短乳杆菌谷氨酸脱羧酶的生物信息学分析

以短乳杆菌(Lactobacillus brevis)Lb-2菌株cDNA为模板克隆了谷氨酸脱羧酶(Glutamate decarboxylase,GAD)基因。采用在线分析工具及相应软件分析预测了GAD基因核苷酸和氨基酸序列的组成、理化性质、信号肽以及高级结构等,并构建系统发育树。该基因序列全长1 407 bp,为一个完整的阅读框,编码468个氨基酸。GAD相对分子量理论预测值和等电点分别是53 517.8 u和5.42,没有跨膜区,没有其他亚细胞定位序列,为亲水性蛋白,与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)和德氏乳酸杆菌(Lactobacillus delbrueckii)的GAD进化关系最近。

1株拮抗水稻纹枯病菌鼠乳杆菌的筛选与鉴定

采用平板对峙法从浙江省金华市水稻田土壤中筛选获得1株拮抗水稻纹枯病菌的细菌QT-0304菌株,最大拮抗带宽达到20 mm。根据形态特征、生理生化特征、16S rRNA基因比对及进化树构树分析,鉴定QT-0304菌株为鼠乳杆菌(Lactobacillus murinus)。抗菌谱实验结果表明:QT-0304菌株对苹果腐烂病菌(Valsa mali)和杨树溃疡病病菌(Botryosphaeria dothidea)均有较好的抑制作用,拮抗带宽分别达到34.5 mm和23.0 mm。

利用CODEHOP设计简并引物克隆红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段和序列分析

利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化至大肠杆菌DH5α中,测序后进行BLASTX比对,发现此DNA产物与其他丝氨酸羧肽酶基因序列有相似性,推断所克隆的产物即为红色红曲霉的丝氨酸羧肽酶基因片段.

淡色生赤壳菌(Bionectria ochroleuca)Bo-1菌株产生抗菌物质的发酵条件优化

以淡色生赤壳菌(Bionectria ochroleuca)Bo-1菌株发酵液乙酸乙酯粗提物对水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzaepv.oryzae,Xoo)抑菌活性为检测指标,采用单因素试验优化Bo-1菌株产生抗菌物质培养所需的碳源、氮源、无机盐;通过正交试验优化培养基配方和摇瓶发酵条件。研究结果表明,Bo-1菌株产生抗菌物质适宜的碳源、氮源和无机盐分别为淀粉、蛋白胨、MgSO4·7H2O;优化的培养基配方为:淀粉30 g/L,蛋白胨2 g/L,MgSO4·7H2O 0.5 g/L;适宜的发酵条件为:温度30℃,转速150 r/min,装液量80 mL/250 mL,pH 6.5。

高Vir毒力根癌农杆菌AGL-1菌株介导丝状真菌转化研究进展和应用

根癌农杆菌介导的真菌转化(ATMT),是分离真菌基因和分析基因功能的重要方法。目前有多种农杆菌菌株可运用于ATMT法,例如LB4404、C58C1、EHA104、AGL-1等。其中AGL-1菌株因其具有Vir毒力高、转化效率高、稳定性好等诸多优点,近年来有关AGL-1菌株高效转化丝状真菌的应用越来越多。就其转化机制、转化过程、转化率影响因素的最新研究进展进行概述。

抗水稻白叶枯病菌植物内生真菌的筛选、鉴定

从多种植物叶片内分离、纯化出31株植物内生真菌,活性筛选表明分离自健康水稻叶片内生真菌Bo-1菌的乙酸乙酯粗提物对水稻白叶枯病菌具有较强的抑菌活性。当供试浓度为100μg/mL时,Bo-1菌乙酸乙酯粗提物对水稻白叶枯病菌抑菌圈为22.4 mm,与同浓度的氯霉素对水稻白叶枯病菌的抑菌效果相当。通过形态学特征观察和ITS rDNA测序分析,Bo-1菌被鉴定为淡色生赤壳菌(Bionectria ochroleuca)。抗菌谱实验表明,Bo-1菌对多种细菌类病原体具有较强的拮抗能力。

两株紫色红曲菌根癌农杆菌介导的T-DNA转化子的生物学特性

从根癌农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导的紫色红曲菌(Monascus purpureus)菌株S的转化子库中筛选出2株产红曲色素性能变化显著且遗传稳定的转化子S62和S158,分别对其菌落形态、显微结构、菌落生长速度、遗传稳定性、潮霉素抗性及其产色素和桔霉素的能力等进行了分析.结果表明,2株转化子的生物学特性均发生了显著变化,且发酵后红曲色素的色价和桔霉素的产量降低.其中:转化子S62液态发酵后色价为2.71 U/mL,仅为原始菌株S色价的0.04倍;转化子S158发酵后色价为17.62 U/mL.

白蚁链霉菌(Streptomyces termitum)ACT-2菌株拮抗物质的分离纯化、解析及活性分析

从浙江省金华市郊水稻田土壤中筛到1株拮抗水稻白叶枯病菌的白蚁链霉菌(Streptomyces termitum)ACT-2菌株。该菌株的菌体和发酵液对水稻白叶枯病菌均表现出较强的拮抗能力;水稻盆栽生防试验结果表明:对水稻白叶枯病有较好的防效,生防效果最高可达80.80%。通过分步萃取、硅胶柱层析、凝胶柱层析等步骤,分离纯化获得拮抗活性物质,对目标物进行核磁共振氢谱分析和质谱分析,通过解析与比对该目标物为Aloesaponarin II(1-甲基-3,8-二羟基蒽醌),分子式为C15H10O4。以氯霉素为对照,测定纯化的Aloesaponarin II对水稻白叶枯病菌拮抗活性,结果表明Aloesaponarin II具有较强的抗菌活性,半抑制浓度为IC50=19.2μg/mL,但较氯霉素弱(半抑制浓度为IC50=0.39μg/mL)。

淡色生赤壳菌Bo-1菌株拮抗物质的分离纯化、解析及活性分析

从浙江省金华市郊水稻内生菌中筛选到1株拮抗水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)P6生理小种的淡色生赤壳菌Bionectria ochroleuca Bo-1菌株。该菌株的菌体和发酵液对Xoo P6生理小种均表现出较强的拮抗能力。以P6生理小种作为指示菌进行活性跟踪,通过分步萃取、硅胶柱层析、高效液相色谱等,分离纯化获得拮抗活性物质结晶;对所获得的结晶物进行核磁共振氢谱分析和质谱分析,通过解析与比对,该物质分子量为344.0835,分子式为C_(18)H_(16)O_7,鉴定为松萝酸(usnic acil)。将纯化的松萝酸以20%叶枯唑(bismerthiazol)和3%中生菌素(zhongshengmycin)为对照,采用96孔板法测定对Xoo P6生理小种的抑菌活性,最低抑制浓度为200μg/mL,表明松萝酸具有较强的抑菌活性,但较中生菌素弱,与20%叶枯唑效果相近。

BP神经网络和遗传算法在乳酸菌发酵参数优化中的应用

为提高短乳杆菌L2菌株γ-氨基丁酸(GABA)的产量,建立了一个反映因素与产量之间的非线性关系模型.运用Plackett-Burman设计、中心组合试验设计(CCD)对MRS培养基组成和培养条件进行了优化,筛选出4个影响发酵的关键因素:蛋白胨、葡萄糖、谷氨酸钠、初始pH.在此基础上,采用误差反向传播神经网络(BPN)和遗传算法(GA)确定了4个关键因素的适宜参数:蛋白胨21.185 g/L,葡萄糖3.857 g/L,谷氨酸钠48.948 g/L,初始pH 4.05.最终使短乳杆菌L2菌株的GABA产量达到了27.765 g/L,比原始MRS培养基的13.452 g/L提高了106.4%.研究表明利用BPN-GA方法进行发酵条件优化是一种行之有效的途径.

基于核酶技术的人线粒体色氨酸tRNA的高效转录及其活性鉴定

利用T7RNA聚合酶(T7 RNA polymerase,T7 RNAP)的体外转录方法因其简便、高效而在RNA制备中得到广泛应用,但该法由于T7RNAP的启动子跨越转录起始位点而会导致转录产物多出附加序列;如果去掉T7启动子的转录起始位点,则会严重降低T7RNAP的转录活性。本实验很好地消除了以上弊端,将T7RNAP的高效转录系统与核酶高度专一的自剪切技术相结合,成功构建了一种不影响转录效率的体外转录方法,而且转录后核酶能够在设计的特定位点进行自剪切并释放出目的RNA,得到了活性达113.6pmol/μg的人线粒体色氨酸tRNA(HmtRNATrp(UCA))。该方法转录效率高、重复性好,适合RNA的大量精确制备。