远海梭子蟹Sox9基因序列测序验证与进化分析

采用全长转录组文库结合三代高通量测序的方法得到远海梭子蟹Sox9基因的全长序列,通过引物设计及PCR产物直接测序验证三代测序结果,最终准确地获得Sox9基因序列。对Sox9基因全长序列进行生物信息学及基因进化分析。结果表明该基因CDS基因序列全长1461bp,蛋白质的无规则卷曲、α-螺旋、β-折叠区域分别占58.64%、25.93%、0%。进化树分析结果表明,远海梭子蟹Sox9与三疣梭子蟹的Sox10基因同源性较高,其核酸序列和氨基酸序列的相似性分别为96.24%和98.77%。远海梭子蟹的Sox9基因鉴定和蛋白质结构预测与功能分析,将为该物种遗传资源挖掘与利用分析奠定重要基础。

远海梭子蟹TTK基因测序与分析

本文指出远海梭子蟹是我国重要的经济蟹类之一,具有肉质鲜美、病虫害少、出肉率可观等优点,具有极高的开发价值。本文通过引物设计、PCR扩增、PCR产物测序验证测序结果,准确地获得了远海梭子蟹TTK基因的全长序列。使用生物信息学工具对TTK基因进行分析预测,研究表明TTK基因的CDS序列全长1 752 bp,编码氨基酸583个,其中丝氨酸占比最多,为10.1%,色氨酸占比最少,为0.5%;序列的理论等电点5.19,氨基酸平均亲水性-0.808,是亲水蛋白质;序列中磷酸化位点64个,其中丝氨酸磷酸化位点47个,苏氨酸磷酸化位点17个;蛋白质二级结构中α-螺旋、延伸链、β-折叠、无规则卷曲占比分别为30.87%、7.38%、6.00%、55.75%。远海梭子蟹TTK基因的序列验证与蛋白质分析将为进一步研究该基因的功能奠定基础并提供一定参考。