基于GEO数据库生物信息学筛选动脉粥样硬化铁死亡关键基因和实验验证

目的利用生物信息学方法,筛选动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)铁死亡关键基因,并分析关键基因的生物学功能,以便深入了解AS发病机制。方法从GEO(gene expression omnibus)数据库下载AS基因表达谱芯片数据集GSE100927,以P<0.05,|logFC>1|为条件筛选AS的差异基因,并与铁死亡数据集Ferroptosis基因取交集,筛选出AS铁死亡相关基因,并进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,随后通过STRING在线分析工具联合Cytoscape可视化软件挖掘在AS生物学过程中发挥关键作用的基因,并采用AS数据集GSE9874作为验证集,验证关键基因的表达,最后,收集2023年1~3月所在医院心血管内科30例AS确诊患者血液样本作为实验组,同时收集20例健康志愿者血液样本作为对照组,提取样本RNA,采用实时荧光定量PCR(quantitativereal time polymerase chain reaction,qRT-PCR)方法对筛选基因验证。结果采用生物信息学方法共筛选出10个AS铁死亡相关差异基因。GO功能富集分析结果表明,差异基因主要涉及炎症、细胞凋亡、氧化应激等生物学过程,KEGG通路富集分析表明差异基因主要涉及铁死亡、HIF-1信号通路、白细胞经内皮细胞迁移通路等。蛋白互作网络筛选出7个基因构建的关键模块,分别是FTL,SLC40A1,CYBB,NCF2,HMOX1,DPP4和ALOX5,采用GSE9874进行验证,最终筛选出ALOX5,DPP4,FTL,SLC40A1,NCF2等5个关键基因;qRT-PCR对临床样本中关键基因表达检测显示,相对于对照组,AS组血液中表达上调的基因有DPP4(t=1.795,P=0.046),FTL(t=2.218,P=0.029),SLC40A1(t=2.859,P=0.009);表达下调的基因有ALOX5(t=8.039,P<0.001),NCF2(t=11.867,P<0.001),差异具有统计学意义;实验结果与生物信息学分析结果一致。亚组分析发现斑块组DPP4表达高于内膜增厚组,差异具有统计学意义(t=2.843,P=0.036)。结论通过生物信息学筛选出AS铁死亡关键基因ALOX5,DPP4,FTL,SLC40A1和NCF2,可能成为AS诊断治疗的潜在靶点,为AS的临床诊疗提供新的思路。

癌胚抗原联合血管生成素样蛋白2检测对胃癌诊断的临床意义

目的探讨联合检测癌胚抗原(CEA)和血管生成素样蛋白2(Ang-2)对胃癌的诊断价值。方法选取2012年2月至2015年2月本院收治的胃癌手术患者180例,同时选择我院健康体检者95例为对照组。检测两组受检者的血清CEA和Ang-2水平,分析胃癌患者术前血清CEA、Ang-2与其临床病理特征的相关性。结果胃癌组患者的血清CEA和Ang-2水平分别为(13.40±5.21)μg/L和(2.44±0.27)μg/L,均明显高于对照组的(2.14±0.58)μg/L和(0.85±0.10)μg/L,差异均有显著统计学意义(P<0.01);胃癌患者CEA和Ang-2的阳性率与低分化、Ⅲ~Ⅳ临床分期/淋巴结浸润显著相关(P<0.01),与患者的年龄、性别和原发部位无相关性(P>0.05);血清CEA联合Ang-2检测对胃癌诊断的特异性和灵敏度分别为96.71%和93.62%,均高于CEA或Ang-2单独检测。结论血清CEA和Ang-2联合检测能明显提高胃癌的诊断率。

碳青霉烯诱导对多重耐药鲍曼不动杆菌青霉素结合蛋白编码基因表达的影响

目的探讨碳青霉烯诱导对多重耐药鲍曼不动杆菌(MDR-AB)青霉素结合蛋白(PBPs)编码基因表达的影响。方法收集2018年6月至2018年12月成都市郫都区人民医院临床分离的19株MDR-AB菌株,聚合酶链式反应(PCR)扩增所有菌株7种PBPs基因。分别用1 mg/L浓度的亚胺培南、美罗培南、多尼培南对菌株进行诱导处理,对照组为未加任何抗生素的空白组。实时定量荧光PCR(qRT-PCR)检测7种PBPs基因的表达情况,采用相对定量(2^(-△△Ct))法比较碳青霉烯诱导后MDR-AB的7种PBPs基因表达量与对照组的差异。结果19株MDR-AB均携带7种PBPs基因,其中1 mg/L亚胺培南诱导后MDR-AB中pbp1a,pbp2,pbp3,pbp7基因相对表达量分别为(0.41±0.12)、(0.55±0.25)、(0.55±0.46)、(0.62±0.39),与对照组相比基因表达水平下降,差异有统计学意义(P<0.05),pbp1b,pbp5/6,pbp6基因相对表达量分别为(4.31±0.54)、(5.63±1.42)、(8.98±1.14),基因表达水平上调(P<0.05),1 mg/L美罗培南诱导后MDR-AB中pbp2,pbp3基因表达下调,分别为(0.60±0.21)、(0.54±0.47),与对照组比较差异有统计学意义(P<0.05),pbp1b,pbp5/6,pbp6基因相对表达量分别为(2.78±0.21)、(5.66±0.89)、(11.10±1.02),与对照组相比上调,差异有统计学意义(P<0.05),1 mg/L多尼培南诱导后pbp7基因相对表达量为(0.51±0.42),与对照组相比基因表达下降,差异有统计学意义(P<0.05),pbp1b,pbp5/6,pbp6基因相对表达量分别为(7.18±1.20)、(11.66±1.82)、(10.12±0.87),与对照组相比基因表达上调,差异有统计学意义(P<0.05)。结论MDR-AB普遍携带PBPs基因,亚最小抑菌浓度(MIC)的碳青霉烯诱导可导致MDR-AB的PBPs编码基因表达明显变化。

多重耐药鲍曼不动杆菌中ponA表达及其对碳青霉烯类抗生素诱导反应观察

目的观察多重耐药鲍曼不动杆菌(MDR-AB)中青霉素结合蛋白1a(PBP1a)基因ponA表达情况,以及ponA对碳青霉烯类抗生素诱导的反应。方法收集MDR-AB菌株19株,采用PCR法检测ponA基因表达情况并进行测序。将MDR-AB与SDF ponA基因翻译的氨基酸序列进行同源建模,用分子可视化工具软件作结构相似性分析,并与鲍曼不动杆菌抗生素敏感株(SDF)进行比较。分别用三种碳青霉烯类抗生素(亚胺培南、美罗培南、多尼培南)对MDR-AB进行诱导,qRT-PCR检测ponA表达情况并进行测序。结果19株MDR-AB均表达ponA基因,测序结果与Genbank中ATCC 17978标准菌株ponA序列显示98%同源。MDR-AB株与SDF株的ponA基因翻译氨基酸序列存在4处氨基酸变异,为第23位丝氨酸>丙氨酸、第47位丙氨酸>天冬氨酸、第110位异亮氨酸>亮氨酸、第128位谷氨酸>天冬氨酸;MDR-AB株与SDF株的ponA基因编码蛋白构象存在明显差异。亚胺培南组、美罗培南组、多尼培南组ponA基因相对表达量均低于未处理组(P均<0.05);抗生素诱导后的菌株未发现ponA基因突变。结论MDR-AB中存在ponA基因表达,其翻译氨基酸序列及编码PBP1a蛋白构象均不同于SDF;碳青霉烯类抗生素诱导可导致MDR-AB中ponA基因表达下调。

应用质量管理工具(PDCA)提高全自动阴道分泌物五联检仪器法与显微镜法结果的一致性

采用PDCA循环管理模式提高全自动阴道分泌物五联检仪器法与显微镜法结果的一致性。方法:选取2019年9月成都市郫都区人民医院检验科临检组检测的1534例阴道分泌物标本为研究对象,发现全自动仪器显示的念珠菌检测结果与显微镜镜检结果符合率低。2019年10月-11月的阴道分泌物检测采用PDCA循环管理模式进行改进,制定整改方案,加强检验人员的操作培训,提高样本质量,对检测仪器进行定期维护和保养,提高仪器检测的准确性。结果:PDCA循环管理前全自动阴道分泌物五联检仪器结果与显微镜镜检结果符合率仅40%,PDCA循环管理后念珠菌阳性符合率有所提高,达到44%以上,差异具有统计学意义。结论 在阴道分泌物常规检测中实施PDCA循环管理可以提高仪器检测与显微镜下检测的符合率,提高检测结果的准确性。

粘菌素对耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌的抗菌作用

感染耐碳青霉烯的鲍曼不动杆菌(CR-Ab)常与高发病率和死亡率相关联,而可供选择的治疗方案有限,大多基于与粘菌素联用。长期用药导致CR-Ab对粘菌素也产生一定抗性。为了评估含有或不含有粘菌素的不同抗菌组合对从CR-Ab感染患者收集的CR-Ab临床分离株的体外抗菌活性,本研究从本院就诊的患者中收集CR-Ab菌株,通过常量肉汤稀释法(MBD)测定最低抑菌浓度(MICs),通过定性(棋盘法)和定量(即杀菌测试)方法评估各组药物协同活性。结果发现所有菌株均是碳青霉烯类抗性的,且其中两株菌对粘菌素有抗性。棋盘法结果表明含粘菌素的组合在不同处理时间下具有完全协同作用,粘菌素+万古霉素和粘菌素+利福平表现出最高的协同增效作用;不含粘菌素的组合则在35.7%的菌株中观察到完全协同作用。杀菌测试表明粘菌素+美罗培南、粘菌素+替加环素和美罗培南+替加环素组合对粘菌素敏感和低粘菌素抗性的菌株具有杀菌和协同作用,而只有粘菌素+万古霉素和粘菌素+利福平组合表现出持久的杀菌活性。

血清CRP和WBC在小儿病毒性肺炎和细菌性肺炎中比较分析

目的,比较小儿病毒性肺炎和细菌性肺炎中血清C反应蛋白(CRP)和白细胞计数(WBC)水平的不同,为小儿不同感染性肺炎的鉴定提供临床依据。方法,分别检测79例病毒性肺炎患儿和82例细菌性肺炎患儿血清中CRP和WBC的水平,与健康小儿血清中CRP和WBC的水平进行比较,并统计各指标在不同肺炎患儿检测中的阳性率。结果,细菌性肺炎组的患儿血清中CRP和WBC的水平显著高于健康对照组和病毒性肺炎组,差异具有统计学意义(P<0.01),且病毒性肺炎组和健康对照组小儿中两种指标的水平无显著差异(P>0.05);细菌性肺炎组中患儿个检测指标的阳性率显著高于健康对照组和病毒性肺炎组,且差异显著(P<0.01),且两者联合检测细菌性肺炎组的阳性率最高(90.24%)。结论,血清CRP和WBC的检测能够用于鉴别小儿病毒性肺炎和细菌性肺炎,两者联合检测细菌性肺炎患儿的阳性率较高。