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基于Nanopore测序技术的非洲猪瘟病毒全基因组测序方法建立
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作者 周扬 吴炜姿 +6 位作者 曹伟胜 王福广 许秀琼 钟文霞 吴立炀 叶健 卢受昇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2080-2089,共10页
非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起的一种高度传染性和致死性疫病,近年来给我国生猪产业的健康发展造成了沉重打击。ASFV庞大的基因组导致人们难以及时掌握流行毒株的全基因组序列。本研究旨在利用Nanopore三代测序技术建立一种... 非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起的一种高度传染性和致死性疫病,近年来给我国生猪产业的健康发展造成了沉重打击。ASFV庞大的基因组导致人们难以及时掌握流行毒株的全基因组序列。本研究旨在利用Nanopore三代测序技术建立一种简便可靠的ASFV全基因组测序方法。设计覆盖ASFV全基因组的31对引物并分为4个引物池对样本进行扩增,通过Nanopore测序技术对扩增产物进行测序,进一步优化相关生物信息学分析方法,最终成功建立了ASFV全基因组测序方法。应用该方法成功从某环境拭子样本中获取一株全长为189 416 bp的ASFV全基因组测序。经一代测序验证表明,在B646L、EP402R、E183L、MGF_360-12L、MGF_505-3R和I177L等关键基因及部分变异位点上,本方法结果与一代测序结果一致性100%;在全基因组水平上,本方法结果与二代测序结果一致性为99.94%。此外,在这项研究中,采用Nanopore测序技术发现了NP1450L基因与NP419L基因间区存在56 bp的重复序列插入(通过一代测序技术进行了验证),但是二代测序未能发现这一显著的变异特征。本研究成功建立了基于Nanopore技术的ASFV全基因组测序方法,该方法具有良好的简便性和可靠性,为当前ASF的防控和分子流行病学研究提供了一个重要手段。 展开更多
关键词 Nanopore测序 非洲猪瘟病毒 生物信息学分析
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本科《禽病学》课程思政教育与多场景教学模式的融合 被引量:4
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作者 贾伟新 易琳 +5 位作者 罗开健 曹伟胜 瞿孝云 亓文宝 任涛 廖明 《中国家禽》 北大核心 2020年第6期118-120,共3页
我国养禽业的快速发展离不开禽病工作者的保驾护航,培养德才兼备的高素质禽病专门人才是高等农林教育对动物医学专业学生的培养目标之一。华南农业大学《禽病学》课程在思政教育和多场景教学方面大胆改革与实践,将"课程思政"... 我国养禽业的快速发展离不开禽病工作者的保驾护航,培养德才兼备的高素质禽病专门人才是高等农林教育对动物医学专业学生的培养目标之一。华南农业大学《禽病学》课程在思政教育和多场景教学方面大胆改革与实践,将"课程思政"融入到教学过程的每个环节,将课堂授课场景、实验教学场景和体验式教学场景结合起来,逐步建立了一套成熟的教学体系,在培养"又红又专"的禽病人才方面做出了卓有成效的探索。 展开更多
关键词 禽病学 课程思政 场景教学
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三种梅毒血清学检测方法在性病门诊中的应用 被引量:1
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作者 曹伟胜 陈少南 +2 位作者 陈伟华 张凤霞 李惠萍 《医学检验与临床》 2023年第8期12-15,51,共5页
目的:分析化学发光免疫试验(CLIA)、甲苯胺红不加热血清试验(TRUST)及梅毒螺旋体明胶凝集试验(TPPA)在性病门诊梅毒筛查诊断中的临床应用效果,为实验室梅毒筛查和报告流程提供参考依据。方法:回顾性分析2018年1月-2022年3月期间肇庆市... 目的:分析化学发光免疫试验(CLIA)、甲苯胺红不加热血清试验(TRUST)及梅毒螺旋体明胶凝集试验(TPPA)在性病门诊梅毒筛查诊断中的临床应用效果,为实验室梅毒筛查和报告流程提供参考依据。方法:回顾性分析2018年1月-2022年3月期间肇庆市皮肤病医院性病门诊,临床疑似梅毒患者初诊时5645例梅毒血清学试验结果和临床资料。血清标本同时运用CLIA、TRUST进行初筛试验,两种方法任一阳性或同时阳性者再行TPPA加以确诊,并对CLIA法S/CO值为0.50-0.99的样本也做TPPA复核,以TPPA作为金标准,分析评价CLIA、TRUST的应用效果。结果:5645例可疑梅毒患者样本,最终经TPPA法确诊为梅毒417例,阳性检出率为7.39%(417/5645),其中CLIA初筛检测出阳性446例,阳性检出率为7.90%(446/5645),TRUST初筛检测出阳性360例,阳性检出率为6.38%(360/5645)。CLIA的敏感度、特异度分别为98.56%、99.33%;TRUST的敏感度、特异度分别为76.50%、99.22%。CLIA的阳性检出率、敏感度均高于TRUST,差异均有统计学意义(X^(2)=9.89,92.97,P均<0.05);TRUST的漏检率高于CLIA,差异有统计学意义(X^(2)=82.14,P<0.05)。97例CLIA法S/CO值为0.50-0.99的样本经TPPA复核检出阳性6例,漏检率为1.44%(6/417)。CLIA法S/CO>15.00时,CLIA与TPPA比较的阳性符合率达到100%(266/266),CLIA法S/CO值为1.00~4.99时的阳性符合率最低,为68.25%(43/63),随着S/CO值的升高,阳性符合率呈上升趋势,不同S/CO区间阳性符合率总体上差异有统计学意义(X^(2)=136.25,P<0.05)。结论:三种方法各有优缺点,在性病门诊高危人群中联合采用CLIA和TRUST进行梅毒筛查,并对初筛阳性及CLIA法S/CO值为0.50~0.99者再作TPPA复核确认,可以形成优势互补、提高梅毒诊断的准确率,有效减少漏检和误诊,是可行的梅毒筛查诊断的策略,值得推广。 展开更多
关键词 梅毒螺旋体抗体 梅毒 血清学试验 筛查
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Calculation and application of liquidus projection
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作者 CHEN Shuanglin cao weisheng +4 位作者 YANG Ying ZHANG Fan WU Kaisheng DU Yong YAustin Chang 《Rare Metals》 SCIE EI CAS CSCD 2006年第5期532-537,共6页
Liquidus projection usually refers to a two-dimensional projection of ternary liquidus univariant lines at constant pressure. The algorithms used in Pandat for the calculation of liquidus projection with isothermal li... Liquidus projection usually refers to a two-dimensional projection of ternary liquidus univariant lines at constant pressure. The algorithms used in Pandat for the calculation of liquidus projection with isothermal lines and invariant reaction equations in a ternary system are presented. These algorithms have been extended to multicomponent liquidus projections and have also been implemented in Pandat. Some examples on ternary and quaternary liquidus projections are presented. 展开更多
关键词 liquidus projection phase diagram phase equilibrium multicomponent system
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K亚群禽白血病病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:4
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作者 陈轩 赵海燕 +6 位作者 杨素 曹伟胜 黄海超 邵建宏 赵福振 沙才华 廖秀云 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期224-231,共8页
根据GenBank数据库K亚群禽白血病病毒(Subgroup K avian leukosis virus,ALV-K)特异性抗原gp85的基因序列,设计一组ALV-K特异性的引物和探针,并构建阳性重组质粒。在对反应体系进行优化的基础上,建立了ALV-K的实时荧光RT-PCR检测方法... 根据GenBank数据库K亚群禽白血病病毒(Subgroup K avian leukosis virus,ALV-K)特异性抗原gp85的基因序列,设计一组ALV-K特异性的引物和探针,并构建阳性重组质粒。在对反应体系进行优化的基础上,建立了ALV-K的实时荧光RT-PCR检测方法并进行了特异性试验、敏感性试验和重复性试验。结果显示,本方法能对ALV-K进行特异性扩增,而对A亚群、B亚群、J亚群、E亚群禽白血病毒和新城疫病毒(NDV)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)、禽网状内皮组织增生病病毒(REV)、禽流感病毒(AIV)等禽病病原未见扩增。该方法最低能够检测到3.4×101拷贝数/μL的阳性质粒,灵敏度是RT-PCR的100倍。应用本方法对人工攻毒ALV-K的SPF鸡各脏器进行病毒定量分析,结果显示,在攻毒鸡体内心、肝、脾、肺、肾等脏器中均能检测到ALV-K,且肝、肾和脾中的病毒含量显著高于心和肺(P〈0.01)。 展开更多
关键词 禽白血病病毒(ALV-K) K亚群 实时荧光RT-PCR 检测方法 应用
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A potential stratotype for the regional lowermost stage of the continental Paleocene in China 被引量:3
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作者 LI WeiTong LIU GengWu +5 位作者 Dennis R.BRAMAN LI YiBin cao weisheng Don BRINKMAN SHEN Jiao CHEN QingBao 《Science China Earth Sciences》 SCIE EI CAS 2014年第5期1109-1116,共8页
Phanerozoic chronostratigraphic units can only be defined through their lower boundary stratotypes.The lowermost stage of the Paleocene of China,which mainly consists of terrestrial deposits,can only be defined throug... Phanerozoic chronostratigraphic units can only be defined through their lower boundary stratotypes.The lowermost stage of the Paleocene of China,which mainly consists of terrestrial deposits,can only be defined through its lower boundary stratotype,i.e.the continental Cretaceous/Paleogene boundary stratotype.There is no section yet found which contains continuous terrestrial deposits and biostratigraphic records of the Cretaceous-Paleogene transition in Nanxiong,Guangdong and Jiayin,Heilongjiang,there is no evidence for establishing the continental stratotype of the Cretaceous/Paleogene boundary in either area.Therefore,both the"Shanghuan stage"and"Furaoan stage"are not good candidates for the lowermost stage of the Paleocene of China.From the viewpoint of charophytes,the outcrop section of the Dangyang,Hubei Province(Central China)contains the most continuous,abundant and diverse terrestrial biostratigraphic records of the Cretaceous-Paleogene transition,in particular the early Paleocene,known so far in the world.The biostratigraphic records of ostracods in the transition are also continuous,rich,and diverse.The Dangyang outcrop section is the only section known so far in China that is a possible candidate for a continental stratotype of the Cretaceous/Paleogene boundary in China and the section is the only potential section identified to date for establishing the regional lowermost stage of the Paleocene,Paleogene and Cenozoic in China or stratotype section for the stage. 展开更多
关键词 Cretaceous/Paleogene boundary the lowermost stage of Paleocene STRATOTYPE CONTINENTAL CHAROPHYTES Dangyang sec-tion China
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特应性皮炎患儿吸入性和食入性过敏原血清特异性IgE检测结果分析 被引量:2
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作者 丘新凤 曹伟胜 +1 位作者 莫家亮 刘珍华 《热带医学杂志》 CAS 2023年第8期1157-1160,共4页
目的探讨广东肇庆地区特应性皮炎(AD)患儿常见的过敏原,为预防和控制AD疾病提供参考依据。方法收集2019年9月-2022年1月就诊于肇庆市皮肤病医院门诊的145例AD患儿,分别进行食入性和吸入性过敏原的血清特异性IgE(sIgE)检测并进行分析。结... 目的探讨广东肇庆地区特应性皮炎(AD)患儿常见的过敏原,为预防和控制AD疾病提供参考依据。方法收集2019年9月-2022年1月就诊于肇庆市皮肤病医院门诊的145例AD患儿,分别进行食入性和吸入性过敏原的血清特异性IgE(sIgE)检测并进行分析。结果145例患儿中,男83例(57.24%),女62例(42.76%),平均年龄(3.22±1.02)岁,总IgE阳性率为75.17%(109/145)。按照年龄分为3组,<3岁组87例,3~<6岁组33例,6~14岁组25例。鸡蛋白和葎草在3个年龄组间差异有统计学意义(χ^(2)=9.67、6.09,P=0.008、0.048),随着年龄的增长,鸡蛋白和葎草过敏原阳性率逐渐下降。<3岁组和3~<6岁组不同食入性过敏原血清sIgE阳性率,差异均有统计学意义(χ^(2)=174.99、21.15,P均<0.05);3个年龄组9种吸入性过敏原血清sIgE阳性率,差异均有统计学意义(χ^(2)=53.93,34.36,18.94,P均<0.05)。鸡蛋白、牛奶、贝类、芒果、螨、霉菌组合、葎草、屋尘、艾蒿、矮豚草、蟑螂、猫毛皮屑的阳性率>5.00%,是特应性皮炎患儿较常见的过敏原。结论广东肇庆地区特应性皮炎患儿的常见过敏原为鸡蛋白、牛奶、贝类、芒果、螨、霉菌组合、葎草、屋尘、艾蒿、矮豚草、蟑螂、猫毛皮屑,年龄对过敏原致敏有显著影响。 展开更多
关键词 特应性皮炎 血清特异性IGE 过敏原 吸入性 食入性
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