个)、CDS(13个)和D-loop(1个)4部分。除轻链中的NAD6外,其他蛋白质编码基因都在同一条链上。在编码基因中,共发现3个重叠基因:COX1/trnS2、ATP6/ATP8和NAD4L/NAD4。高原林蛙线粒体基因组具有AT偏好性,蛋白质编码基因中氨基酸使用最频繁的是Leu和Ser, tRNA基因都有经典的三叶草结构。KaKs分析显示,高原林蛙线粒体基因组编码基因未检测到正选择作用。基于高原林蛙线粒体全基因组构建的系统发育树表明,高原林蛙与中国林蛙亲缘关系最近。研究结果将为高原林蛙的起源、分化和遗传多样性研究提供数据支持。