CC趋化因子配体20在肝细胞癌组织中的表达及其在肝细胞肝癌预后评估中作用的生物信息学分析

目的:研究CC趋化因子配体20(CCL20)在肝细胞肝癌(LIHC)组织中的表达,并探讨其对LIHC患者预后的影响,阐述CCL20影响LIHC恶性行为的机制。方法:采用Rstudio(4.03)软件从癌症基因图谱(TCGA)和UCSC Xena平台获取LIHC患者癌组织和癌旁组织中CCL20 mRNA表达水平和临床数据,比较CCL20 mRNA在2种组织中的表达差异,并利用GEPIA联合GTEx数据对上述结果进行验证;采用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析法分析CCL20 mRNA表达水平与LIHC患者预后的关系。通过Pearson相关分析对LIHC患者CCL20 mRNA表达水平与甲胎蛋白(AFP)水平的相关性进行分析,并通过受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)、诺谟图和校正曲线分析LIHC患者CCL20 mRNA表达水平与患者临床诊断和生存预测情况的相关性。采用TCGA数据库对LIHC患者癌组织中CCL20 mRNA的表达进行基因集富集分析(GSEA),分析CCL20 mRNA表达水平与DNA拷贝数突变和DNA甲基化水平的相关性。结果:与癌旁组织比较,LIHC患者癌组织中CCL20 mRNA表达水平明显升高(P<0.01);Kaplan-Meier生存分析,CCL20 mRNA低表达患者的预后明显优于CCL20 mRNA高表达患者(HR=1.789,P<0.01),且Cox单因素和多因素回归分析表明CCL20 mRNA表达水平为LIHC患者的独立预后因素(P<0.05);Pearson相关分析,LIHC患者癌组织中CCL20 mRNA表达水平与AFP水平呈正相关关系(P<0.01);CCL20 mRNA表达水平在LIHC患者临床诊断评估中具有一定的参考价值(AUC=0.69,P<0.01),且可有效预测LIHC患者生存率。GSEA分析,CCL20可通过趋化因子、NOD样受体(NLR)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)和Toll样受体(TLR)等肿瘤相关信号通路参与LIHC细胞黏附、细胞因子与细胞因子受体相互作用和核糖体功能实施等过程。遗传学和表观遗传学分析,与正常二倍体组比较,拷贝数丢失组和拷贝数扩增组样本中CCL20 mRNA表达水平差异无统计学意义(P>0.05);与拷贝数丢失组比较,拷贝数扩增组样本中CCL20 mRNA表达水平明显升高(P<0.05);CCL20 mRNA表达水平与CCL20 DNA甲基化水平呈负相关关系(cor=-0.11,P<0.01)。结论:LIHC组织中CCL20 mRNA表达上调与患者预后不良有明显的关联性,CCL20通过多种信号途径参与LIHC的恶性进程,可作为评估和预测LIHC患者预后和生存的指标之一。

基于生物信息学分析PRKCD在肝细胞癌组织中的表达及临床意义

目的:基于生物信息学分析蛋白激酶Cδ(PKCδ,PRKCD)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义,以期为寻找肝细胞癌的临床诊疗潜在分子标志物和靶点提供参考。方法:利用TheCancerGenome Atlas(TCGA)和UCSCXena平台获取肝细胞癌和癌旁组织中PRKCD的mRNA表达量和临床数据,比较PRKCD mRNA在两组样本中的表达差异;利用HumanProteinAtlas数据库分析PRKCD蛋白在肝细胞癌和癌旁组织中的表达差异;利用TCGA分析PRKCD mRNA表达与肝细胞癌临床病理特征和预后的相关性;利用TCGA数据库对肝细胞癌中PRKCD表达进行GSEA富集分析,并从遗传和表观遗传学的观点分析PRKCD表达变化的原因。结果:PRKCD在肝细胞癌组织中的mRNA和蛋白质水平均显著高于癌旁组织;PRKCD表达与TNM分期、组织学级别、甲胎蛋白含量和患者生存状态相关,并且其表达水平具有一定的临床诊断准确性;Kaplan-Meier分析显示PRKCD低表达患者的预后显著优于高表达患者;单因素和多因素Cox回归分析显示,PRKCD是肝细胞癌患者独立预后因素,且TNM为Ⅲ和Ⅳ期生存曲线的风险比显著大于Ⅰ和Ⅱ期;GSEA分析显示PRKCD主要富集在细胞周期和DNA复制等过程,并与两者呈正相关性,且PRKCD主要参与了趋化因子、NOD样受体、PPAR、脂肪细胞因子和T细胞受体信号通路;遗传和表观遗传分析显示PRKCD表达水平与其基因的拷贝数呈正相关,但与其甲基化水平呈负相关。结论:PRKCD基因在肝细胞癌组织中表达上调,且其表达上调与患者预后不良具有显著相关性。

肝癌细胞SMMC-7721中CXCL3表达与氧化应激的相关性研究

目的探讨肝癌细胞中CXCL3的表达与氧化应激水平的关系。方法生物信息学分析CXCL3在肝癌组织和正常组织中的表达差异,其表达情况与生存率的关系,并筛选与CXCL3表达相关的氧化应激基因。过氧化氢对肝癌细胞SMMC-7721进行氧化应激刺激后,qRT-PCR检测CXCL3表达变化。建立CXCL3高表达和CXCL3低表达的肝癌细胞模型,利用CCK-8实验检测细胞增殖情况,利用酶联免疫吸附试验、Western Blotting法等检测细胞中的超氧化物歧化酶(SOD)、丙二醛(MDA)、血红素氧合酶(HO-1)。结果对TCGA数据库的生物信息学分析可以发现,CXCL3在肝癌组织的转录水平与正常组织比较差异无统计学意义(t=0.864,P=0.075);CXCL3高表达患者与CXCL3低表达患者相比,总生存率较低(P=0.001);肝癌组织中有7个与CXCL3表达相关的氧化应激基因;过氧化氢刺激后肝癌细胞CXCL3表达降低(200μmol/L时t=3.275,P=0.004;400μmol/L时t=5.162,P<0.001)。高表达CXCL3的细胞增殖能力增强(t=4.180,P<0.001),低表达CXCL3的细胞增殖能力降低(t=60.201,P<0.001);高表达CXCL3的细胞SOD、MDA和HO-1升高(t=253.301,P<0.001;t=19.485,P<0.001;t=5.592,P<0.001),低表达CXCL3的细胞SOD、MDA和HO-1降低(t=253.782,P<0.001;t=11.265,P<0.001;t=13.064,P<0.001)。结论CXCL3的表达影响肝癌的恶性表型,这可能与肝癌细胞中CXCL3影响其氧化应激有关。

趋化因子CXCL5对宫颈癌HeLa细胞恶性表型的影响及机制

目的研究趋化因子CXCL5对宫颈癌HeLa细胞恶性表型的影响及其机制。方法通过基因转染构建过表达趋化因子CXCL5的宫颈癌HeLa细胞株,研究过表达CXCL5对宫颈癌HeLa细胞恶性行为和肿瘤相关基因表达的影响。结果 CCK-8、集落形成和划痕实验结果显示,过表达CXCL5可明显促进HeLa细胞的增殖和迁移能力;Western Blot实验结果表明,与空载体转染细胞株相比较,CXCL5过表达HeLa细胞株的ERK和p-ERK蛋白表达水平显著提高。结论趋化因子CXCL5通过ERK信号通路经自分泌途径促进宫颈癌细胞的增殖与迁移。

叶酸缺乏及相关基因SNP对神经管缺陷的影响

神经管缺陷(neural tube defects,NTDs)是由多重复杂因素影响的神经管形成及分化过程紊乱而产生的严重先天畸形。叶酸缺乏及代谢酶所携带的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)与NTDs存在高度相关性。叶酸代谢关键酶SNP在人群中分布广泛,是NTDs的重要潜在危险因素。叶酸代谢关键酶SNP会影响叶酸的代谢过程,进而致使DNA甲基化、DNA合成、同型半胱氨酸代谢等的异常,最终引发NTDs。本综述旨在通过分析总结体内叶酸缺乏及相关基因SNP对神经管缺陷的影响来为更好地防治神经管缺陷提供新思路。