相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估

在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中 k =4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.

非序列比对软件SeqDistK在微生物菌群分类中的应用

用非序列比对方法研究微生物菌群的分类是目前生物信息学中的一个热门领域.文中开发了一种基于k-mer统计的非序列比对软件SeqDistK.SeqDistK可通过开源网站https:∥github.com/htczero/SeqDistK获得,具有在微生物菌群分类中运算速度快、准确度高的优点,而且具有适应大型数据研究的潜力.利用SeqDistK对63条已知分类的16S rRNA基因序列所算出的距离矩阵进行菌群聚类,发现所得聚类结果与已有的分类基本一致.SeqDistK能准确地对微生物菌群样本序列进行聚类,可作为一个有效的从分子生物学角度分析系统发育学的软件.