目的:基于网络药理学探讨诃子治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Pl...目的:基于网络药理学探讨诃子治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索诃子的化学成分,Swiss Target Prediction数据库获取诃子的作用靶点。采用OMIM、GeneCards、DisGeNET数据库预测COPD作用靶点,借助微生信平台获取诃子与COPD的交集靶点。将交集靶点导入STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。基于Centispace插件进行拓扑分析,从而筛选诃子治疗COPD的核心靶点。采用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。结果:诃子活性成分8种,作用靶点333个,活性成分包括鞣花酸、番泻苷E、7-脱氢豆甾醇等。COPD作用靶点8805个,其与诃子的交集靶点253个。通过筛选得到10个核心靶点,包括信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(serine/threonine kinase 1,AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)等。GO功能分析主要富集于细胞凋亡、G蛋白偶联血清素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性等,KEGG通路主要包括PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、ErbB信号通路等。结论:诃子通过多成分、多通路、多靶点发挥治疗COPD的作用。展开更多
文摘藏羚Pantholops hodgsonii是藏羚属Pantholops现存的唯一物种,由于Y染色体基因较保守,基于近缘物种的Y染色体多态性遗传位点筛选受到了很大的限制。本研究对15份藏羚新鲜组织样品进行基因组重测序,生物信息分析筛选出Y染色体雄性特异区(MSY)对应的scaffolds,对部分SNP及SSR位点进行多态性验证。共比对出44个scaffolds,以其中序列最长、候选变异位点最多且最完整的KE113803.1为参考,对其中190个SNP变异位点设计引物进行验证,共获得45条MSY DNA序列,其中15对引物扩增到的11898 bp DNA序列中检测到27个SNP位点;同时对KE113803.1中除单核苷酸重复以外的134个SSR位点设计引物并验证多态性,筛选出56个Y-SSR位点,其中5个具有多态性。本研究结果为后续分析藏羚Y染色体遗传多样性及父系遗传奠定了良好基础。
文摘目的:基于网络药理学探讨诃子治疗慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索诃子的化学成分,Swiss Target Prediction数据库获取诃子的作用靶点。采用OMIM、GeneCards、DisGeNET数据库预测COPD作用靶点,借助微生信平台获取诃子与COPD的交集靶点。将交集靶点导入STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。基于Centispace插件进行拓扑分析,从而筛选诃子治疗COPD的核心靶点。采用DAVID数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析。结果:诃子活性成分8种,作用靶点333个,活性成分包括鞣花酸、番泻苷E、7-脱氢豆甾醇等。COPD作用靶点8805个,其与诃子的交集靶点253个。通过筛选得到10个核心靶点,包括信号转导和转录激活因子3(signal transducer and activator of transcription 3,STAT3)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(serine/threonine kinase 1,AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)等。GO功能分析主要富集于细胞凋亡、G蛋白偶联血清素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子活性等,KEGG通路主要包括PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、ErbB信号通路等。结论:诃子通过多成分、多通路、多靶点发挥治疗COPD的作用。