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基于小RNA深度测序的烟草脉坏死病病原分子鉴定及其全基因组序列分析
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作者 莫翠萍 陈锦清 +7 位作者 韦学平 崔丽贤 罗婉笛 李金哲 谢慧婷 秦碧霞 蔡健和 李战彪 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1387-1396,共10页
【目的】明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据。【方法】2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转... 【目的】明确引起广西河池市南丹县烟草呈现斑驳花叶、叶脉坏死等症状的病毒病原,为烟草病毒病的综合防治提供理论依据。【方法】2022年5月,从河池市南丹县采集5份表现叶脉坏死、花叶等症状的烟草叶片样品,采用小RNA深度测序技术、反转录PCR(RT-PCR)、摩擦接种、分段克隆、系统进化及重组分析等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析。【结果】小RNA深度测序获得与GenBank数据库中马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)不同分离物具有较高核苷酸相似性(99.00%~100.00%)的5条序列,将5条序列拼接后获得1条全长为9708 nt的全基因组序列;通过鉴别寄主苋色藜(Chenopodium amaranticolor)单斑分离的方法获得单一病毒,利用该分离纯化后的病毒单斑接种普通烟K326和本氏烟,其中K326的新叶产生坏死症状,而本氏烟的新叶呈不规则深绿色病斑症状;分别提取K326和本氏烟的叶片样品总RNA,通过RT-PCR检测、分段克隆的方法获得病毒分离物的全基因组序列,结果显示2个烟草品种中的病毒序列与小RNA深度测序获得的序列相似性达99.90%;将序列在GenBank中进行BLAST分析发现,研究获得的序列与已登录GenBank的PVY各分离物具有较高的核苷酸相似性,其中与我国黑龙江省马铃薯分离物PVY HLJ26(MF134425)的核苷酸相似性最高,为99.01%,表明研究获得的病毒序列为PVY分离物,命名为PVY-GXnd1(OP131591)。重组分析发现,PVY-GXnd1是由PVYO-139(U09509.1)、PVYN-Mont(AY884983.1)和PVYN-605(X97895.1)重组而来的新PVY分离物,重组主要发生在3个区域,分别是1~498、2415~5816和8555~9373 nt,覆盖PVY的P1、P3、6K1、CI、6K2、Vpg、Nib和CP蛋白编码区,包含了PVYN-Wi和PVYNTN株系的2种不同重组结构特征,表明PVYGXnd1株系更接近PVYNTN-NW株系;基于PVY编码区构建的系统发育进化树分析表明,PVY-GXnd1与我国黑龙江省分离物PVY HLJ26处于同一小分支,具有较近的亲缘关系,而该分离物归属于PVYNTN-NW(SYR-II)株系,与重组分析结果一致。【结论】侵染广西河池市南丹县烟草引起叶脉坏死症状的病毒PVY-GXnd1为一株PVYNTN-NW(SYR-II型)重组株系。 展开更多
关键词 烟草 小RNA深度测序 马铃薯Y病毒 重组 叶脉坏死 广西
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侵染广西辣椒的两种单组分菜豆金色花叶病毒属病毒的分子特征
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作者 李金哲 汤亚飞 +6 位作者 莫翠萍 罗婉笛 陈锦清 蔡健和 邓清超 章松柏 李战彪 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2703-2710,共8页
【目的】明确引起广西百色市辣椒呈现叶片上卷、皱缩等症状的病毒病原,并对各病毒分离物的遗传进化关系进行分析,旨在为辣椒病毒病的防控提供科学依据。【方法】从广西百色市采集4份疑似被菜豆金色花叶病毒属病毒感染的辣椒样品,利用PC... 【目的】明确引起广西百色市辣椒呈现叶片上卷、皱缩等症状的病毒病原,并对各病毒分离物的遗传进化关系进行分析,旨在为辣椒病毒病的防控提供科学依据。【方法】从广西百色市采集4份疑似被菜豆金色花叶病毒属病毒感染的辣椒样品,利用PCR、分段克隆、核苷酸序列比对分析、进化树构建等方法对疑似样品进行鉴定及遗传进化分析。【结果】PCR结果显示,4个样品中均能扩增出约570 bp目标PCR条带,将PCR产物直接送样测序,所得序列进行blastn分析发现,4条序列分别与已登录GenBank的TYLCV和PaLCuCNV各分离物的序列具有较高的核苷酸相似性,证实所采集的辣椒植株受到菜豆金色花叶病毒属病毒侵染。参考已登录GenBank的TYLCV(GenBank登录号:MG904859和KY783940)、PaLCuCNV(GenBank登录号:KU892661和MW779523)的序列设计2对背靠背引物,随机选择2份阳性样品进行全基因组扩增和序列测定,将所得PCR产物纯化后克隆至pMD18T载体上,挑选阳性克隆进行测序,从2份阳性样品中共获得3条病毒全长基因组序列,将所得序列在GenBank中进行blastn分析,发现其中2条序列与已登录GenBank的部分TYLCV分离物的核苷酸相似性达到91%以上,1条序列与已登录GenBank的部分PaLCuCNV分离物核苷酸相似性在91%以上。根据双生病毒的分类标准,确定侵染广西辣椒的双生病毒为TYLCV和PaLCuCNV的不同分离物。进化树分析发现,TYLCV广西辣椒分离物BS66-1与TYLCVSG1分离物(GenBank登录号:MT969010,寄主为番茄)具有较近的亲缘关系,而TYLCV广西辣椒分离物BS67-1则与TYLCV GX和TYLCV BS3分离物(GenBank登录号:MW389934、MT375610,寄主均为番茄)具有较近的亲缘关系;PaLCuCNV广西辣椒分离物BS66-2则与PaLCuCNV GX01分离物(GenBank登录号:MW779523,寄主为番茄)具有较近的亲缘关系。【结论】侵染广西辣椒呈现叶片上卷、皱缩等症状的病原为TYLCV和PaLCuCNV,本研究为菜豆金色花叶病毒属病毒侵染广西辣椒的首次报道。 展开更多
关键词 广西 辣椒 序列分析 番茄黄化曲叶病毒 中国番木瓜曲叶病毒
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侵染广西红宝石青柚的柑橘褪绿矮化相关病毒遗传进化分析 被引量:2
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作者 李战彪 刘丽辉 +6 位作者 崔丽贤 陈锦清 朱英芝 李霁轩 谢慧婷 秦碧霞 蔡健和 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2758-2764,共7页
【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒(Citrus chlorotic dwarf... 【目的】明确引起广西多地泰国红宝石青柚产生叶片变形、扭曲、皱缩、褪绿花叶和矮化症状的病原,为有效防治该病害提供理论依据。【方法】从广西多地采集疑似发病的红宝石青柚叶片样品,利用柑橘褪绿矮化相关病毒(Citrus chlorotic dwarf-associated virus,CCDaV)特异引物进行PCR检测,通过分段扩增、克隆等方法对样品进行鉴定并获取全长基因序列,运用RDP5和MEGA 7.0对所获得的全长基因序列进行重组及遗传多样性分析。【结果】PCR检测结果显示采集的红宝石青柚叶片样品可扩增出642 bp的目的条带,证实红宝石青柚受到CCDaV感染;采用分段克隆的方法获得LA-1、LA-2、WM-1、GG-1、GG-2、WZ-1和WZ-2等7个各地代表分离物的全长序列,序列长度分别为3641、3642、3642、3640、3642、3644和3644 bp;核苷酸相似性比对发现,7个分离物间的核苷酸相似性在98%以上,与GenBank已登录的CCDaV各分离物间的核苷酸相似性在99%以上,说明研究获得的病毒分离物为CCDaV的分离物;重组分析发现,7个分离物未发生重组。系统发育进化树分析结果显示,研究获得的WZ-1和WZ-2分离物分别与Tha1-19、Tha30处于同一个小分支,说明这2个分离物与Tha1-19和Tha30具有较近的亲缘关系;其余几个分离物则分处不同的小分支,说明CCDaV广西分离物间仍有一定的进化多样性。【结论】引起广西红宝石青柚叶片呈V字型、皱缩、卷曲、褪绿花叶和植株严重矮化等症状的病原为CCDaV,部分地区分离物存在地域多样性。 展开更多
关键词 柑橘褪绿矮化相关病毒 红宝石青柚 遗传进化 广西
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硫酸体系中Cyanex272的萃镓性能研究 被引量:4
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作者 丘丽莉 张魁芳 +4 位作者 刘志强 王瑞祥 陈金清 钟晓聪 袁祥奕 《有色金属(冶炼部分)》 CAS 北大核心 2021年第5期86-91,共6页
开展了硫酸体系中Cyanex272的萃镓性能研究,详细考察了萃取与反萃过程条件参数对镓萃取与反萃的影响,绘制了萃取与反萃等温线,并模拟了多级逆流试验。结果表明,含290 mg/L Ga3+,pH=2.0的硫酸镓溶液,采用有机相体积分数为15%Cyanex272+85... 开展了硫酸体系中Cyanex272的萃镓性能研究,详细考察了萃取与反萃过程条件参数对镓萃取与反萃的影响,绘制了萃取与反萃等温线,并模拟了多级逆流试验。结果表明,含290 mg/L Ga3+,pH=2.0的硫酸镓溶液,采用有机相体积分数为15%Cyanex272+85%磺化煤油,控制O/A=1∶4,萃取温度25℃,萃取时间10min,经4级逆流萃取,镓萃取率为99.50%;负载镓有机相,用100g/L H2SO4溶液反萃,控制O/A=10∶1,反萃温度25℃,反萃时间10min,经4级逆流反萃,镓反萃率为98.11%,镓富集于反萃液中,富集倍数近40倍。经中和沉淀、焙烧后,可得到氧化镓产品。 展开更多
关键词 CYANEX272 硫酸体系 萃取 反萃
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血清血管紧张素转化酶水平联合结核T-SPOT检测对活动性肺结节病的诊断价值 被引量:1
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作者 高姝佩 陈晋卿 王坚苗 《内科急危重症杂志》 2020年第5期372-375,共4页
目的:探讨血清血管紧张素转化酶(ACE)联合结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT)中的结核特异性抗原(TBAg)与植物血凝素(PHA)比值对活动性肺结节病的诊断价值。方法:回顾性选取活动性肺结节病患者44例为病例组,选取肺结核患者30例和非结节病非... 目的:探讨血清血管紧张素转化酶(ACE)联合结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT)中的结核特异性抗原(TBAg)与植物血凝素(PHA)比值对活动性肺结节病的诊断价值。方法:回顾性选取活动性肺结节病患者44例为病例组,选取肺结核患者30例和非结节病非结核患者20例为对照组,比较3组患者血清ACE水平和TBAg/PHA比值,采用受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)评价血清ACE水平、TBAg/PHA比值及两者联合对活动性肺结节病的诊断价值。结果:活动性肺结节病组患者血清ACE水平显著高于对照组(P<0.01),肺结核组患者TBAg/PHA比值显著高于活动性肺结节病组和非结节病非结核对照组(均P<0.01)。以非结节病患者为对照,血清ACE水平、TBAg/PHA比值及两者联合对活动性肺结节病诊断的AUC分别为0.871、0.723和0.921,以肺结核患者为对照,其AUC分别为0.855、0.823和0.930,以非结节病非结核患者为对照,其AUC分别为0.894、0.573和0.902。结论:血清ACE水平和结核T-SPOT中的TBAg/PHA比值两者联合对活动性肺结节病具有更高的诊断价值。 展开更多
关键词 血管紧张素转化酶 结核感染T细胞斑点试验 肺结节病 诊断价值
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Production of Transgenic Tall Fescue Plants with Enhanced Stress Tolerances by Agrobacterium tumefaciens-Mediated Transformation 被引量:3
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作者 WU Guan-ting chen jin-qing +5 位作者 HU Zhang-hua LANG Chun-xiu chen Xiao-yun WANG Fu-lin JIN Wei XIA Ying-wu 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2006年第5期330-338,共9页
In order to improve stress tolerances of turf-type tall fescue (Festuca arundinacea Schreb.), Agrobacterium tumefaciens strain EHA105 carrying plasmid pCMD containing stress tolerance-related CBF1 gene from Arabidop... In order to improve stress tolerances of turf-type tall fescue (Festuca arundinacea Schreb.), Agrobacterium tumefaciens strain EHA105 carrying plasmid pCMD containing stress tolerance-related CBF1 gene from Arabidopsis thaliana was used to transform mature seeds-derived embryogenic calli of four cultivars. A total of 112 transgenic plants were regenerated from 32 independent lines and verified by histochemical detection of GUS activity, PCR assay and Southern hybridization analysis. The transformation frequency ranged from 0.92 to 2.87% with apparent differences among the cultivars. Stress tolerances of transgenic plants were enhanced, which was shown by the facts that transgenic plants had distinct growth superiority and significantly higher survival rate than non-transformed ones under high salinity and high osmosis stresses, and that relative electronic conductivity of in vitro leaves treated with low and high temoeratures, dehvdration and high salinity stresses was 25-30% lower in transgenic plants than in control plants.In addition,it was observed that growth of transgenic plants was inhibited due to constitutive overexpression of CBF1 gene under normal environmental conditions. 展开更多
关键词 tall fescue (Festuca arundinacea Schreb.) Agrobacterium tumefaciens genetic transformation CBF1 gene stress tolerance
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广西局地西番莲病毒病的病原鉴定及优势病毒分析 被引量:9
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作者 谢慧婷 李战彪 +5 位作者 崔丽贤 秦碧霞 刘丽辉 林珊宇 陈锦清 蔡健和 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期387-393,共7页
在广西采集表现斑驳、花叶症状疑似病毒病的西番莲叶片样品,利用小RNA测序技术,结合生物信息学分析,鉴定侵染西番莲的病毒种类。参考测序结果采用DAS-ELISA和RT-PCR方法对2015~2018年间采集的385份疑似病毒病样品进行检测,分析引发广西... 在广西采集表现斑驳、花叶症状疑似病毒病的西番莲叶片样品,利用小RNA测序技术,结合生物信息学分析,鉴定侵染西番莲的病毒种类。参考测序结果采用DAS-ELISA和RT-PCR方法对2015~2018年间采集的385份疑似病毒病样品进行检测,分析引发广西西番莲病毒病的优势病毒种类。结果显示:小RNA共获得20921061 clean reads,拼接获得560个contigs,其中99个contigs被注释为夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV),97个contigs被注释为黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV),69个contigs被注释为东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV),12个contigs被注释为大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)。提取送测序的同批样品叶片的总RNA进行RT-PCR验证,可检测出TeMV、EAPV和CMV 3种病毒,未检出SMV。采用DAS-ELISA和RT-PCR对采集的样品进行检测,结果发现284份样品为阳性样品,检出率为73.76%,其中TeMV的检出率最高为64.16%,其次为EAPV和CMV,检出率分别为41.30%和11.43%;3种病毒存在复合侵染现象,其中TeMV+EAPV的检出率最高为24.94%,TeMV+CMV的检出率为4.16%,EAPV+CMV的检出率为0.26%,3种病毒复合侵染的检出率为4.94%。 展开更多
关键词 西番莲 小RNA测序 黄瓜花叶病毒 夜来香花叶病毒 东亚西番莲病毒
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侵染广西甜椒的西瓜银斑驳病毒分子鉴定 被引量:4
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作者 谢慧婷 崔丽贤 +3 位作者 秦碧霞 陈锦清 李战彪 蔡健和 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期474-477,共4页
西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)为布尼亚病毒科(Bunyaviridae)番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,通过蓟马以持久增殖型方式传播,主要危害番茄、辣椒、西瓜等茄科和葫芦科作物,引起褪绿轮纹、环斑、皱缩等症... 西瓜银斑驳病毒(Watermelon silver mottle virus,WSMoV)为布尼亚病毒科(Bunyaviridae)番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,通过蓟马以持久增殖型方式传播,主要危害番茄、辣椒、西瓜等茄科和葫芦科作物,引起褪绿轮纹、环斑、皱缩等症状,造成严重的经济损失[1]。WSMoV具有Tospovirus病毒属病毒典型的基因组特征,病毒粒子球状,具包膜,基因组为三分体单链RNA,根据分子量大小分别命名为L RNA、M RNA和S RNA。 展开更多
关键词 葫芦科作物 病毒属 基因组特征 褪绿 环斑 病毒粒子 增殖型 布尼亚病毒科
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跨血脑屏障脂质体与纳米胶束靶向载药系统的研究进展 被引量:2
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作者 杨旭 邹灵辉 +7 位作者 丁文雅 张忠斌 陈金清 李佶朗 奉虹丽 李雨洋 唐灵 奉建芳 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第22期5965-5977,共13页
血脑屏障(blood-brain barrier, BBB)是脑组织和脑毛细血管之间的保护性屏障,是药物进入脑组织发挥作用的主要屏障,极大地增加了脑部疾病的治疗难度。跨BBB药物递送系统可以借助载体和制剂优势实现药物的跨BBB高效递送,进而增强药物对... 血脑屏障(blood-brain barrier, BBB)是脑组织和脑毛细血管之间的保护性屏障,是药物进入脑组织发挥作用的主要屏障,极大地增加了脑部疾病的治疗难度。跨BBB药物递送系统可以借助载体和制剂优势实现药物的跨BBB高效递送,进而增强药物对脑组织疾病的治疗效果。脂质体和胶束以其独特的结构以及递药优势在跨BBB靶向治疗脑部方面受到了广泛研究并取得了可喜的进展。基于此,作者通过查阅近年来国内外相关文献,总结了跨BBB脂质体和胶束递药系统的研究现状,围绕跨BBB能力、靶向性、安全性等方面分析了其应用优势及产生机制,同时根据其现阶段的临床转化情况探讨了跨BBB脂质体和胶束研究中存在的问题及可能的应对策略,以期为跨BBB纳米靶向药物的研制提供参考和思路。 展开更多
关键词 血脑屏障 纳米靶向载药系统 脂质体 胶束 靶向制剂 靶向基团
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