2021—2022年湖南省PRRSV流行病学调查及基因组特征分析

【目的】了解当前湖南省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行特点及主要流行基因型的占比情况,并明确其遗传进化关系及重组特征,为湖南省PRRS的科学防控提供参考依据。【方法】2021年3月—2022年10月,从湖南省14个市(州)396个疑似暴发PRRS的猪场采集1184份病料样品,采用荧光定量PCR检测PRRSV阳性率,统计不同季节和不同地区的感染情况;利用RT-PCR扩增部分阳性病料样品ORF5序列后进行序列相似性及遗传进化分析;将部分病料接种Marc-145细胞进行病毒分离,采用二代测序技术完成全基因组测序后进行遗传进化分析,并以SimPlot分析是否发生组重组事件。【结果】共有167份病料样品检测结果呈PRRSV阳性(检出率14.11%),湖南省不同地区和不同季节的PRRSV样品阳性检出率分别为0~46.43%和6.95%~19.67%;高致病性PRRSV(HP-PRRSV)株、经典株和类NADC30株的占比分别为43.11%、15.57%和41.32%。共扩增获得21株PRRSV的完整ORF5序列(600~603 bp),其中,7株与HP-PRRSV参考株的GP5氨基酸序列相似性较高(92.1%~98.9%),13株与类NADC30株的相似性较高(91.3%~93.4%);1株与PRRSV经典株的相似性较高(98.6%~99.1%)。不同PRRSV的GP5氨基酸序列变异程度高,其中2株类NADC30株GP5氨基酸序列高变区存在氨基酸位点缺失,且部分病毒株氨基酸变异区域位于GP5氨基酸序列的细胞表位区域。共分离获得2株PRRSV(HuN-A和HuN-B),其中,HuN-A株属于类NADC30株,且以类NADC30株为主要亲本株,以HP-PRRSV株为次要亲本株;HuN-B株属于类HP-PRRSV株。【结论】湖南省PRRSV流行情况较严重,且基因型繁多,其中类NADC30株和HP-PRRSV株属于主要流行基因型。分离获得的2株PRRSV中,HuN-A株是类NADC30株与HP-PRRSV株(JXA1)发生重组变异而来,HuN-B株可能是JXA1弱毒疫苗株出现毒力返祖而产生。

2021年湖南省猪流行性腹泻病毒流行调查及M基因序列分析

为初步了解湖南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行情况,本试验于2021年1—12月从湖南省不同地区213个猪场采集疑似感染PEDV样品共1406份,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-qPCR)方法对采集样品进行病原检测,并对22份阳性样品的M基因序列进行扩增和测序,以进一步分析其基因型和遗传变异情况。结果显示:2021年湖南省PEDV场阳性率为39.91%,样品平均检出率为21.55%;M基因遗传进化分析结果显示:19个毒株属于G2亚型(变异株),3个毒株则属于G1亚型(传统株),说明湖南省流行的PEDV毒株存在2种基因型,但以变异株为主。结果表明,PEDV是湖南省猪群腹泻的主要病因之一,且该地区流行的PEDV基因型较为复杂,但仍然以变异株为主,本试验为湖南省猪流行性腹泻的防控提供了流行病学依据。