川中黑山羊OPN基因cDNA克隆及生物信息学分析

以川中黑山羊为研究对象,对OPN基因CDS区进行克隆测序及生物信息学分析,并与GenBank其他物种该基因进行序列比对,结果表明,川中黑山OPN基因全长952 bp,包含1个834 bp的完整的CDS编码区,编码278个氨基酸;OPN的CDS编码区核苷酸序列与绵羊、牛、猪、人、马、小鼠、鸡相应序列的同源性分别为98%、95%、79%、79%、70%、47%。

川中黑山羊BMP2、BMP4基因cDNA克隆及生物信息学分析

参照GenBank已公布的绵羊BMP2基因序列与牛BMP4基因序列分别设计一对引物,以川中黑山羊卵巢总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增川中黑山羊BMP2基因和BMP4基因的cDNA序列并进行克隆、测序及相关生物信息学分析。结果表明,川中黑山羊BMP2基因编码区全长为1 188 bp(GenBank登录号为KF492982),BMP4基因编码区全长为1 230 bp(GenBank登录号为KF492983),分别编码395、409个氨基酸。川中黑山羊与绵羊、牛、猪、人、马、鼠、鸡BMP2基因编码区序列的同源性分别为99.7%、98.7%、92.0%、89.6%、91.4%、86.1%、78.9%;川中黑山羊与绵羊、牛、猪、人、马、鼠、鸡BMP4基因编码区序列的同源性分别为99.3%、99.1%、95.9%、95.2%、94.4%、92.0%、80.1%。用MEGA 4.0构建物种间分子系统进化树,结果显示,BMP2基因和BMP4基因的聚类反应基本一致,川中黑山羊首先与绵羊聚类,再分别与牛、猪、马、人和鼠聚类,最后与鸡聚类,这与动物分类学基本吻合。

川中黑山羊RBP4基因cDNA克隆及序列分析

以川中黑山羊肝脏组织总RNA为模板,通过RT-PCR技术对黑山羊RBP4基因进行克隆测序及序列分析。结果表明,所克隆的665 bp片段为预期的川中黑山羊RBP4基因cDNA序列,包含整个CDS区,该编码区长为606 bp,编码201个氨基酸。用DNAMAN软件进行同源性比对,结果显示,川中黑山羊RBP4基因编码区与GenBank中报道的牛、猪、马、黑猩猩、小鼠、大鼠、人的同源性分别是98.5%、91.3%、92.2%、91.4%、83.0%、82.3%、91.3%;氨基酸序列同源性分别为97.5%、91.5%、93.5%、91.5%、83.6%、83.6%、91.5%。利用NJ法和MP法以该基因编码区核苷酸序列构建物种间分子进化树,其结果基本一致。聚类结果与遗传距离大小一致,表明RBP4基因编码区适用于构建物种间分子系统进化树。

乐至黑山羊催乳素受体基因cDNA克隆及序列分析

根据GenBank中绵羊催乳素受体(PRLR)基因序列(AF041257.1)设计1对引物,以乐至黑山羊脑垂体总RNA为模板,通过RT-PCR技术对乐至黑山羊PRLR基因cDNA克隆测序和序列分析.结果表明:扩增出的乐至黑山羊PRLR基因cDNA序列长为1743bp,编码581个氨基酸.乐至黑山羊与绵羊、牦牛、欧洲牛、野猪和人的核苷酸同源性分别为:98.34%、94.67%、94.27%、77.48%、74.33%.以核苷酸序列构建分子进化树,乐至黑山羊先与绵羊聚为一类,再与欧洲牛和牦牛聚为一类,而后与野猪聚为一类,最后与人聚为一类.