7个VNTRs用于65株中国分离的结核分枝杆菌基因多态性研究

目的 应用数目可变串联重复位点 (variablenumberoftandemrepeats ,VNTRs)分子分型技术 ,初步探讨我国结核分枝杆菌的基因多态性特征。方法 采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术 ,对结核分枝杆菌的 11个数目可变重复位点进行检测 ,并应用Gel Proanalyzer 3.1软件和BioNumerics(Ver sion 3.0 )软件进行结果分析 ,分析结核分枝杆菌DNA多态性特征。结果 选取结核分枝杆菌基因组中的 7个 (ETR A、ETR B、ETR C、ETR D、ETR E、ETR F、MPTR A)具有明显多态性特征的串联重复位点 ,检测分析了 6 5株来自安徽、湖南和江苏省的结核分枝杆菌 ,结果显示被测菌株可分为 10个不同的基因型 ,其中以 2个型别为主 ,占总菌株数的 6 9.2 % ,其他菌株呈散在分布。结论 采用VNTR分型技术初步分析表明 ,中国结核分枝杆菌具有明显的基因多态性 ,且存在主要流行菌群。

MLVA和Spoligotyping用于西藏地区216株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型研究

目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在西藏地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集西藏地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)临床分离株,应用Spoligotyping及MLVA两种分型方法进行比较分析。结果共在西藏地区收集到216株结核分枝杆菌临床分离株,采用Spoligotyping分型方法,216株菌可分为3个基因群13种基因型,其中最大的1个基因群即北京家族(Beijing family)含有195株菌,占90.28%。北京家族菌株中,有BCG接种史者占45.64%(89/195),无BCG接种史者占54.36%(106/ 1195),两者间的差异无统计学意义(x^2=0.059,P>0.05)。采用MLVA分型方法,216株菌可分成19个基因群108种基因型,其中80种基因型只有1株菌,占37.03%(80/216),另有136株菌表现出28种基因型,成簇数为28,占62.96%(136/216)。在20个VNTR位点的等位基因多态性发现Miru31位点的多态性最高,多态性指数(h)达到0.77,而Mtub29、Mtub12位点的多态性较差,都低于0.05。其中Mtub02位点可鉴别北京家族和非北京家族,它鉴别的北京家族与Spoligotyping鉴别的北京家族符合率达到100%。结论西藏地区结核分枝杆菌具有明显的接引多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与BCG接种无相关性。应用Spoligotyping和MLVA两种分型方法进行结核病流行病学研究,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。

结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分型方法标准化操作程序的建立

目的建立结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）的标准化方法，评价该方法的分型能力、应用价值。方法选取15个位点，采用核酸提取、PCR和琼脂糖凝胶电泳等技术，结合BioNumerics（Version5．0）软件，对中国54株结核分枝杆菌临床分离株进行分型。结果确定标准化的MLVA方法，包括细菌分离培养、核酸提取、PCR、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用。VNTR位点确定为ETRA、ETRB、ETRC、ETRD、ETRE、MIRU10、MIRU16、MIRU23、MIRU26、MIRU27、MIRU39、MIRU40、Mtub21、Mtub30和Mtub39。结论建立MLVA标准化技术方案，该方法操作简便，分型鉴定能力及实验室间结果可比性强，便于网络化，有利于结核病流行中追溯传染源，分析流行趋势。

IS6110限制性片段多态性分析标准方法的建立及其在结核分枝杆菌分子分型中的应用

目的建立IS6110限制性片段多态性分析（IS6110一RFLP）标准方法并评价该方法的分型能力。方法采用核酸提取、PCR、限制性内切酶分析、Southern杂交、琼脂糖凝胶电泳等技术，结合Gel—Proanalyzer3．1和BioNumerics（Version5．0）软件，对78株结核分枝杆菌插入序列IS6110-RFLP进行分析。结果确定标准化的IS6110-RFLP技术，包括核酸提取、PCR、限制性内切酶分析、Southern杂交、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用；采用该技术，将78株结核分枝杆菌分为75个不同的基因型，分别归属于11个基因簇，其中有52株归属于同一个基因簇，占菌株总数的66．7％（52／78）。结论建立标准化的IS6110-RFLP技术方案，该方法具有很强的基因分型和株水平鉴定能力，可用于结核病的病原学监测。