三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfDNA提取性能的比较

目的综合评估3种游离核酸(cfDNA)提取试剂盒,以筛选出经济可靠的商品试剂盒。方法我们使用了3种不同的试剂盒提取10名健康人血浆中的cfDNA,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪对cfDNA片段大小和丰度进行评估。同时,我们还使用微滴式数字PCR(ddPCR)对cfDNA中的核糖核酸酶P蛋白亚基p30(RPP30)、NADH脱氢酶亚基1(ND1)、NADH脱氢酶亚基4(ND4)基因拷贝数进行定量,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测cfDNA中藤黄节杆菌序列(ALU)ALU115和ALU247的浓度。此外,我们还在混合血浆中掺入50~766 bp的DNA Ladder,然后使用上述3种提取试剂盒对其进行提取,并使用Agilent 2100生物芯片分析仪分析各DNA片段的浓度,以计算不同试剂盒对不同大小的DNA片段的回收率和提取偏好性。结果3种试剂盒从健康人血浆中纯化的100~300 bp cfDNA浓度分别为(5.10±1.99)、(4.64±3.09)和(1.82±1.29)ng/mL(P=0.006)。Kit A所提取的RPP30拷贝数显著高于Kit C(P=0.018),而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C(P=0.001;P=0.001;P=0.001;P=0.001)。此外,Kit A所提取的cfDNA中,ALU 115和ALU 247的浓度也显著高于Kit C(P=0.009;P=0.003)。3种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性DNA Ladder的回收率差异有统计学意义(P<0.001),同时Kit B和Kit C对不同大小的DNA片段也存在提取偏好性。结论Kit A性能最佳,Kit B是一种低成本替代方案,其工作流程更简单省时。

灵芝提取物对MPP^+诱导的Neuro-2a细胞自噬的影响

目的观察灵芝提取物(Ganoderma lucidum extract,GLE)对1-甲基-4-苯基-吡啶离子(1-methyl-4-phenylpyridinium,MPP^+)诱导的Neuro-2a细胞自噬的调节作用。方法采用蛋白印迹检测自噬标志物LC3的转换(LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ)以及荧光显微镜检测LC3点状聚集物的形成。同时Western blotting法检测AMPK/mTOR/ULK1、PINK1/Parkin、NIX/LC3蛋白的表达水平。结果激光共聚焦采集图像结果显示,MPP^+处理组细胞LC3-Ⅱ聚集于自噬体膜上,观察到呈点状聚集状态,而GLE干预组细胞点状聚集状态不明显。以LC3的点状聚集阳性细胞占总细胞的百分比评价自噬水平的高低。MPP^+组呈绿色点状分布的LC3阳性细胞百分比明显升高,GLE组明显降低。Western blotting法检测结果显示GLE组LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ比值降低。同时,经GLE处理后,可以改善MPP^+损伤引起的AMPKα/mTOR/ULK1、PINK1/Parkin通路各蛋白异常表达。结论 GLE能抑制MPP^+诱导的Neuro-2a细胞的自噬反应,调节细胞自噬相关蛋白AMPK/mTOR/ULK1以及PINK1/Parkin的异常表达,表明GLE可能通过调节细胞自噬而发挥神经保护作用。

DTN中基于地理位置信息的备用副本转发算法

针对容迟容断网络(delay/disruption tolerant networks,DTN)缺乏稳定的端到端连接、时延大和节点资源有限的特点,为提高消息递交率和控制网络开销,设计了一种基于广播的地理位置信息共享模型,提出了基于地理位置信息的备用副本转发算法。在不依托GPRS基站的条件下,将GPRS与DTN结合,为最优转发节点的选取提供位置信息;在消息副本转发失败时,备用副本选取新的转发节点,转发成功后,删除备用副本。仿真结果表明,算法在递交率、平均时延和网络开销方面表现优于Spray and Wait等对比算法,在车载自组网中具有很强的应用性。

面向科研能力培养的研究型教学在人工智能课程中的实践

作为计算机相关专业硕士研究生阶段的一门重要课程,人工智能课程具有理论和实践并重、创新性强、应用广泛等特点,适合用于培养研究生科研能力和科研思维。文章分析了人工智能课程的特点和存在的问题,探讨了以该课程为载体,以培养研究生的科研能力为目标,从理论授课和实践教学两方面入手的研究型教学及其实施方法。

人工智能类课程改革实践及赋能军事智能发展探索

针对课程的教学现状,文章围绕人工智能类课程的教学改革与实践展开研究,并对其在军事智能领域的赋能辐射作用和方式进行了探索。在课程的规划设置、教学体系和内容的设计与优化、教学方式的改进、考核方式的创新,以及课程教学向科研学术、技术应用、作战运用的赋能辐射等方面进行了一系列改革实践,提出了措施。

胶质母细胞瘤中表皮生长因子受体和MGMT的改变及其与预后的关系

目的探讨胶质母细胞瘤中表皮生长因子受体(EGFR)和MGMT的改变及其与预后的关系。方法回顾性分析2009至2015年经首都医科大学宣武医院病理科诊断的161例幕上胶质母细胞瘤,运用全自动免疫组织化学染色检测表皮生长因子受体(EGFR)蛋白表达和EGFRvⅢ突变,荧光原位杂交(FISH)检测EGFR扩增;用焦磷酸测序法检测MGMT启动子甲基化情况。分析EGFR和MGMT的分子遗传学改变及其与预后的关系。结果 161例患者中,男性85例(52.8%),女性76例(47.2%)。患者平均年龄53岁,中位生存期13个月。胶质母细胞瘤整合分型为IDH突变型16例,IDH野生型134例,非特指型11例。EGFR蛋白高表达率为32.9%(53/161),EGFR扩增阳性率为37.5%(18/48),两者一致率高达85.4%(Kappa=0.475,P<0.01),EGFR蛋白表达水平与EGFR扩增情况之间存在显著相关性(P<0.01)。免疫组织化学检测到EGFRvⅢ突变型病例中12/12存在EGFR蛋白高表达,EGFRvⅢ野生型病例中27.5%(41/149)EGFR蛋白高表达,两者无相关性。70.2%(106/151)的病例MGMT启动子甲基化,EGFR和MGMT的分子遗传学改变无相关性。生存分析结果:EGFR扩增情况、EGFR蛋白表达水平与预后无关;EGFRvⅢ突变型患者的无进展生存期短于野生型患者(P=0.014)。MGMT启动子甲基化病例比未甲基化病例的预后好(无进展生存期P=0.002,总生存期P=0.006),MGMT启动子甲基化是总生存期的独立预后因素(HR=0.269,95% CI:0.124~0.583,P=0.001)。结论在胶质母细胞瘤应用免疫组织化学检测EGFR蛋白表达水平可以反映EGFR基因扩增情况,EGFRvⅢ突变型患者比野生型的预后差,MGMT启动子甲基化与预后有关,是独立的预后因素。

临床生物样本库应用机制探索

目的对临床生物样本库的应用现状及存在问题进行分析,提出临床生物样本库的应用机制建议。方法通过问卷调研和案例分析,并结合国内外的相关文献报道,对临床生物样本库的应用现状与问题进行定性分析。结果随着生物样本库的迅速发展,其应用率远没有达到预期,我国在临床数据库建设方面相对滞后,影响样本的应用;应用机制滞后,影响样本库的对外开放和应用。结论临床生物样本库在建设之初,应该充分考虑到如何应用,怎么应用,并建立符合自身特点的应用机制,提供样本库的建设效益。

临床样本库质量建设机制分析

目的借助全面质量管理理论，分析临床样本库的全面质量管理含义、基本特征、基本原则和管理机制，为临床样本库的质量建设提供理论依据。方法采用理论研究和文献研究方法，对临床样本库的全面质量管理内容进行定性分析，提出临床样本库的全面质量管理理论框架。结果从理论层面对生物样本全面质量管理的内涵、概念及基本特征等进行了探究和界定；在应用层面提出了应用原则与基本操作方法。结论把全面质量管理应用到临床样本库建设管理中，其科学独特的管理内涵能够有效优化样本库管理制度和样本标准化操作流程的PDCA循环，对提高临床生物样本的质量至关重要。

Bioinformatic analysis of human nuclear receptor nr5a2(hb1f) genomic sequence

We have cloned the cDNA of human nuclear receptor nr5a2(hb1f) gene and obtained its whole genomic sequence previously. In this work we carried out in-depth bioinformatic analysis on the genomic sequence of nr5a2(hb1f) gene. Sequence comparison and prediction algorithms implicated that there might be additional coding regions in the 210 kb genomic sequence besides known exons, especially in the two largest introns. Comparison of the structures of nr5a loci in different species revealed distinguishable conservation and apparent gene duplication during evolution. The remarkable conservation among promoters of zebrafish, mouse and human nr5a2 genes suggested that they would be regulated by the same transcription factors.