医学专业型研究生临床科研思维培养模式探索——生物信息学的综合运用

自临床医学专业型硕士(“专硕")培养试行“双轨制”以来,“专硕”的培养模式仍处于探索之中。由于各种原因,大多数医学院校偏重“专硕”的临床实践能力培养,忽视科研能力培养。然而,我们国家社会发展需要综合型高端人才,医学院校应注重医学研究生综合能力的培养。在“大数据”医学的现状下,“专硕”可以通过生物信息学的方法提出、探索并解决临床科学问题,在此过程中逐渐形成基本的科研思维能力。本文就专业型研究生科研思维培养模式探索中生物信息学的综合运用提出一些经验与建议。

肝内胆管细胞癌患者术前淋巴细胞与单核细胞比值与临床病理特征及预后关系

目的探讨术前淋巴细胞/单核细胞比值(LMR)与肝内胆管细胞癌(ICC)临床病理特征及预后的关系。方法收集2010年~2017年期间在西安交通大学第一附属医院诊断为肝内胆管细胞癌并行手术切除患者105例为研究对象。采用受试者工作曲线确定cut-off值。根据cut-off值将所有患者分为两组,比较两组临床资料、病理资料及远期预后资料。进一步使用COX回归行单因素及多因素分析,确定肝内胆管细胞癌预后危险因素。结果本研究共纳入105人,采用受试者工作曲线(ROC)显示3.41为LMR最佳截断点,其中≤3.41组为47人,>3.41组为58人。低LMR组患者肿瘤体积更大、肿瘤分期更晚、淋巴结转移率高、T分期更晚、CA199水平更高,总体生存及无病生存差。进一步的COX回归发现肝内胆管细胞癌总体生存的独立危险因素有切缘是否阳性、N分期、是否有淋巴脉管侵犯及LMR。结论淋巴细胞与单核细胞比值是肝内胆管细胞癌预后的一个独立危险因素,可以作为ICC患者预后评估的有效指标之一。

生物信息学方法鉴定ER阴性乳腺癌关键基因及预测潜在治疗药物

目的利用生物信息学方法探寻ER阴性乳腺癌关键基因及潜在治疗药物。方法利用GEO数据库下载乳腺癌基因表达谱(GSE22219)。应用R语言对GSE22219进行主成分分析(PCA)、差异表达基因(DEGs)和基因本体(GO)分析。使用STRING进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)路径分析和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析。用Cytoscape软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出ER阴性乳腺癌发生过程中的核心基因。利用Drugbank探寻小分子化合物作为潜在的治疗药物。结果筛选出69个差异基因和8个核心基因。其中最重要的KEGG途径是醛固酮调节的钠重吸收途径。GO分析表明,最显著的富集是有关前列腺形态发生过程。筛选出21个小分子化合物可作为治疗ER阴性乳腺癌的潜在药物。结论生物信息分析结合药物数据库可帮助寻找治疗疾病的潜在药物,有望成为未来药物研究的一种新方式。

腹部内脏脂肪面积对根治性胃癌切除术后患者预后诊断价值

目的探讨腹部内脏脂肪面积在评估根治性胃癌切除术后患者预后的诊断价值。方法收集2015年1月~2016年12月期间在我院诊断为胃癌并行根治性手术切除患者263例,计算第三腰椎层面内腹部内脏脂肪的总面积(visceral fat area,VFA)。根据体质指数(Body Mass Index,BMI)分为高BMI组(66例)和BMI正常组(197例),根据内脏脂肪面积将患者分为高VFA组(121例)和低VFA组(142例)。比较不同组别患者一般临床病理资料、术后近期及远期疗效,使用单因素及多因素分析影响患者预后的危险因素。结果高BMI组较BMI正常组高血压及糖尿病病例多、手术时间长、术中出血量多、行腹腔镜手术患者少(P<0.05),在肿瘤大小、分期、分化程度及总体预后与BMI正常组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。高VFA组与低VFA组高血压病例、肿瘤最大直径、肿瘤分期、手术时间、手术出血量、术后检出淋巴结数目、术后发生ⅡIA级及以上并发症人数、行腹腔镜手术患者、术后总体生存时间相比较差异有统计学意义(P<0.05);患者总体生存情况单因素分析发现肿瘤T分期、N分期、是否有脉管癌栓侵犯、肿瘤大小、肿瘤TNM分期及VFA是根治胃癌切除术后患者预后的危险因素;多因素分析发现T分期、N分期、肿瘤大小是根治胃癌切除术后患者预后的危险因素。结论高腹部内脏脂肪面积是胃癌患者术后不良预后的危险因素之一,可作为根治性胃癌切除术后患者预后的评估指标。