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2016-2021年福州市5岁以下儿童GⅡ型诺如病毒分子流行特征分析 被引量:1
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作者 吴冰珊 黄枝妙 +1 位作者 林卫东 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期471-477,共7页
目的了解2016-2021年福州市哨点监测医院5岁以下腹泻儿童GⅡ型诺如病毒感染情况和基因型动态变化。方法以2016-2021年福州市病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童为研究对象,收集急性期粪便标本,应用RT-PCR检测诺如病毒和扎如病毒... 目的了解2016-2021年福州市哨点监测医院5岁以下腹泻儿童GⅡ型诺如病毒感染情况和基因型动态变化。方法以2016-2021年福州市病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童为研究对象,收集急性期粪便标本,应用RT-PCR检测诺如病毒和扎如病毒,对GⅡ型诺如病毒RNA聚合酶/衣壳蛋白片段进行扩增、序列测定,确定基因型别,分析分子流行特征。结果1601份标本检出诺如病毒241份(15.05%),包括GⅠ型7份,GⅡ型225份,GⅠ、GⅡ混合型9份;同时检出扎如病毒10份。234份GⅡ型诺如病毒阳性标本中204份测序获得核苷酸序列信息,包括175条RdRp区序列,204条VP1区序列。序列分析结果表明主要型别为GⅡ.4型(156/204)和GⅡ.3型(29/204),同时检出多种诺如病毒重组株,包括GⅡ.17[P17]、GⅡ.2[P16]和GⅡ.6[P7]。GⅡ.4型主要包括GⅡ.4[P31]和GⅡ.4[P16]两种组合。各年份间基因型别组成波动较大,GⅡ.4占比波动于40%~91.04%之间,GⅡ.2和GⅡ.6呈明显升高态势。结论2016-2021年福州市腹泻儿童GII型诺如病毒特别是GII.4和GII.3占主导地位,检出多个重组株,非GII.4毒株比重呈升高趋势。本研究有助于了解诺如病毒基因型在地区层面的流行情况,加强分子监测有助于对未来疫苗成分设计的选择。 展开更多
关键词 儿童 腹泻 诺如病毒 基因型 分子流行
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联合二代和三代测序技术鉴定新冠病毒
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作者 林琦 黄枝妙 +3 位作者 曾志伟 陈炜 陈明建 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1053-1059,共7页
目的为迅速精准鉴定新型SARS-CoV-2变异株,采用“二代+三代”联用技术对福建省2例输入性SARS-CoV-2感染病例标本进行全基因组测序和变异分析。方法分别采用Nanopore和Illumina技术进行病毒全基因组测序,应用Pangolin系统判定病毒型别,... 目的为迅速精准鉴定新型SARS-CoV-2变异株,采用“二代+三代”联用技术对福建省2例输入性SARS-CoV-2感染病例标本进行全基因组测序和变异分析。方法分别采用Nanopore和Illumina技术进行病毒全基因组测序,应用Pangolin系统判定病毒型别,利用进化分析软件构建系统发育树,使用Nextclade进行病毒全基因组突变分析、ACE2受体亲和力及免疫逃逸能力评估。结果自2例病例呼吸道标本中获得2株SARS-CoV-2全基因组序列,长度分别为29665 bp和29682 bp,基因组平均覆盖度>99.0%,均为Omicron变异株BQ.1进化分支;进化分析表明2株病毒在BQ.1进化分支同一簇上,结合流调资料,推测2个病例可能来自同一传染源;突变分析显示2株病毒共享全部77个核苷酸突变位点,除S:A27S和S:24-26del外,其余均为BQ.1变异株的特征性突变;2株病毒ACE2受体亲和力及免疫逃逸能力的预测分值均>0.6,推测其生物学特性发生较明显变化,需给予持续监测预警。结论成功应用“二代+三代”测序技术证实福建省首发输入性BQ.1进化分支感染病例,该技术兼顾测序的准确性和时效性,可为SARS-CoV-2变异监测提供技术参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 高通量测序 BQ.1变异株 变异分析
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4例新型冠状病毒感染病例咽拭子与痰标本病毒核酸检测的比较 被引量:73
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作者 陈炜 张春阳 +6 位作者 朱颖 张炎华 游丽斌 吴冰珊 黄枝妙 郑奎城 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期354-358,共5页
目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭... 目的比较分析新型冠状病毒病例咽拭子与痰标本的病毒核酸检测效果。方法对4例新型冠状病毒确诊病例的咽拭子与痰标本分别进行人体细胞GAPDH管家基因、病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因Real time RT-PCR核酸检测与比较。结果4例病例的咽拭子和痰标本中,人体细胞管家基因GAPDH均呈现明显典型的扩增信号曲线;病毒ORF 1ab基因、N基因及S基因核酸检测中,痰标本的扩增曲线信号均比咽拭子强,扩增曲线的CT值均低于咽拭子,在病例1和4表现更加明显,而病例4的咽拭子标本检测中,商品化试剂呈现阴性结果,而痰标本则呈现明显的阳性结果。结论在开展新型冠状病毒实验室核酸检测中,痰标本的病毒含量高于咽拭子标本,其检测效果优于咽拭子标本。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 痰标本 咽拭子 病毒核酸检测
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新型冠状病毒肺炎确诊病例粪便标本的病毒核酸检测 被引量:42
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作者 吴冰珊 俞婷婷 +8 位作者 黄枝妙 陈宏彬 陈炜 张炎华 游丽斌 朱颖 吴晶晶 鄢育青 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期359-361,共3页
目的了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例粪便中2019-nCoV感染情况。方法收集36例确诊病例的粪便标本/肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR检测2019-nCoV载量,利用统计分析软件SPSS 19.0比较病例的带毒率。结果36份标本共检出2019-nCoV... 目的了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)确诊病例粪便中2019-nCoV感染情况。方法收集36例确诊病例的粪便标本/肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR检测2019-nCoV载量,利用统计分析软件SPSS 19.0比较病例的带毒率。结果36份标本共检出2019-nCoV核酸阳性20份(55.56%),危重症病例(2/3)和重症病例标本阳性率均为66.67%(6/9)、普通肺炎病例阳性率为62.50%(10/16)、轻症肺炎病例阳性率为25.00%(2/8)。36例确诊病例包括男性22例、女性14例,检出率分别为54.55%和57.14%;病例年龄分布于17~86岁之间,平均为48.75岁。36份标本其中5份肛拭子标本检出阳性标本2份,31份粪便标本检出阳性标本18。临床分型、性别、年龄和标本类型各组间阳性检出率均无统计学差异。结论本研究发现COVID-19患者,无论重症、轻症患者粪便标本均存在2019-nCoV基因检测阳性,提示消化道可能是该病毒排泄渠道,因此可能存在粪-口传播途径,研究结果具有重要的临床和流行病学意义。 展开更多
关键词 2019新型冠状病毒 新型冠状病毒肺炎 2019新型冠状病毒病 粪便 肛拭子
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诺如病毒新重组株GII.P16/GII.2引起福建省2016年冬季病毒性胃肠炎暴发 被引量:13
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作者 吴冰珊 黄枝妙 +3 位作者 欧剑鸣 齐孝旗 黄业伟 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期805-808,813,共5页
目的本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。方法对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基... 目的本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。方法对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果在3起暴发疫情中18份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中15份标本RT-PCR检测判为GII型诺如病毒,9份标本成功测序。分析测序结果,证实引起本轮疫情为诺如病毒新重组株,该重组株有别于本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GII.4。毒株RNA聚合酶核苷酸序列与2016年日本的GII.4悉尼变异株Kawasaki194毒株的同源性最高,达98%,为GII.P16亚型;衣壳蛋白核苷酸序列与2008年比利时的IPH2161-08VG06毒株同源性最高(97.7%~98.8%),为GII.2亚型。结论这是福建省首次报道诺如病毒重组株GII.P16/GII.2的检出,并引起病毒性胃肠炎暴发。 展开更多
关键词 病毒性胃肠炎 暴发 诺如病毒 GII.P16/GII.2 分子特征
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福建省新型冠状病毒的分离和全基因组特征分析 被引量:7
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作者 张炎华 陈炜 +15 位作者 何文祥 吴冰珊 朱颖 王金章 游丽斌 黄枝妙 陈宏彬 俞婷婷 鄢育青 吴晶晶 修文琼 袁平 张小鸿 骆婧 翁育伟 郑奎城 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期349-353,共5页
目的从福建省早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例中分离新型冠状病毒(2019-nCoV)并了解病毒基因组特征。方法将福建省早期COVID-19患者的咽拭子样本接种至Vero-E6细胞,培养上清提取核酸,经real-time RT-PCR法验证后,利用Ion Torrent S... 目的从福建省早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例中分离新型冠状病毒(2019-nCoV)并了解病毒基因组特征。方法将福建省早期COVID-19患者的咽拭子样本接种至Vero-E6细胞,培养上清提取核酸,经real-time RT-PCR法验证后,利用Ion Torrent S5深度测序仪做全基因组测序,分析病毒株全基因组序列与参考序列的一致性和进化情况。结果12份咽拭子样本经培养后有2份样本病毒滴度明显上升,表明分离到2株2019-nCoV,其全基因组结构蛋白与Wuhan-Hu-1株的一致性超过99.9%。结论成功自福建省早期COVID-19病例中分离到2019-nCoV,病毒分离株的基因序列与湖北武汉流行的2019-nCoV高度同源,提示病毒尚未发生明显变异。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 病毒分离 全基因组
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人感染H7N9禽流感病毒全基因组扩增与测序方法的建立 被引量:4
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作者 谢剑锋 赵琳 +10 位作者 张炎华 翁育伟 陈炜 王金章 何文祥 吴冰珊 黄萌 黄枝妙 朱颖 郑奎城 严延生 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期795-799,共5页
目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段... 目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段,纯化PCR产物后测定核苷酸序列,利用生物信息学软件拼接各节段序列并初步分析其特征。结果本研究中的引物能特异地扩增各基因的目的片段,通过序列拼接可以获得H7N9禽流感全基因组序列。经分析8个节段序列与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒序列高度同源。结论该方法能有效地获得人感染H7N9禽流感病毒全基因组序列,可为进一步分析其基因特征奠定基础。 展开更多
关键词 H7N9禽流感 全基因组 扩增与测序 方法
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一起腺病毒引起的聚集性呼吸道感染的实验室调查 被引量:2
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作者 朱颖 林琦 +6 位作者 游丽斌 黄枝妙 陈敏红 姚栩 张拥军 欧剑鸣 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期685-689,共5页
目的对一起幼儿园聚集性发热事件开展病原学调查,为疫情处置提供依据。方法采集部分患者呼吸道样品,应用real-time RT-PCR法筛查,腺病毒核酸阳性样品接种HEp-2细胞系,PCR扩增部分腺病毒Hexon高变区基因片段并测序,确定病毒型别并进行变... 目的对一起幼儿园聚集性发热事件开展病原学调查,为疫情处置提供依据。方法采集部分患者呼吸道样品,应用real-time RT-PCR法筛查,腺病毒核酸阳性样品接种HEp-2细胞系,PCR扩增部分腺病毒Hexon高变区基因片段并测序,确定病毒型别并进行变异分析。结果从10份咽拭子标本中检测到7份腺病毒核酸阳性。经分离培养得到7株人腺病毒毒株。系统进化分析确定均为人腺病毒7型。推导的氨基酸序列分析显示,与近年来国内外流行株相比,分离株的Hexon蛋白高变区无氨基酸位点突变。结论结合病例临床表现以及流行病学调查结果,此事件证实系人腺病毒7型引起的急性呼吸道感染聚集性事件。 展开更多
关键词 人腺病毒 病毒分离 序列分析
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环介导等温扩增技术及其在病原生物检测中的应用 被引量:8
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作者 黄枝妙 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1075-1080,共6页
环介导等温扩增(LAMP)技术是近年来发展起来的一种新型核酸扩增技术,具有操作简便、快速、特异性高、灵敏性高等特点,自2000年开发以来,在短短的十几年内被广泛应用于细菌、病毒和寄生虫等病原生物的检测,在即时检验和基层实验室推广中... 环介导等温扩增(LAMP)技术是近年来发展起来的一种新型核酸扩增技术,具有操作简便、快速、特异性高、灵敏性高等特点,自2000年开发以来,在短短的十几年内被广泛应用于细菌、病毒和寄生虫等病原生物的检测,在即时检验和基层实验室推广中有重要意义。 展开更多
关键词 环介导等温扩增 病原生物 检测
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福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析 被引量:2
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作者 林琦 黄枝妙 +2 位作者 王宇平 郑晖 翁育伟 《口岸卫生控制》 2021年第5期51-55,共5页
目的应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源。方法选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无... 目的应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源。方法选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序。应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别。应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源。结果成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29 883 bp,平均测序深度达25 762×,覆盖度达98.61%;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致。结论本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。 展开更多
关键词 新型冠状病毒(SARS-Co V-2) 高通量测序 全基因组特征 进化分析
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美国《Emerging Infectious Diseases》2015年第8期有关人兽共患病论文摘译
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作者 黄枝妙 翁育伟 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期986-986,F0003,共2页
为了解2010年A群脑膜炎球菌结合疫苗推出后非洲脑膜炎流行地区的应对策略,我们使用不同的周发病率阈值,在行政区域和卫生区域(共用相同医疗机构)层面上比较了脑膜炎监测和疫苗应对策略的有效性和效率。
关键词 人兽共患病 脑膜炎球菌结合疫苗 论文摘译 美国 流行地区 医疗机构 卫生区域 行政区域
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中国罕见A组轮状病毒DS-1样G3P[8]的全基因组分子特征分析
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作者 熊光萍 魏宇航 +6 位作者 彭蕊 范佳欣 唐晓苹 黄枝妙 董梦洁 车如意 李丹地 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2024年第1期29-36,共8页
目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR... 目的对2021年采集于我国福建的A组轮状病毒(group A rotavirus,RVA)G3P[8]毒株FJ21351116进行全基因组分子特征分析。方法使用高灵敏度A组轮状病毒全基因组测序方法对FJ21351116进行全基因组测序。用MEGA11.0、Geneious9.0.2和DNASTAR软件通过核酸序列分析评估病毒的基因组特征。使用BioEdit v.7.0.9.0和PyMOL v.2.5.2分析VP7和VP4(VP8*)的中和表位。结果我国福建RVA毒株FJ21351116基因型为G3-P[8]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2,系统进化分析显示,FJ21351116株的VP7、VP4、VP3、NSP2-NSP5基因与近几年日本检测到的马样DS-1样G3P[8]基因存在亲缘关系。而VP6、VP1、VP2、NSP1基因与大部分国家G2P[4]的相应基因亲缘关系近,特别是新加坡,表明该毒株是马样G3P[8]毒株与G2P[4]毒株共感染过程中通过基因重配形成的。FJ21351116的VP7/VP4基因与Rotarix和RotaTeq疫苗的进化分析表明,VP7和VP4(VP8*)中和抗原表位与疫苗氨基酸位点均存在多个突变。推测Rotarix和RotaTeq疫苗针对马样DS-1样G3P[8]RVA的保护效果不佳,且与Rotarix的中和抗原表位氨基酸差异高于RotaTeq。结论本研究发现一例中国罕见的DS-1样G3P[8]型RVA毒株,且疫苗株可能对其保护效果差,强调了持续监测RVA毒株及研发高效覆盖面全的RVA疫苗的重要性。 展开更多
关键词 A组轮状病毒 全基因组 DS-1-like G3P[8] 分子特征
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经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒基因组特征分析 被引量:4
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作者 黄枝妙 郑晖 +4 位作者 林琦 陈炜 郑盈翔 王宇平 翁育伟 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第2期136-140,共5页
目的 对经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒感染者标本进行全基因组测序,了解关区范围内输入性新型冠状病毒全基因组特征及变异情况,为新冠疫情防控中的新冠病毒溯源提供参考。方法 采用靶向扩增方法结合二代测序技术获得新型冠状病... 目的 对经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒感染者标本进行全基因组测序,了解关区范围内输入性新型冠状病毒全基因组特征及变异情况,为新冠疫情防控中的新冠病毒溯源提供参考。方法 采用靶向扩增方法结合二代测序技术获得新型冠状病毒全基因组,应用在线分析平台及序列分析软件,判断病毒型别,分析病毒突变位点;构建系统发育树,并结合病例流行病学资料进一步证实病毒的来源。结果 获得30株2021年5月至2022年4月期间输入性新型冠状病毒感染者的SARS-CoV-2全基因组序列。Pangolin分型显示30株病毒分别属于R.1进化分支、Alpha变异株(B.1.1.7)、Beta变异株(B.1.351)、Delta变异株(B.1.617.2)和Omicron变异株(B.1.1.529),2022年1月之后的毒株均为Omicron变异株,分别属于BA.1和BA.2两种进化分支。全基因组核苷酸突变位点分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比30个SARS-CoV-2基因组序列核苷酸突变为24~71个,核苷酸突变位点在全基因组中分布不一致,突变位点数较多的分别是S基因、ORF1a基因、ORF1b基因和N基因。在氨基酸水平上,30株病毒S蛋白存在8个非特征性突变位点,其余突变位点均为相应谱系的特征性突变位点(75%以上同谱系流行株共有的突变位点)。核苷酸系统进化树分析显示,输入性病毒与来源地区流行毒株相似度较高。结论 对福州海关关区输入的新冠肺炎感染者标本进行病毒全基因组测序,获得30个SARS-CoV-2序列。分析表明输入病毒株存在多种不同谱系,核苷酸突变差异导致了氨基酸的特征性突变和非特征性突变,可以为新冠疫情防控中的病毒溯源提供了依据。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 境外输入 全基因组 二代测序 Omicron变异株
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福建省2021年3月—2022年2月新冠病毒Delta变异株感染及复阳者流行病学分析 被引量:1
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作者 张炎华 叶雯婧 +5 位作者 欧剑鸣 谢剑锋 林琦 黄枝妙 翁育伟 郑奎城 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期769-776,共8页
目的回顾性分析福建省2021年3月—2022年2月新冠病毒Delta变异株感染与复阳者的流行病学特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统中的传染病报告卡收集福建省2020年10月1日—2022年9月30日的新冠病毒感染者信息,通过突发公共卫生事件管... 目的回顾性分析福建省2021年3月—2022年2月新冠病毒Delta变异株感染与复阳者的流行病学特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统中的传染病报告卡收集福建省2020年10月1日—2022年9月30日的新冠病毒感染者信息,通过突发公共卫生事件管理信息系统中的流行病学调查报告获取本土暴发疫情中的个案传播关系。运用描述流行病学的方法分析Delta变异株感染者的三间分布特征和潜伏期,运用R软件的“R0”、“EpiEstim”包拟合暴发疫情中感染者的代间隔(SI)并估算实时再生数(Rt);分析复阳的发生率及其核酸检测情况,运用logistic回归分析复阳发生的影响因素。结果新冠病毒Delta变异株在福建省的流行时间大致为2021年3月—2022年2月,呈持续散在输入和本土局部暴发态势。输入性感染者以海员及长途驾驶员(28.99%)、学生(15.94%)以及商业服务人员(14.49%)为主,由厦门入境的感染者最多,主要来自东南亚和日本、美国、英国等地;本土疫情主要发生在莆田和厦门的学校和工厂,传播速度快,实时再生数(Rt)的最大值达7.35,代间隔(SI)服从Gamma分布,均值和标准差分别为2.28和2.06,中位潜伏期为6.50 d。复阳发生率为37.98%,本土感染者发生复阳的风险是输入性感染者的2.68倍(95%CI=1.45~4.95),病程为15~30 d的感染者发生复阳的风险是病程为45 d以上感染者的4.12倍(95%CI:1.18~14.34)。结论新冠病毒Delta变异株在福建省的流行时间大致为2021年3月—2022年2月,呈持续散在输入和本土局部暴发态势,输入性疫情防控压力较大,但暴发疫情得到迅速而有效的控制;Delta变异株感染者复阳发生率为37.98%,病程可能是复阳的影响因素。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 Delta变异株 流行病学特征 复阳 福建
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货车司机远距离传播新型冠状病毒肺炎事件的分子溯源
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作者 林琦 陈泽辉 +3 位作者 黄枝妙 曾小红 李曲文 翁育伟 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2023年第1期55-60,共6页
目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期... 目的追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径, 证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术, 对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序, 应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点, 利用进化分析软件构建系统发育树, 结合流行病学调查数据, 综合分析病例的感染来源及传播路径。结果成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列, 序列长度为29 770~29 839 bp, 基因组平均覆盖度为99.53%;病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株, 但分属3种BA.2亚分支;序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似, 另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7~14个、氨基酸突变位点差异5~7个);进化分析结果表明3例病毒与福建省泉州市本土疫情病毒高度同源, 2例病毒因亲缘关系较远可排除其与泉州市疫情关联;结合病例的个案调查资料, 可以推断至少有2例长途货车司机病例系福建省外感染后返回的散发病例。结论 2019-nCoV全基因组序列分析提示5例COVID-19货车司机病例至少存在3个感染来源, 并推测部分病例系省外感染并跨省长距离传播。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 Omicron变异株 全基因组测序 溯源分析
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基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法的建立
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作者 林琦 黄枝妙 +2 位作者 翁育伟 何文祥 游丽斌 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2023年第5期530-536,共7页
目的建立基于多重PCR的人3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)全基因组高通量测序方法,提高HAdV-3全基因组测序效率和成功率。方法设计适用于HAdV-3全基因组扩增的多重PCR引物,通过多重PCR扩增HAdV-3全基因序列,使用琼脂糖凝胶电泳初... 目的建立基于多重PCR的人3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)全基因组高通量测序方法,提高HAdV-3全基因组测序效率和成功率。方法设计适用于HAdV-3全基因组扩增的多重PCR引物,通过多重PCR扩增HAdV-3全基因序列,使用琼脂糖凝胶电泳初步验证扩增产物的特异性。使用Illumina二代测序对多重PCR产物进行高通量测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析测序有效数据量、平均深度及全基因组覆盖度等质量参数,评估测序质量。基于全基因组测序结果构建系统发育树,确认病毒型别及分析序列的同源性,评价该方法的准确性。结果设计得到HAdV-3全基因组多重PCR扩增引物共计70条(35对),扩增子大小约1200 bp,预期基因组全长约35240 bp、全基因组覆盖度可达99.8%;电泳结果显示多重PCR产物大小与预期相符且扩增特异性高;高通量测序结果显示基于该方法所获病毒全基因组序列完整无缺失,基因组覆盖度达预期范围;序列质量分析显示基于多重PCR的高通量测序方法能获得更多有效数据和更大测序深度,全基因组覆盖更均匀;进化分析显示病毒DNA经多重PCR扩增再测序与病毒DNA直接测序所获序列的进化分型结果一致且同源性高,表明该多重PCR方法的扩增忠实性高,结合高通量测序所获序列结果准确。结论本研究成功建立了一种基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法,该方法能够提高HAdV-3全基因测序效率和成功率,旨在为基于全基因组测序的HAdV-3病原监测及疫情溯源提供更好的技术支持与参考。 展开更多
关键词 人3型腺病毒 多重PCR 全基因组序列 高通量测序
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诺如病毒GⅡ.17新变异株引致福建省2014~2015年病毒性胃肠炎暴发 被引量:10
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作者 吴冰珊 翁育伟 +1 位作者 黄枝妙 何文祥 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期320-324,共5页
本文旨在鉴定福建省2014~2015年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。收集福建省2014~2015年胃肠炎暴发期间急性病例的标本,开展诺如病毒检测并对衣壳蛋白基因片段进行分子特征分析。共检测3起暴发疫情标本31... 本文旨在鉴定福建省2014~2015年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究。收集福建省2014~2015年胃肠炎暴发期间急性病例的标本,开展诺如病毒检测并对衣壳蛋白基因片段进行分子特征分析。共检测3起暴发疫情标本31份,检出GⅡ型诺如病毒阳性标本17份。测序结果证实有13份标本为诺如病毒GⅡ.17新变异株,与2014年日本毒株Kawasaki 323同源性最高,在系统进化上形成一个新的独立的分枝,有别于近年来本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GⅡ.4。是福建省内首次检出诺如病毒GⅡ.17,并引起病毒性胃肠炎暴发。 展开更多
关键词 病毒性胃肠炎 暴发 诺如病毒 GII.17 分子特征
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2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化研究 被引量:9
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作者 黄业伟 吴冰珊 +3 位作者 陈凤钦 黄枝妙 翁育伟 严延生 《疾病监测》 CAS 2017年第3期216-221,共6页
目的通过定点监测了解2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化趋势。方法采集2009-2015年福州市儿童医院因急性腹泻入院的5岁以下儿童的粪便标本,应用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time PCR)筛查诺如病... 目的通过定点监测了解2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化趋势。方法采集2009-2015年福州市儿童医院因急性腹泻入院的5岁以下儿童的粪便标本,应用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time PCR)筛查诺如病毒阳性标本。应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增完整的VP1区和部分RdRp区并测序,应用在线基因分型工具和种系进化分析方法了解福州市5岁以下儿童中诺如病毒基因型/亚型的分布。结果在随机抽取的93份标本中,Real-time PCR法检测阳性有91份;共获得其中73份完整VP1区和72份部分RdRp区基因序列。在完整的VP1分型中,GⅡ.4_2006b型43份,GⅡ.4 Syndeny_2012型16份,GⅡ.3型10份,GⅡ.4 New Orleans_2009型2份,GⅡ.12型1份,GⅡ.7型1份。在部分RdRp区分型中,共发现GⅡ.P4_2006b型43份,GⅡ.Pe型16份,GⅡ.P12型10份,GⅠ.P4型1份,GⅠ.Pa型1份,GⅡ.P21型1份。结论应用双命名系统分型的方法,发现2009-2015年福州市急性腹泻儿童中诺如病毒具有遗传多样性,其中2009-2012年流行的优势毒株为GⅡ.P4_2006b/GⅡ.4_2006b型,2013-2015年流行的优势毒株为GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney_2012型。此外,GⅡ.P12/GⅡ.3为福州市持续流行的型别。 展开更多
关键词 诺如病毒 基因型 变异 儿童腹泻
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2018-2019年福州腹泻住院儿童A组轮状病毒全基因组分析 被引量:5
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作者 黄枝妙 吴冰珊 +2 位作者 林琦 林卫东 翁育伟 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1385-1393,共9页
了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征。通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株3... 了解2018-2019年福州市五岁以下腹泻住院儿童标本中A组轮状病毒(RVA)基因组特征。通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对49份RVA阳性标本进行核酸扩增,对扩增到的40份标本进行全基因组二代测序,获得G1P[8]型RVA毒株7株,G9P[8]型RVA毒株33株。根据VP7节段分型,40株RVA毒株中有30株G9-Ⅵ亚型、3株G9-Ⅲ亚型和7株G1-Ⅰ亚型;根据VP4节段分型,40株RVA毒株均属于P[8]-3亚型。全基因组核苷酸序列分析表明,除了VP7节段外,序列差异比较大的有NSP4和NSP1两个节段。本研究获得11株G9P[8]型Wa-like株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1),22株NSP4节段重配的G9P[8]-E2株(G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E2-H1),在测序的33株G9P[8]型RVA毒株中G9P[8]-E2重配株占66.7%。7株G1P[8]型RVA毒株均为Wa-like株。研究结果表明,2018-2019年福州地区流行的RVA毒株中G9P[8]-E2重配株已经成为优势株,为了更全面了解福州地区RVA毒株的遗传变异情况,后续还需加大标本量持续进行监测。 展开更多
关键词 A组轮状病毒 基因重配 二代测序 G/P分型
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2016-2017年福建省腹泻儿童新型诺如病毒检测情况 被引量:6
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作者 吴冰珊 黄枝妙 +2 位作者 林卫东 张云琳 翁育伟 《国际病毒学杂志》 2018年第6期389-392,共4页
目的鉴定福建省2016-2017年导致儿童腹泻的新型诺如病毒,并分析其分子特征。方法收集2016-2017年福建省病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本,共计892份。应用RT-PCR方法检测诺如病毒,对诺如病毒RNA聚合酶、衣壳蛋白片段... 目的鉴定福建省2016-2017年导致儿童腹泻的新型诺如病毒,并分析其分子特征。方法收集2016-2017年福建省病毒性腹泻监测哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便标本,共计892份。应用RT-PCR方法检测诺如病毒,对诺如病毒RNA聚合酶、衣壳蛋白片段进行序列测定和分子流行特征分析。结果892份标本检出诺如病毒核酸阳性141份,其中GⅠ型6份,GII型125份,GⅠ和GII混合型10份。107份GII型诺如病毒标本成功测序。序列分析结果表明,主要型别为GII.4型和GII.3型,且检出多种新型诺如病毒,包括GII.P17/GII.17、GII.P16/GII.2和GII.P16/GII.4,毒株的核苷酸序列分别与2014年日本的Kawasaki323株、2016年日本的Kawasaki151毒株和2016年英国的NOR2565株高度同源。结论福建省腹泻儿童检出多种新型诺如病毒,需密切关注其流行趋势。 展开更多
关键词 儿童 腹泻 诺如病毒 基因型 分子流行病学
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