结直肠癌原发与配对转移肿瘤遗传异质性研究进展

结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是我国常见的致死性肿瘤类型之一。根据体细胞突变谱预测抗EGFR单抗治疗疗效已成为转移性结直肠癌(metastatic colorectal cancer,m CRC)治疗的标准步骤。由于临床上转移样本难以获得,只能采用原发肿瘤替代进行检测。原发和配对转移肿瘤间的遗传异质性会导致原发灶取样无法代表转移灶突变谱。目前CRC原发和配对转移肿瘤间遗传异质性程度仍存在争议。本文就CRC原发和配对转移基因组谱的对比研究进行了综述,并讨论了原发与配对转移肿瘤遗传异质性形成的原因及应对策略。

基于网络药理学探索消银颗粒治疗银屑病的分子机制

目的 结合网络药理学和分子对接技术探索消银颗粒治疗银屑病的分子机制。方法 通过TCMSP数据库筛选中药复方消银颗粒的活性成分及活性成分对应的靶点。在GEO数据库获得银屑病转录组数据(GSE13355),分析银屑病差异表达基因。通过TTD、Drugbank、Disgenet、Genecards数据库获取银屑病治疗靶点。然后对药物靶点、银屑病治疗靶点、银屑病差异基因取交集得到消银颗粒治疗银屑病的关键靶点。采用cluster Profiler包对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,揭示关键靶点的生物学功能。将潜在靶点导入String数据库构建关键靶点的PPI网络。将获得的有效活性成分及作用靶点导入Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络。最后,采用分子对接技术对有效成分和靶点进行验证。结果 共筛选出消银颗粒的活性成分198种,包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素等。将鉴定出的4408个银屑病治疗靶点,635个差异表达及254个活性成分相关靶点取交集得到24个消银颗粒治疗银屑病的关键靶点。关键靶点主要富集在TNF信号通路、IL-17信号通路。PPI分析结果显示FOS、IL-1B、MMP-9及CCL-2位于网络核心。最后,分子对接表明FOS、IL-1B、MMP-9及CCL-2能与消银颗粒主要活性成分槲皮素稳定结合。结论 消银颗粒治疗银屑病可能通过多成分、多靶点、多通路,发挥抗炎、促进角质形成细胞凋亡、抑制炎性因子趋化作用治疗银屑病。

二代测序技术在结直肠癌基因组测序中应用的研究进展

二代测序技术在结直肠癌(CRC)领域中的应用已经越来越广泛。根据测序目的的不同,二代测序技术主要分为全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和靶向深度测序等。本文简要概述了这几种二代测序技术在CRC基因组研究中的应用。

结直肠癌原发与对应转移肿瘤KRAS突变一致性meta分析

转移性结直肠癌(metastatic Colorectal Cancer,m CRC)患者普遍需要进行KRAS基因突变检测,而当前原发与配对转移肿瘤之间KRAS突变状态一致性存在争议.对原发和配对转移肿瘤KRAS状态进行了meta分析.共纳入44项研究包括2421例配对与转移样本.KRAS基因在原发和配对m CRC间的突变频率高度一致90.67%(38.46%vs 38.87%,OR=0.98,95%CI 0.87~1.10).但KRAS突变状态异质性在配对样本间确实存在.对不同人种进行亚组分析发现亚洲人群中KRAS基因突变状态在原发与配对转移灶间一致性低于欧洲人群(0.85 vs 0.92,χ~2=22.55,P<0.001).因此,在亚洲人群中进行KRAS突变分析时应加以注意.