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Alu家族在4种旧世界猴基因组中的特征
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作者 张雪艳 余浩洋 +3 位作者 孙天琳 邱实 蔡延森 李静 《四川动物》 北大核心 2019年第6期638-645,共8页
为了揭示转座子对旧世界猴基因组多样性和进化的影响,基于Repbase数据库和RepeatMasker比较了4种旧世界猴——东非狒狒Papio anubis、猕猴Macaca mulatta、绿猴Chlorocebus sabaeus和长鼻猴Nasalis larvatus基因组中转座子的特征,重点关... 为了揭示转座子对旧世界猴基因组多样性和进化的影响,基于Repbase数据库和RepeatMasker比较了4种旧世界猴——东非狒狒Papio anubis、猕猴Macaca mulatta、绿猴Chlorocebus sabaeus和长鼻猴Nasalis larvatus基因组中转座子的特征,重点关注Alu家族的组成、插入/缺失多态性Alu位点和物种特有Alu插入。结果显示,4个基因组中短散在重复序列拷贝数最丰富,平均分歧率最小,其中灵长目Primates特有的Alu逆转座子的拷贝数超过了100万个(长鼻猴除外)。4个基因组中转座子的基本组成和分布与它们的进化关系相吻合,东非狒狒和猕猴的转座子特征相似,二者与绿猴、长鼻猴有较大差异。通过基因组的两两比较,鉴定了大量在4个基因组间具有插入/缺失多态性的Alu位点,以及7882个各物种特有的Alu位点,95%以上的物种特有位点都属于Alu Y家族。研究结果揭示了Alu的转座活动对于旧世界猴动物基因组的进化及多样性具有重要影响。 展开更多
关键词 旧世界猴 转座子 Alu家族 多态性Alu位点 物种特有的Alu位点
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DNA barcoding of 18 species of Bovidae 被引量:10
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作者 cai yansen ZHANG Liang +5 位作者 SHEN FuJun ZHANG WenPing HOU Rong YUE BiSong LI Jing ZHANG ZhiHe 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2011年第2期164-168,共5页
Genetic divergences of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I genes,known as DNA barcodes,have been used in species identification in the animal kingdom.Barcodes can assist field workers and taxonomists to deter... Genetic divergences of mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I genes,known as DNA barcodes,have been used in species identification in the animal kingdom.Barcodes can assist field workers and taxonomists to determine groups in need of taxa analysis,and facilitate the recognition of appropriate populations and scales for conservation planning.In this study,18 species of Bovidae were selected to evaluate the effectiveness of DNA barcoding for species differentiation.The results showed that all but 2 species had unique DNA barcodes.The mean intraspecific variation was 0.63%,yielding a threshold of 6.3% for flagging putative species.The results supported the inference that barcode variation within species of mammals is somewhat higher than within other animal groups.The present study validated the effectiveness of barcoding for the identification of bovid species. 展开更多
关键词 条码识别 DNA 牛科 细胞色素C氧化酶 物种鉴定 遗传差异 生物分类 保护规划
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