基于序列特征和自组织映射网络的冠状病毒重组分析

目的 分析新型冠状病毒(新冠病毒)各个编码序列可能的重组来源,为理解新冠病毒的重组进化规律提供新的见解。方法 选取公共数据库中与新冠病毒序列相关的典型β属冠状病毒全基因组序列,采用特征提取和自组织映射神经网络的方法对冠状病毒各个编码序列进行聚类分析,进而实现对新冠病毒进行重组来源分析。结果Wuhan-Hu-1的ORF1a基因和ORF1b基因序列与Yunnan_RmYN02序列特征相似度较高,M和N编码序列与Yunnan_RaTG13序列特征更为接近,而S基因序列则与Yunnan_RaTG13和穿山甲冠状病毒中相关序列特征相似。结论 重组是冠状病毒进化的重要动力,对冠状病毒重组进化规律的分析有助于了解新冠病毒的起源。从序列特征的角度分析了新冠病毒5个长编码序列可能的重组起源,但仍存在一些短编码序列的重组起源并不清楚,亟需更多关于新冠病毒溯源的采样研究。

H9N2禽流感病毒适应性进化分析

目的研究H9N2禽流感病毒进化规律,对其进化适应性进行分析。方法筛选H9N2禽流感病毒完整全基因组序列,构建系统生成树,基于LBI算法根据系统生成树以及基因组序列所蕴含信息对H9N2禽流感病毒序列进行适应性分析,并运用TreeTime对H9N2禽流感病毒时空分布等信息进行系统动力学分析。结果具有高适应性的H9N2禽流感病毒毒株分布于多个不同的支系中,除A/chicken/Shandong/H/2009、A/chicken/Zhejiang/C3188/2010等毒株所在支系外,绝大部分高适应性毒株支系来自于2013-2014年的中国地区。PB2节段的高适应性支系时间分布集中于2013年前后,HA、PB2、MP节段高适应性支系地区分布相对集中,其余各节段时间分布跨度相对较大、地区分布广泛。结论H9N2禽流感病毒在2013年前后变异速度的加快导致许多具有高适应性的毒株支系出现,大部分具有高适应性的毒株支系具备时间分布跨度大、地区分布范围广的特点。如何依据H9N2禽流感病毒进化规律预测其未来发展方向,亟需更多研究予以解决。