目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭...目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭子和痰标本中,人体细胞管家基因GAPDH均呈现明显典型的扩增信号曲线;病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因核酸检测中,痰标本的扩增曲线信号均比咽拭子强,扩增曲线的CT值均低于咽拭子,在病例1和4表现更加明显,而病例4的咽拭子标本检测中,商品化试剂呈现阴性结果,而痰标本则呈现明显的阳性结果。结论在开展新型冠状病毒实验室核酸检测中,痰标本的病毒含量高于咽拭子标本,其检测效果优于咽拭子标本。展开更多
目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR...目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。展开更多
文摘目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭子和痰标本中,人体细胞管家基因GAPDH均呈现明显典型的扩增信号曲线;病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因核酸检测中,痰标本的扩增曲线信号均比咽拭子强,扩增曲线的CT值均低于咽拭子,在病例1和4表现更加明显,而病例4的咽拭子标本检测中,商品化试剂呈现阴性结果,而痰标本则呈现明显的阳性结果。结论在开展新型冠状病毒实验室核酸检测中,痰标本的病毒含量高于咽拭子标本,其检测效果优于咽拭子标本。
文摘目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。