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利用异源表达挖掘纤维堆囊菌So0157-2的新型天然产物 被引量:1
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作者 周海波 申琪瑶 +4 位作者 陈汉娜 王宗杰 李越中 张友明 卞小莹 《合成生物学》 CSCD 2021年第5期837-849,共13页
黏细菌是天然产物的重要来源。纤维堆囊菌So0157-2是抗癌药物埃博霉素的产生菌,并且是已知基因组最大的原核生物。生物信息学分析发现该菌一共含有35个次级代谢产物生物合成基因簇,除了已知的埃博霉素基因簇和其他两个萜类化合物生物合... 黏细菌是天然产物的重要来源。纤维堆囊菌So0157-2是抗癌药物埃博霉素的产生菌,并且是已知基因组最大的原核生物。生物信息学分析发现该菌一共含有35个次级代谢产物生物合成基因簇,除了已知的埃博霉素基因簇和其他两个萜类化合物生物合成基因簇与已知基因簇的相似度为100%之外,其他基因簇与已知化合物基因簇相似度均较低,其中包括17个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)、非核糖体肽合成酶(nonribosomal peptide synthetase,NRPS)及其杂合的基因簇。由于纤维堆囊菌So0157-2生长缓慢、培养困难且难以在本源菌中进行遗传改造。因此,将其生物合成基因簇转移到简单宿主中,利用异源表达策略是挖掘该菌中新颖天然产物的一个有效途径。本文利用直接克隆技术从纤维堆囊菌So0157-2基因组DNA中克隆了1个包含NRPS和PKS结构域的基因簇BGC18,将其转移至伯克氏菌DSM 7029中进行异源表达。通过液质联用分析,色谱柱靶向分离纯化,进而通过NMR结构鉴定和Marfey反应确定了3个化合物分别为Cyclo(N-Me-L-Leu-L-Val)(1)、Cyclo(N-Me-L-Leu-LLeu)(2)、Cyclo(N-Me-L-Leu-L-Ile)(3)。化合物结构的多样性来源于第1个腺苷化结构域对底物识别的宽泛性(Val/Leu/Ile)。生物合成途径分析推测由于缺少硫醇化结构域导致PKS模块被跳过,从而只获得了NRPS指导合成的环二肽产物1~3,这可能是细菌中一种实现化合物多样性的方式。本论文以基因簇直接克隆与异源表达相结合的策略,成功实现了一个来源于纤维堆囊菌So0157-2中的NRPS-PKS杂合基因簇的异源表达,分离并鉴定了3个该基因簇对应的表达产物。本研究为后续从该菌株中挖掘更多活性天然产物奠定了技术基础,也为其他难培养菌株的次级代谢产物的挖掘提供了思路。 展开更多
关键词 异源表达 纤维堆囊菌 基因组挖掘 非核糖体肽 二酮哌嗪
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三种淡水鱼类在中国南北两个地区的肠道菌群差异比较 被引量:4
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作者 徐佳莹 李演 +9 位作者 谢芝玲 陈汉娜 潘登 刘峰 陈燕 梁淑淑 丁学知 夏立秋 张友明 涂强 《激光生物学报》 CAS 2020年第1期68-74,共7页
山东省德州市禹城市和湖南省长沙市望城区分别属于我国北方和南方地区,环境和气候差异明显。本试验以禹城市和望城区两地的草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鲫鱼(Carassius auratus)和鲤鱼(Cyprinus carpio)为研究对象,对肠道中的菌群进... 山东省德州市禹城市和湖南省长沙市望城区分别属于我国北方和南方地区,环境和气候差异明显。本试验以禹城市和望城区两地的草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鲫鱼(Carassius auratus)和鲤鱼(Cyprinus carpio)为研究对象,对肠道中的菌群进行16s rRNA V4高变区扩增,基于IonS5 TM XL测序平台进行测序,并对相关数据进行分析。结果表明,在门水平上鲫鱼、鲤鱼、草鱼的肠道优势菌主要为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),各组中这四种菌门所占比之和均在80%以上;基于Bray-Curtis距离值的秩次进行组间差异显著性检验,山东草鱼组和湖南草鱼组比较中组间差异大于组内差异(R=0.307,P<0.05),且线性判别分析显示湖南草鱼组的特征性菌群为弧菌属,而山东草鱼组的为梭菌纲,推测特征性菌群差异与环境的影响有关;有害菌种的统计分析表明,湖南鲫鱼组和鲤鱼组的嗜水气单胞菌属相对丰度明显高于对应的山东鲫鱼组和鲤鱼组,山东草鱼组和鲤鱼组的弧菌属相对丰度高于对应的湖南草鱼组和鲤鱼组,可能受外界环境的影响,不同地区抵御外来有害细菌的能力也不一样。本研究对两地的淡水鱼类肠道微生物群落结构进行了比较和分析,为进一步的鱼类发育研究奠定基础。 展开更多
关键词 鲫鱼 鲤鱼 草鱼 16rRNA测序 肠道微生物
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三种组成型启动子调控的鼠李糖脂基因在防御假单胞菌中的异源表达及活性研究 被引量:1
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作者 谢芝玲 陈汉娜 +8 位作者 钟林 徐佳莹 李演 潘登 刘峰 丁学知 夏立秋 张友明 涂强 《激光生物学报》 CAS 2019年第3期229-238,共10页
本研究利用Red/ETDNA重组技术对实验室已有的含鼠李糖基转移酶基因RhlAB的分泌表达载体pBBR1-genta-RhlAB进行修饰,将3种不同强度组成型启动子(Papra、Ptac和PrhaB)成功替换了RhlAB基因在铜绿假单胞菌中的原始启动子,成功获得了表达载体... 本研究利用Red/ETDNA重组技术对实验室已有的含鼠李糖基转移酶基因RhlAB的分泌表达载体pBBR1-genta-RhlAB进行修饰,将3种不同强度组成型启动子(Papra、Ptac和PrhaB)成功替换了RhlAB基因在铜绿假单胞菌中的原始启动子,成功获得了表达载体pBBR1-genta-Papra-RhlAB,pBBR1-kan-Ptac-RhlAB和pBBR1-kan-PrhaB-RhlAB,并将这些表达载体分别在防御假单胞菌Pf-5中异源表达,通过LB培养基发酵42h后,Pf-5/pBBR1-genta-RhlAB的鼠李糖脂产量为17.56mg/L,而Pf-5/pBBR1-genta-Papra-RhlAB,Pf-5/pBBR1-kan-Ptac-RhlAB和Pf-5/pBBR1-kan-PrhaB-RhlAB分别是11.135mg/L,441.135mg/L,557.764mg/L,启动子优化后产量分别是原始启动子的0.63,25.12和31.76倍。对发酵产物进行高效液相色谱-质谱联用技术分析,共检出相对含量变化的4类质核比不同的鼠李糖脂同系物。并通过实时荧光定量PCR检测RhlAB基因的表达量,发现启动子替换为Ptac和PrhaB后RhlAB基因表达量分别是原始启动子的2.16和2.77倍。本研究初步实现了RhlAB基因在Pf-5中的表达,发现组成型启动子Ptac和PrhaB比RhlAB的原始启动子表达效率更高,可为异源合成鼠李糖脂提供重要参考。 展开更多
关键词 RhlAB P.protegensPf-5 Red/ET同源重组 鼠李糖脂
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脂肪酶lipAB操纵子在防御假单胞菌中的克隆、表达及活性研究 被引量:1
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作者 方倩 谢芝玲 +6 位作者 陈汉娜 李建伟 潘登 丁学知 夏立秋 涂强 张友明 《激光生物学报》 CAS 2018年第5期442-450,共9页
对荚壳伯克氏菌PG1(Burkholderia glumae PG1)基因组中的脂肪酶操纵子lipAB片段进行直接克隆,构建含有脂肪酶基因的分泌表达载体,实现其在防御假单胞菌Pf-5(Pseudomonas protegens Pf-5)中的异源表达,并研究重组工程菌的胞外脂肪酶活性... 对荚壳伯克氏菌PG1(Burkholderia glumae PG1)基因组中的脂肪酶操纵子lipAB片段进行直接克隆,构建含有脂肪酶基因的分泌表达载体,实现其在防御假单胞菌Pf-5(Pseudomonas protegens Pf-5)中的异源表达,并研究重组工程菌的胞外脂肪酶活性。利用Red/ET直接克隆技术获得克隆载体p15A-cm-lipAB;再通过亚克隆技术构建重组表达载体pBBR1-km-lipAB和pBBR1-km-Papra-lipAB,将这两个表达载体分别电转至Pf-5中,通过卡那霉素或者阿伯拉霉素抗性筛选得到转化子,以三丁酸甘油酯平板扩散法和对硝基苯酚法检测脂肪酶酶活,并通过实时荧光定量PCR检测启动子的替换对lipA表达的影响。本研究从PG1中成功克隆了脂肪酶操纵子lipAB(GenBank accession number:AJK49931. 1 and AJK49932. 1);成功构建了重组工程菌Pf-5/pBBR1-km-lipAB和Pf-5/pBBR1-km-Papra-lipAB,并成功检测到两株工程菌的胞外脂肪酶活性;以LB培养基培养至24 h时,启动子优化后lipA基因表达量是原始水平的2. 1倍;在LB培养基摇瓶发酵至66 h时,Pf-5/pBBR1-km-lipAB的脂肪酶酶活最高且为13. 51 U/mL,而Pf-5/pBBR1-km-Papra-lipAB的酶活为46. 85 U/mL,是Pf-5/pBBR1-km-lipAB的3. 47倍。初步实现基因lipA在Pf-5中的表达,发现组成型启动子Papra比lipAB的原始启动子PlipAB效率更高,为将来实现规模化生产奠定了技术基础。 展开更多
关键词 B.glumaePG1 lipAB Red/ET同源重组 P.protegensPf-5 异源表达
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发光杆菌TT01中Tc毒素复合体基因簇的直接克隆
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作者 李纯 陈汉娜 +5 位作者 谢芝玲 潘登 丁学知 夏立秋 涂强 张友明 《激光生物学报》 CAS 2018年第1期36-44,共9页
本研究通过NCBI数据分析得知Photorhabdus luminescens TT01基因组中表达Tc毒素蛋白复合体的基因簇包含了6个相关的Tc毒素基因,分别为tcaZCB(plu0514-0515)、tccAB3(plu0805-0806)、tccAB1(plu4165-4169)、tcd(plu0960-0971)、tccC4(plu... 本研究通过NCBI数据分析得知Photorhabdus luminescens TT01基因组中表达Tc毒素蛋白复合体的基因簇包含了6个相关的Tc毒素基因,分别为tcaZCB(plu0514-0515)、tccAB3(plu0805-0806)、tccAB1(plu4165-4169)、tcd(plu0960-0971)、tccC4(plu0976)和tccC7(plu4488)。利用Red/ET直接克隆技术,快速获得发光杆菌TT01基因组DNA上的4个Tc毒素基因tcaZCB(6 804 bp)、tccAB3(7 419 bp)、tccAB1(10 954 bp)和tcd(51 406 bp)分别构建到相应的重组质粒p15A-cm-tcaZCB、p15A-cm-tccAB3、p15A-cm-tccAB1和p15A-cm-tcd上。通过PCR技术分别扩增得到tccC4基因(2 891 bp)和tccC7基因(2 871 bp),并进行T载体连接后,分别获得质粒pMD18-tcc4和pMD18-tcc7。本研究通过两种不同的生物技术方法成功克隆到发光杆菌TT01基因组上的Tc毒素蛋白复合体的所有相关基因,为后续的研究打下一定的基础。 展开更多
关键词 发光杆菌 Red/ET直接克隆 Tc毒素复合蛋白 基因重组
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Promotion of spinosad biosynthesis by chromosomal integration of the Vitreoscilla hemoglobin gene in Saccharopolyspora spinosa 被引量:14
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作者 LUO YuShuang KOU XiaoXiao +7 位作者 DING XueZhi HU ShengBiao TANG Ying LI WenPing HUANG Fan YANG Qi chen hanna XIA LiQiu 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2012年第2期172-180,共9页
To promote spinosad biosynthesis by improving the limited oxygen supply during high-density fermentation of Saccharopolyspora spinosa, the open reading frame of the Vitreoscilla hemoglobin gene was placed under the co... To promote spinosad biosynthesis by improving the limited oxygen supply during high-density fermentation of Saccharopolyspora spinosa, the open reading frame of the Vitreoscilla hemoglobin gene was placed under the control of the promoter for the erythromycin resistance gene by splicing using overlapping extension PCR. This was cloned into the integrating vector pSET152, yielding the Vitreoscilla hemoglobin gene expression plasmid pSET152EVHB. This was then introduced into S. spinosa SP06081 by conjugal transfer, and integrated into the chromosome by site-specific recombination at the integration site ΦC31 on pSET152EVHB. The resultant conjugant, S. spinosa S078-1101, was genetically stable. The integration was further confirmed by PCR and Southern blotting analysis. A carbon monoxide differential spectrum assay showed that active Vitreoscilla hemoglobin was successfully expressed in S. spinosa S078-1101. Fermentation results revealed that expression of the Vitreoscilla hemoglobin gene significantly promoted spinosad biosynthesis under normal oxygen and moderately oxygen-limiting conditions (P<0.01). These findings demonstrate that integrating expression of the Vitreoscilla hemoglobin gene improves oxygen uptake and is an effective means for the genetic improvement of S. spinosa fermentation. 展开更多
关键词 透明颤菌血红蛋白基因 染色体整合 多杀菌素 生物合成 棘胸蛙 重叠延伸PCR 高密度发酵 位点特异性重组
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