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肺癌相关基因的表达谱研究 被引量:31
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作者 黄达蔷 戴建凉 +6 位作者 陈菊祥 田立峰 金杨晟 沈娴 应康 谢毅 毛裕民 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第9期827-830,I001,共5页
目的 :通过研究人肺癌组织和正常组织中差异表达的基因 ,寻找肺癌相关基因以用于肺癌的诊断和治疗。 方法 :以包含 40 96个 c DNA基因表达谱芯片研究一组肺癌组织样本的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达的基因 370条 ,包含已知基因 ... 目的 :通过研究人肺癌组织和正常组织中差异表达的基因 ,寻找肺癌相关基因以用于肺癌的诊断和治疗。 方法 :以包含 40 96个 c DNA基因表达谱芯片研究一组肺癌组织样本的基因表达谱。 结果 :共筛选出差异表达的基因 370条 ,包含已知基因 146条 ,未知基因 2 2 4条 ,其中 10 7条表达增加 ,2 6 3条表达降低。 结论 :基于 c DNA微矩阵技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选与肺癌发生密切相关的基因。 展开更多
关键词 微矩阵基因芯片 基因表达谱 肺肿瘤
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RP2 基因的连锁分析定位 被引量:5
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作者 刘木根 魏勇 +5 位作者 黄达蔷 金磊 刘立 王莉丝 柴建华 周久模 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 1998年第9期46-49,共4页
为寻找视网膜色素变性相关基因RP2所在的染色体位点,采用染色体Xp21.1-p11.2区段的8个微卫星DNA标记,对X-连锁RP(XLRP)家系进行连锁分析。家系JG的RP相关位点被定位于X染色体位标DXS1068与... 为寻找视网膜色素变性相关基因RP2所在的染色体位点,采用染色体Xp21.1-p11.2区段的8个微卫星DNA标记,对X-连锁RP(XLRP)家系进行连锁分析。家系JG的RP相关位点被定位于X染色体位标DXS1068与DXS1126之间。该区间可能是RP2所在部位,其跨度约5—7cM。可以认为该家系之视网膜色素变性病与RP2基因相关。该家系对寻找和克隆RP2基因非常有用。 展开更多
关键词 视网膜色素变性 RP2 连锁分析 基因定位
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生物芯片的现状和展望
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作者 黄达蔷 《生物学教学》 北大核心 2002年第8期1-2,共2页
关键词 应用 发展前景 生物芯片 现状
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结核分枝杆菌入侵诱导的人巨噬细胞全局性基因表达变化 被引量:7
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作者 谢建平 李瑶 +6 位作者 乐军 徐永忠 黄达蔷 梁莉 陈永青 于善谦 王洪海 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2003年第3期231-239,共9页
利用含有12800个基因全长或部分序列的基因芯片研究结核分枝杆菌无毒株入侵导致的人巨噬细胞U937全基因组在转录水平的表达谱变化。结果表明其中473个基因(3.7%)差异表达,表达上调的基因25个(5.3%),上调超过3倍的包括丝氨酸/苏氨酸蛋... 利用含有12800个基因全长或部分序列的基因芯片研究结核分枝杆菌无毒株入侵导致的人巨噬细胞U937全基因组在转录水平的表达谱变化。结果表明其中473个基因(3.7%)差异表达,表达上调的基因25个(5.3%),上调超过3倍的包括丝氨酸/苏氨酸蛋白质激酶,可溶性结合半乳糖苷的凝集素,蛋白质酪氨酸磷酸酶delta,DDR受体酪氨酸激酶等的编码基因,其余基因(94.7%)表达下调。表达下调的基因中,表达仅为原来1/3以下的25个,其中syndecan结合蛋白的表达下调12.5倍.芯片研究结果与结核分枝杆菌一般抑制宿主细胞免疫应答的趋势相符。这473个基因中的376个基因在GenBank中有记录,另外97个是新基因。生物信息学分析提示差异表达基因编码产物与细胞内信号传导、细胞因子反应、细胞骨架重建、细胞凋亡、铁代谢、电子传递、线粒体功能和离子通道等有关。这些差异表达基因中,有17个是文献报道过的,而且都印证了本文的结果。RT-PCR和Northern杂交实验确证了表达谱芯片研究结果。通过DNA芯片研究全局表达谱变化,揭示了细菌入侵早期导致的巨噬细胞表达变化,为深入研究结核分枝杆菌-宿主相互作用提供了基础数据和探索方向。 展开更多
关键词 人巨噬细胞 全局基因表达变化谱 结核分枝杆菌 结核病 基因芯片
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肥厚性疤痕成纤维细胞的基因芯片分析 被引量:2
5
作者 陈金中 吕洛 +6 位作者 唐榕 金杨晟 杨泉胜 黄达蔷 应康 谢毅 毛裕民 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期634-638,644,共6页
用基因芯片分析肥厚性疤痕与正常皮肤成纤维细胞在静息及TGF beta3刺激下的表达谱的改变 .正常成纤维细胞在TGF beta3刺激前后的表达谱与肥厚性疤痕成纤维细胞在TGF beta3刺激前的表达谱正相关 (r=0 .76 0 37) ,刺激后 2种成纤维细胞的... 用基因芯片分析肥厚性疤痕与正常皮肤成纤维细胞在静息及TGF beta3刺激下的表达谱的改变 .正常成纤维细胞在TGF beta3刺激前后的表达谱与肥厚性疤痕成纤维细胞在TGF beta3刺激前的表达谱正相关 (r=0 .76 0 37) ,刺激后 2种成纤维细胞的表达差异与肥厚性疤痕成纤维细胞TGF beta3刺激前后的表达谱差异正相关 (r =0 .82 6 76 2 ) .构成以上差异的基因有 6 2 0条 ,涉及细胞骨架蛋白、细胞周期蛋白、细胞因子、受体、转录因子及糖、蛋白质和核酸代谢的酶类 ;未发现胶原蛋白Ⅰ ,Ⅲ的表达水平的改变 .结果提示 :1.肥厚性疤痕成纤维细胞在静息状态下表现出与正常细胞受TGF beta3刺激后相似的反应 ,其可能处于一种应激状态 ;2 .TGF beta3刺激后 2种细胞的反应差异与肥厚性疤痕细胞的异常反应相关 ,TGF beta3的作用背景可能是肥厚性疤痕的分子病理学基础之一 ;3 .基因表达变化涉及细胞因子、细胞周期调控、凋亡等 ,其具备疾病遗传异质性的分子基础 ;4.胶原表达无明显上升 ,提示在肥厚性疤痕发病中 ,胶原纤维及细胞外基质堆积有复杂的分子生物学基础 . 展开更多
关键词 肥厚性疤痛 CDNA基因芯片 成纤维细胞 表达谱 转化生长因子Β3
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人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分
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作者 付旭平 戴建凉 +5 位作者 田立峰 黄达蔷 沈健民 吕军 谢毅 毛裕民 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期675-679,共5页
在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差... 在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上 ,从模式识别的角度出发 ,将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类 ,应用费歇线性判别法进行分类器的设计 ,并对分类器的错误率进行估计 ,表明在这些特征下 ,这二类密码子可以区分 .以此分类器的标准判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子 ,其准确率可达 75 % . 展开更多
关键词 超始密码子 甲硫氨酸密码子 位置权重矩阵 Z曲线 费歇判别 人类 CDNA序列
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2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测 被引量:4
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作者 田立峰 戴建凉 +7 位作者 黄达蔷 付旭平 沈健民 范俊 张雷 马良宵 谢毅 毛裕民 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期639-644,共6页
用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因... 用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因合计有 5 6 5条 ,占总分析基因的 2 0 .0 9% ;由蛋白质结构域分析结果表明 ,含PROSITEpattern的基因有 5 2 0条 ,代表了 10 7种 pattern ;含PROSITEprofile的基因有 333条 ,代表了 2 0 0种profile ;含PFAM结构域的基因有 45 7条 ,代表了 2 41个family ;含PRINTS的家族指纹 1型 (class1)的基因有 12 8条 ,指纹 2型 (class2 )的有 18条 ,总数为 146条 ,代表了 45种家族指纹 ;由特殊结构分析表明 ,跨膜蛋白 470条 ,分泌蛋白 6 77条 ,Coiled coil蛋白 2 2 8条 ,Helix turn helix蛋白 73条 . 展开更多
关键词 全长人类新基因 生物信息学 序列分析 功能预测 编码蛋白质
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一个新的人类精子发生相关蛋白激酶cDNA的克隆
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作者 赵思汇 黄达蔷 +4 位作者 马良霄 夏放 张健强 谢毅 毛裕民 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期684-687,共4页
蛋白磷酸化被认为在精子发生过程中起重要作用 .从人类胎脑cDNA文库中得到 2个克隆 ,分别长1840bp和 15 71bp ,后者仅比前者在 3′非翻译区少了约 30 0个核苷酸 ,二者拟编码 32 2个氨基酸残基 ,基序分析发现其中含有 1段明显的蛋白激酶... 蛋白磷酸化被认为在精子发生过程中起重要作用 .从人类胎脑cDNA文库中得到 2个克隆 ,分别长1840bp和 15 71bp ,后者仅比前者在 3′非翻译区少了约 30 0个核苷酸 ,二者拟编码 32 2个氨基酸残基 ,基序分析发现其中含有 1段明显的蛋白激酶基序 .Northern杂交显示其在睾丸中有显著表达 ,暂命名为精子发生相关蛋白激酶 .原位杂交表明精子发生相关蛋白激酶基因在性成熟小鼠睾丸中主要表达在生精小管的外层细胞中 ,而这一层细胞主要包含分裂活跃的精原细胞和初级精母细胞 .提示精子发生相关蛋白激酶可能在精子发生过程中起着比较重要的作用 . 展开更多
关键词 蛋白激酶 精子发生 原位杂交 人类 CDNA 克隆
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Exploring Mycobacterium tuberculosis infection-induced alterations in gene expression in macrophage by microarray hybridization 被引量:2
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作者 谢建平 李瑶 +4 位作者 乐军 徐永忠 黄达蔷 梁莉 王洪海 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2003年第4期337-347,共12页
Tuberculosis remains a serious threat to public health. Its causative agent Mycobacte- rium tuberculosis is an intracellular pathogen which survives and replicates within cells of the host immune system, primarily mac... Tuberculosis remains a serious threat to public health. Its causative agent Mycobacte- rium tuberculosis is an intracellular pathogen which survives and replicates within cells of the host immune system, primarily macrophages. Knowledge of the bacteria-macrophage interaction can help to develop novel measures to combat the disease. The global gene expression of macro- phage following invasion by and growth of M. tuberculosis was studied by cDNA microarray. Of the 12800 human genes analyzed, totally 473 (3.7%) macrophage genes were differentially expressed after being infected by M. tuberculosis, among which, only 25 (5.2%, corresponding to less than 0.2% of the 12800 genes) genes were up-regulated, while others (94.8%) were down-regulated against the control. Of the 473 genes, 376 genes are registered in the GenBank, and 97 are novel genes. Expression of 5 up-regulated genes has been induced by more than 3-fold. 25 genes were down-regulated by more than 3-fold. Syndecan binding protein has been down-regu- lated up to 12.5-fold. The data gave an insight into the early gene expression in macrophage ensuing M. tuberculosis infection and a basis for further study. 展开更多
关键词 MACROPHAGE U937 differential global gene profiling MYCOBACTERIUM tuberculosis cDNA microarray.
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