基于TCGA数据库分析线粒体相关基因同膀胱癌预后关系

目的构建基于线粒体相关基因同膀胱癌预后模型,并且分析回归模型同膀胱癌预后的关系.方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载膀胱癌转录组数据及临床信息,利用R软件进行数据处理分析.首先对膀胱癌患者的癌与癌旁组织中线粒体相关基因进行差异表达分析;然后,对线粒体相关差异表达基因进行GO富集分析、KEGG信号通路富集分析;进一步使用survival包中coxph函数进行COX模型构建,根据风险评分的中位数将患者分为高低风险组,进行Kaplan-Meier(K-M)生存分析,使用survival包分析有关基因与膀胱癌预后的关系;最后使用GSE48075数据对模型进行验证.结果在88个差异表达的线粒体相关基因中,筛选后得到26个差异表达基因与预后相关,进一步剔除了相关性高的基因,获得13个膀胱癌独立预后基因,基于这13个差异表达基因建立了COX回归模型,并按照风险评分把膀胱癌患者分为高低风险组,发现高风险组生存时间显著低于低风险组.最后将该模型应用于验证集数据(GSE48075),发现该模型能较好预测膀胱癌预后.结论基于TCGA数据库分析,筛选出了与膀胱癌预后相关的基因,成功构建了基于13个线粒体差异基因表达水平的膀胱癌预后模型,通过验证分析发现,该模型能够准确地预测膀胱癌患者的预后.因此,该模型可为膀胱癌患者预后提供参考.