南京市腹泻患者副溶血弧菌毒力基因及其耐药性分析

目的分析南京市哨点医院急性腹泻患者副溶血弧菌携带的毒力基因及抗生素耐药性。方法收集2018—2021年哨点医院腹泻患者的肛拭子标本1805份,分离鉴定出74株副溶血弧菌,用PCR方法检测其毒力基因tlh、tdh、trh,并用微量肉汤法检测分离菌株的抗生素耐药性。用IBM SPSS 20软件进行统计分析,差异比较采用χ^(2)检验。结果74株副溶血弧菌tlh基因均为阳性,其中5.41%的菌株tdh(+)trh(+),86.49%的菌株tdh(+)trh(-),8.11%的菌株tdh(-)trh(-),三者差异有统计学意义(χ^(2)=141.243,P<0.001)。抗生素药敏试验结果显示100.00%的副溶血弧菌菌株对头孢唑啉耐药,21.62%的菌株对氨苄西林耐药,菌株普遍对三代头孢类抗生素(头孢噻肟、头孢他啶)及磺胺类、氨基糖苷类、四环素类等常用抗生素敏感,敏感率达90.00%以上。对硫霉素类抗生素(亚胺培南)的敏感率为100.00%。结论南京市腹泻患者粪便来源的副溶血弧菌毒力基因的携带率高,对常用抗生素较敏感,对一代头孢类抗生素(头孢唑啉)耐药严重。

2019-2022年南京市急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒分子流行病学分析

诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,本研究通过分析2019-2022年南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的流行特征和主要基因型变化,为疫情防控提供依据。收集2019年9月至2022年8月南京市疑似诺如病毒急性胃肠炎暴发样本,通过荧光定量PCR和一步法RT-PCR检测,对阳性样本进行序列测定并分型,挑选48株南京代表株与国内外参考株进行同源性分析。2019-2022年南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的高峰为冬春季,场所主要分布在小学和幼儿园,暴发以诺如病毒GII为主,共检测到11种基因型,包括4种GI和7种GII。主要流行株在三个流行季间有所变化,GII.2[P16]为2019-2021年的优势流行株,2021/2022流行季中GII.4 Sydney 2012[P16]亚型、GII.17[P17]亚型占比最大,多种亚型毒株共存。同源分析发现,2021年2株GII.6[P7]南京株分属于两类不同来源的GII.6衣壳基因型,2019-2022年的GII.2[P16]和GII.4 Sydney 2012[P16]南京株的部分聚合酶区序列变化较衣壳蛋白区大。2019-2022年间南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发数量呈上升趋势,并且主要流行基因型发生改变。

南京地区诺如病毒GII.4 Sydney2012[P16]分子生物学特征研究

2016年1月-2021年12月,南京市急性胃肠炎暴发主要由GII.2[P16]引起,但2021年11月底,由GII.4Sydney2012[P16]引起的暴发显著上升。为了解GII.4 Sydney2012[P16]分子生物学特性,对监测期间204起急性胃肠炎暴发中收集到的3129份样本进行荧光定量PCR检测,检出1006份诺如病毒阳性样本,对部分阳性样进行一步法RT-PCR扩增、测序,共检出10种GII型诺如病毒,随机选取19株GII.4 Sydney2012[P16],结合7株GII.4Sydney2012[P31]、31株GII.2[P16]南京株及2015-2021年国内外参考株进行序列比对和进化分析。19株GII.4Sydney2012[P16]同源性达99.7%~100.0%,与参考株同源性达96.6%~99.3%。进化树分析显示,GII.P16虽与不同GII型诺如病毒组合,但进化距离上并未发生较大变化。与不同聚合酶区结合的GII.4 Sydney 2012在同一分支上,GII.4 Sydney 2012[P16]在进化距离上与GII.4 Sydney 2012[P4 NewOrleans2009]更为接近。P2区的A、B、D和NERK位点均发生改变,所有GII.4的373氨基酸残基处均检测到显著的阳性选择。GII.P16虽未发生较大改变,但通过与GII.4 Sydney2012重组,呈现加速在人群中流行的分子特征。而GII.4 Sydney2012通过改变抗原表位位点影响了抗原性和配体结合特性,显著促进了病毒的传播。因此GII.4 Sydney2012[P16]是否会取代GII.2[P16]成为南京地区流行株,抑或被其他GII.4所替代,今后需要对更为广泛的潜在感染人群进行监测,及早发现早期新型诺如病毒。

高通量测序在南京地区一起诺如病毒暴发中的应用

目的对南京地区某高校一起GII.2[P16]引起的急性胃肠炎暴发疫情进行分子流行病学研究,为本地疫情控制和处置提供科学依据。方法对暴发中采集到的样本进行荧光定量PCR鉴定诺如病毒,一步法RT-PCR扩增和一代测序,对部分阳性样本用通用引物进行高通量测序。结果96份样本共检出13份GII阳性,其中8份一代测序结果为GII.2[P16],同源性达99.6%~100%,与2016—2020年参考株在同一分支上,推断此次疫情传染源为同一来源,且与2016年以后全球流行株同源性较高。取6份阳性样本用通用引物进行高通量测序,获得4株GII.2[P16]全基因组序列(2株学生患者A、E和2株无症状厨师G)。进化树显示厨师G第三次采样结果与厨师G第一次采样和学生患者结果存在一定距离。厨师G两条全基因组序列共有4处发生碱基替换,其中在6221 bp处发生非同义突变,其余位置均为同义突变。VP1区381氨基酸残基处,即主要HBGA位点II旁,发生氨基酸改变(D381N)。结论鉴于此次研究在一起暴发的无症状厨师中检出诺如病毒,且宿主体内持续排毒会导致碱基突变,建议在诺如病毒流行期间(10月至次年3月),加强对无症状食品处理人员诺如病毒监测。

应用分子血清分型技术鉴定抗原缺失沙门菌血清型

目的 利用液相芯片技术和全基因组测序2种分子血清分型技术,对抗原缺失血清型沙门菌进行血清分型。方法 采用玻片凝集法对3株沙门菌进行分型;提取沙门菌基因组DNA,采用液相芯片技术进行血清型分型;然后全基因组测序后组装草图,用SISTR预测沙门菌血清型。结果 3株沙门菌分离株,用传统玻片凝集法鉴定属于B群和E1群沙门菌,未能继续分型,属于抗原缺失沙门菌。经液相芯片技术分型分析,3株分别为斯坦利沙门菌、鼠伤寒沙门菌和伦敦沙门菌,全基因组测序鉴定结果与液相芯片技术分析一致,3株沙门菌MLST分型预测依次为ST29、ST19和ST155型。结论 利用液相芯片技术和全基因组测序成功对3株抗原缺失血清型沙门菌进行血清型分型,且结果完全一致;可在有条件的机构应用于日常工作中沙门菌抗原缺失型菌株的血清分型分析。