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白藜芦醇衍生物作为新型LSD1/HDAC双靶点抑制剂的计算模拟研究
1
作者
鲁文凤
路嘉瑞
+2 位作者
韩迪
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2024年第3期572-580,共9页
本研究选择前期设计出来的6个白藜芦醇衍生物LSD1抑制剂R1~R6,通过分子对接、分子动力学模拟、分子力学/广义玻恩表面积(MM/GBSA)等计算模拟方法探索了这些衍生物与HDAC8的相互作用模式以及结合自由能。以HDAC8的共晶配体CRA-A作为参考...
本研究选择前期设计出来的6个白藜芦醇衍生物LSD1抑制剂R1~R6,通过分子对接、分子动力学模拟、分子力学/广义玻恩表面积(MM/GBSA)等计算模拟方法探索了这些衍生物与HDAC8的相互作用模式以及结合自由能。以HDAC8的共晶配体CRA-A作为参考,结果显示,白藜芦醇衍生物R1~R6均能以双齿配位的形式与Zn^(2+)结合,与HDAC8有效结合。在分子动力学模拟的过程中,小分子的羟肟酸基团的两个氧原子始终与Zn^(2+)双齿配位,且6个白藜芦醇衍生物始终在HDAC8的疏水腔内。R1~R6与HDAC8的结合自由能计算结果表明,R1和R3与HDAC8的结合能力最强(分别为-200.00 kcal·mol^(-1)和-202.62 kcal·mol^(-1)),和其与LSD1的结合能力一致。其中,静电相互作用是主要的稳定因素。能量分解结果揭示ASP164、ASP253和HIS166是小分子与HDAC8结合过程中的关键氨基酸。
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关键词
组蛋白去乙酰化酶
白藜芦醇衍生物
分子对接
分子动力学模拟
双靶点抑制剂
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职称材料
济阳县高标准农田建设规划及措施
2
作者
鲁文凤
《山东水利》
2015年第11期31-32,35,共3页
介绍了济阳县从规划范围、整体目标、总体布局、主要建设任务、实施步骤、保障措施等几方面建设"旱能浇、涝能排"高标准农田的主要做法,提出了总体性规划原则与思路,解决了目前农田建设中存在的行政区域之间、部门与部门之间...
介绍了济阳县从规划范围、整体目标、总体布局、主要建设任务、实施步骤、保障措施等几方面建设"旱能浇、涝能排"高标准农田的主要做法,提出了总体性规划原则与思路,解决了目前农田建设中存在的行政区域之间、部门与部门之间各自为战,建设标准不统一,水资源利用不充分,农业综合开发能力弱等方面的问题。
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关键词
济阳县
水利工程规划
农田建设
高标准
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职称材料
题名
白藜芦醇衍生物作为新型LSD1/HDAC双靶点抑制剂的计算模拟研究
1
作者
鲁文凤
路嘉瑞
韩迪
高云龙
徐永涛
机构
新乡医学院医学工程学院
新乡市生物医学信息研究重点实验室
河南省神经信息分析与药物智能设计国际联合实验室
出处
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2024年第3期572-580,共9页
基金
国家自然科学基金委员会(GrantNo.21603180)资助
河南省高校科技创新人才(22HASTIT050)
+1 种基金
新乡医学院研究生科研研究创新支持计划项目(YJSCX202245Y)
新乡医学院博士人才支持计划项目(XYBSKYZZ202183)。
文摘
本研究选择前期设计出来的6个白藜芦醇衍生物LSD1抑制剂R1~R6,通过分子对接、分子动力学模拟、分子力学/广义玻恩表面积(MM/GBSA)等计算模拟方法探索了这些衍生物与HDAC8的相互作用模式以及结合自由能。以HDAC8的共晶配体CRA-A作为参考,结果显示,白藜芦醇衍生物R1~R6均能以双齿配位的形式与Zn^(2+)结合,与HDAC8有效结合。在分子动力学模拟的过程中,小分子的羟肟酸基团的两个氧原子始终与Zn^(2+)双齿配位,且6个白藜芦醇衍生物始终在HDAC8的疏水腔内。R1~R6与HDAC8的结合自由能计算结果表明,R1和R3与HDAC8的结合能力最强(分别为-200.00 kcal·mol^(-1)和-202.62 kcal·mol^(-1)),和其与LSD1的结合能力一致。其中,静电相互作用是主要的稳定因素。能量分解结果揭示ASP164、ASP253和HIS166是小分子与HDAC8结合过程中的关键氨基酸。
关键词
组蛋白去乙酰化酶
白藜芦醇衍生物
分子对接
分子动力学模拟
双靶点抑制剂
Keywords
histone deacetylases
resveratrol derivatives
molecular docking
molecular dynamics simulation
dual inhibitors
分类号
O641.3 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
济阳县高标准农田建设规划及措施
2
作者
鲁文凤
机构
济阳县水务局
出处
《山东水利》
2015年第11期31-32,35,共3页
文摘
介绍了济阳县从规划范围、整体目标、总体布局、主要建设任务、实施步骤、保障措施等几方面建设"旱能浇、涝能排"高标准农田的主要做法,提出了总体性规划原则与思路,解决了目前农田建设中存在的行政区域之间、部门与部门之间各自为战,建设标准不统一,水资源利用不充分,农业综合开发能力弱等方面的问题。
关键词
济阳县
水利工程规划
农田建设
高标准
分类号
F323.3 [经济管理—产业经济]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
白藜芦醇衍生物作为新型LSD1/HDAC双靶点抑制剂的计算模拟研究
鲁文凤
路嘉瑞
韩迪
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2024
0
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职称材料
2
济阳县高标准农田建设规划及措施
鲁文凤
《山东水利》
2015
0
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职称材料
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