基于COⅠ基因序列的东、黄海区野生与养殖大黄鱼遗传多样性分析

为研究野生与养殖大黄鱼（Larimichthys crocea）群体的遗传多样性,对大黄鱼8个野生群体及6个养殖群体共336个样本的线粒体COⅠ基因部分序列进行了扩增和测序分析。实验最终获得序列片段长621 bp,总变异位点38个,简约信息位点23个,单变异位点15个,其中野生群体包含38个变异位点,占总变异的100%,养殖群体包含8个变异位点,占总变异的21.05%。在所有样本中共检测出单倍型34个,单倍型多样性为0.587,核苷酸多样性为0.00194,野生及养殖群体单倍型多样性指数分别为0.714-0.952、0.000-0.581。大黄鱼养殖与野生两个组群间的遗传分化指数为0.04982,占总变异的4.98%,差异极显著（P〈0.01）,组群间群体间的变异占1.46%（P〉0.05）,群体内的变异占93.56%（P〈0.01）。以上结果表明,大黄鱼的遗传变异主要来自于群体内,养殖群体的遗传多样性显著低于野生群体,两者的遗传多样性程度均处于较低水平,养殖群体间或野生群体间不存在显著的遗传分化,而养殖与野生两大组群间存在着显著的遗传分化。此外,通过对群体遗传结构及进化树的分析表明,东、黄海大黄鱼应属于同一地理种群,但两者间存在较低程度的遗传分化现象,黄海的大黄鱼群体遗传多样性高于东海群体。本研究可为大黄鱼种质资源的保护和恢复提供理论依据。

增殖放流对日本囊对虾群体遗传多样性的影响评估

为评估增殖放流对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)群体遗传多样性的影响,本研究分析了放流前捕捞渔获群体(FLQ)、放流后捕捞渔获群体(FLH)以及放流虾苗群体(FLXX)的遗传多样性水平。3个群体共测定了135尾日本囊对虾的线粒体D-loop序列,经比对分析确定测得的序列长度为938 bp,检测到237个变异位点,177个简约信息位点,定义了100种单倍型。经分析,核苷酸多样性指数由大到小依次为FLQ、FLH、FLXX,单倍型多样性指数大小为FLQ=FLH>FLXX。AMOVA分析表明FLQ和FLH群体的遗传分化系数(F_(st))值为0.00629,其小于0.05,表明变异主要来自于群体内,且群体间无分化。FLH与FLXX的F_(st)值为0.08151(P<0.01),其大于0.05,表明遗传变异大多发生在群体内,但群体间呈低度分化。Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结果均为负值,表明这3个群体偏离了中性模式,可能受到群体扩张和自然选择的作用。综上所述,增殖放流前后日本囊对虾群体均保持较高的遗传多样性水平,变异不存在显著性差异,且群体间无分化,说明增殖放流是目前维持日本囊对虾种质资源量较为有效的措施之一。

水生动物的争斗与应激行为

争斗行为是一种典型的动物社会行为,在各种水生动物中广泛存在,在一定程度上影响了经济水生动物育苗与养殖过程中的成活率;应激行为是生物体受到体内外非特异有害因子刺激所表现的机能障碍和防御反应。争斗和应激行为主要受食物资源、种群年龄结构、环境熟悉度和养殖密度、亲缘识别能力和神经递质等因素的影响。应激所产生的攻击行为具有一定的遗传特征,主要受神经系统的调节。在其调控通路中,神经递质分子的合成与分解受特定的基因调控,如单胺氧化酶基因、色氨酸羟化酶基因、5-羟色胺受体基因、5-羟色胺转运体基因和儿茶酚氧位甲基转移酶基因等起到了关键的调控作用。本文综述了水生动物争斗与应激行为的表现、形成机制,并分析了不同因素对水生动物争斗行为的影响机制,为在水产养殖中减少因争斗与应激行为造成的个体伤亡,有效提高经济类水生动物在养殖过程中的成活率提供参考。

基于线粒体COI基因序列的智利竹䇲鱼遗传多样性分析

利用线粒体COI序列作为遗传标记,分析智利外海(78°40′W^81°45′W、40°18′S^44°25′S)智利竹䇲鱼(Trachurus murphyi)遗传结构特征。分析6个采样点的216个个体,共检测到13个变异位点,4个简约信息位点,9个单变异位点,并定义了14种单倍型。6个采样点的单倍型多样性为(0.375±0.090)^(0.716±0.060),核苷酸多样性为0.00063~0.00169,AMOVA分析Fst值为0.00629,小于0.05,表明变异主要来自于群体内,且群体间无分化。与基于单倍型和群体间遗传距离构建的UPMGA树的结果共同说明该海域群体间无分化,且在智利外海水域具有广泛的分布带。Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结果表明,智利竹䇲鱼近期经历过群体扩张事件。

单细胞转录组测序及其在肾脏疾病研究中的应用进展

肾脏疾病的机制复杂,部分原因在于肾脏组织具有大量不同的、高度分化的细胞类型,这为肾脏病机制研究带来困难。传统的RNA测序方法,只能获得所取组织基因表达的平均水平,无法获知单个细胞的种类和状态,而单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)可以从单个细胞的水平得到基因表达图谱,从而对异质性的组织样本进行分群鉴定,在疾病研究中有着很好的应用前景,是近年来发展很快的一项技术。单细胞转录组测序可以区分不同的细胞类型,并了解其基因表达,为探索肾脏疾病的发病机制、发现新的治疗靶点提供思路,该技术还可以应用于肾脏活检,使得肾脏疾病诊疗个体化、精准化[1]。本文主要介绍现有的单细胞转录组测序技术,及其在肾脏领域中的进展和应用前景。