通过常规分离纯化、鉴定和构建细菌克隆文库的方法,研究椒江口三个站点沉积物中细菌的多样性,并对其进行系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示杀鲑气单胞菌是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明γ-变形菌纲和厚壁...通过常规分离纯化、鉴定和构建细菌克隆文库的方法,研究椒江口三个站点沉积物中细菌的多样性,并对其进行系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示杀鲑气单胞菌是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明γ-变形菌纲和厚壁菌门为主要类群。未培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门等8个类群;其中C0站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及绿弯菌门;C1站点克隆子以α-变形菌纲及γ-变形菌纲为主;C2站点克隆子主要属于放线菌门及α-变形菌纲。综合可培养及未培养结果,可发现椒江口沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,且相当数量的克隆子其且相当数量克隆子的相似序列来自重金属或石油烃污染的沉积环境。展开更多
微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用。微生物群落结构和多样性及其变化在一定程度上反映了土壤的质量。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。应用Il...微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用。微生物群落结构和多样性及其变化在一定程度上反映了土壤的质量。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。应用Illumina Mi Seq宏基因组高通量测序技术,在椒江口海域沉积物中鉴定得到古菌和细菌共33门类,变形菌门为明显的优势门类,其序列数占总数的62.1%。其他较为丰富的门类包括绿弯菌门、放线菌门、拟杆菌门。采用mothur软件计算Ace、Chao、Shannon、Simpson指数,结果发现,Ace、Chao的均值分别为511、518,Shannon在5.0左右,Simpson接近于0.02,显示出海域沉积物中微生物多样性较高且差异较小。通过微生物门类多样性与环境因子的相关性分析发现,PCB101、盐度和γ-氯丹对微生物门水平的群落分布具有显著性影响。计算微生物门类组成与环境因子间Spearman相关系数并绘图分析,温度、盐度、pH与多个微生物门类的组成和分布呈现明显的相关关系。展开更多
为研究椒江化工园区邻近海域沉积物中细菌结构,选取四个典型站点,通过分离纯化、鉴定和建立克隆文库的方法,对其进行多样性及系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示洋葱假单胞菌及杀鲑气单胞菌杀鲑亚种是优势种,典型细菌16...为研究椒江化工园区邻近海域沉积物中细菌结构,选取四个典型站点,通过分离纯化、鉴定和建立克隆文库的方法,对其进行多样性及系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示洋葱假单胞菌及杀鲑气单胞菌杀鲑亚种是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明厚壁菌门及γ-变形菌纲为主要类群。非培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门、浮霉菌门等9个类群;其中C3站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及δ-变形菌纲;C4站点克隆子以γ-变形菌纲及酸杆菌门为主;C5站点克隆子主要属于δ-变形菌纲及γ-变形菌纲;C6站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及放线菌门。综合可培养及非培养结果,可发现椒江口化工园区邻近海域沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,除相当数量的克隆子相似序列来自石油烃污染的沉积环境外,还有大量克隆子相似序列来自养殖污染环境。展开更多
文摘通过常规分离纯化、鉴定和构建细菌克隆文库的方法,研究椒江口三个站点沉积物中细菌的多样性,并对其进行系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示杀鲑气单胞菌是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明γ-变形菌纲和厚壁菌门为主要类群。未培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门等8个类群;其中C0站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及绿弯菌门;C1站点克隆子以α-变形菌纲及γ-变形菌纲为主;C2站点克隆子主要属于放线菌门及α-变形菌纲。综合可培养及未培养结果,可发现椒江口沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,且相当数量的克隆子其且相当数量克隆子的相似序列来自重金属或石油烃污染的沉积环境。
文摘微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用。微生物群落结构和多样性及其变化在一定程度上反映了土壤的质量。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。应用Illumina Mi Seq宏基因组高通量测序技术,在椒江口海域沉积物中鉴定得到古菌和细菌共33门类,变形菌门为明显的优势门类,其序列数占总数的62.1%。其他较为丰富的门类包括绿弯菌门、放线菌门、拟杆菌门。采用mothur软件计算Ace、Chao、Shannon、Simpson指数,结果发现,Ace、Chao的均值分别为511、518,Shannon在5.0左右,Simpson接近于0.02,显示出海域沉积物中微生物多样性较高且差异较小。通过微生物门类多样性与环境因子的相关性分析发现,PCB101、盐度和γ-氯丹对微生物门水平的群落分布具有显著性影响。计算微生物门类组成与环境因子间Spearman相关系数并绘图分析,温度、盐度、pH与多个微生物门类的组成和分布呈现明显的相关关系。
文摘为研究椒江化工园区邻近海域沉积物中细菌结构,选取四个典型站点,通过分离纯化、鉴定和建立克隆文库的方法,对其进行多样性及系统发育分析。可培养细菌的形态学及API鉴定结果显示洋葱假单胞菌及杀鲑气单胞菌杀鲑亚种是优势种,典型细菌16S r DNA分子鉴定结果表明厚壁菌门及γ-变形菌纲为主要类群。非培养细菌克隆文库的序列分析结果表明:细菌主要包括变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、芽单胞菌门、硝化螺旋菌门、CFB群、放线菌门、厚壁菌门、浮霉菌门等9个类群;其中C3站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及δ-变形菌纲;C4站点克隆子以γ-变形菌纲及酸杆菌门为主;C5站点克隆子主要属于δ-变形菌纲及γ-变形菌纲;C6站点克隆子主要属于γ-变形菌纲及放线菌门。综合可培养及非培养结果,可发现椒江口化工园区邻近海域沉积物中γ-变形菌纲为典型优势类群,除相当数量的克隆子相似序列来自石油烃污染的沉积环境外,还有大量克隆子相似序列来自养殖污染环境。