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中国人群肝功能检测指标全基因组关联分析研究 被引量:3
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作者 孙一丹 田子钊 +4 位作者 周伟 李沫 怀聪 贺林 秦胜营 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期249-260,共12页
肝功能检测(liver function test,LFTs)指标是受遗传和环境影响的复杂性状,具有个体差异性。为系统性研究中国人群全基因组范围内单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与肝功能指标之间的联系,本研究利用英国生物银行(UK... 肝功能检测(liver function test,LFTs)指标是受遗传和环境影响的复杂性状,具有个体差异性。为系统性研究中国人群全基因组范围内单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与肝功能指标之间的联系,本研究利用英国生物银行(UK Biobank)中1653名中国人的基因分型数据和表型数据为研究对象,利用PLINK软件进行全关联分析研究(genome-wide association study,GWAS),发现229个SNP与中国人群血液中的总胆红素(total bilirubin,TB)相关,27个SNP与中国人群血液中碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)相关,36个SNP与中国人群血液中的γ-谷氨酰转肽酶(γ-glutamyl transpeptidase,GGT)相关,1个SNP与中国人群血液中的门冬氨酸氨基转移酶(aspartate transaminase,AST)相关,最显著的位点中有11个位点是新的LFTs关联位点。通过功能基因组分析,发现这些位点的临床意义(如吉尔伯特综合征),确定了候选基因(UGT1A,ABO,GGT1),为从遗传角度理解中国人群LFTs的个体差异性和肝功能指标临床精准检测提供了前期研究基础。 展开更多
关键词 肝功能检测 总胆红素 碱性磷酸酶 Γ-谷氨酰转肽酶 全基因组关联分析
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通过时间基因表达谱分析探究异烟肼引起肝损伤的机制 被引量:1
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作者 田子钊 周晨希 +4 位作者 周伟 李沫 褚云鹏 怀聪 秦胜营 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期501-509,共9页
抗结核药物异烟肼具有肝脏毒性,其发生机制需要进一步阐明。本研究使用异烟肼处理肝细胞,分析不同处理时间表达谱的差异。通过对差异表达基因进行聚类分析和功能富集分析,共得到6个与肝脏毒性相关的基因簇和一系列相关通路;进一步通过... 抗结核药物异烟肼具有肝脏毒性,其发生机制需要进一步阐明。本研究使用异烟肼处理肝细胞,分析不同处理时间表达谱的差异。通过对差异表达基因进行聚类分析和功能富集分析,共得到6个与肝脏毒性相关的基因簇和一系列相关通路;进一步通过蛋白互作分析和时间序列差异分析方法,筛选出表达水平具有时间依赖性的13个关键基因。本研究结果为理解异烟肼引发肝脏毒性过程提供了思路,为今后药物性肝脏毒性的监测以及治疗提供了新的靶基因。 展开更多
关键词 异烟肼 肝细胞 肝脏毒性 时间序列分析
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中国人群中抗结核药物引发肝损伤的易感基因标记研究 被引量:1
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作者 周晨希 李沫 +2 位作者 怀聪 贺林 秦胜营 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期374-379,共6页
为系统性研究中国人群中抗结核药物引发肝损伤的易感基因标记,本研究以41例抗结核药物引发肝损伤的病人和39例健康对照为研究对象,采用Haloplex捕获测序的方法对其基因组中药物代谢、转运和免疫相关通路的109个基因进行靶向测序。用Plin... 为系统性研究中国人群中抗结核药物引发肝损伤的易感基因标记,本研究以41例抗结核药物引发肝损伤的病人和39例健康对照为研究对象,采用Haloplex捕获测序的方法对其基因组中药物代谢、转运和免疫相关通路的109个基因进行靶向测序。用Plink软件对DNA突变位点与肝损伤的发生进行关联分析,以千人基因组计划东亚人群作为对照组,对显著性位点进行验证,并用SIFT和Polyphen2软件对预测显著关联的位点进行功能预测。结果发现UGT1A4 rs2011404(X^2=4.6809,P=0.0305)是抗结核药物引发的肝损伤的易感基因标记,且rs2011404突变可能引起UGT1A4蛋白的功能障碍。本研究为临床上对抗结核药物的合理用药提供了有益的参考。 展开更多
关键词 抗结核药物 肝损伤 关联分析 UGT1A4
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IFIT1 polymorphisms predict interferon-α treatment efficiency for hepatitis B virus infection 被引量:3
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作者 Dong-Ying Xie Shi-Ming Wang +9 位作者 Jing-Min Yang Liang-Hui Wang Hong-Yan Chen cong huai Jia Shang Qing Mao Chun-Liang Lei Guang-Han Luo Ji Qian Da-Ru Lu 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2016年第44期9813-9821,共9页
AIM To investigate the association between interferoninduced protein with tetratricopeptide repeats 1(IFIT1) polymorphisms and interferon-α(IFNα) treatment efficiency among Chinese hepatitis B virus(HBV) infection p... AIM To investigate the association between interferoninduced protein with tetratricopeptide repeats 1(IFIT1) polymorphisms and interferon-α(IFNα) treatment efficiency among Chinese hepatitis B virus(HBV) infection patients.METHODS Two hundred and twenty five newly diagnosed chronichepatitis B(CHB) patients were enrolled in the study. All of these patients received IFNα treatment for a course of 48 wk, and were followed up for 24 wk after the treatment was end. Clinical information about virological response, hepatitis B e antigen(HBe Ag) seroconversion rate and combined response at the end of the treatment, as well as the sustained response by the time of following up 24 wk after the treatment, was collected. Four tag-single nucleotide polymorphisms(SNPs) of IFIT1 were selected and assessed for their association with these clinical outcomes.RESULTS At the end of the treatment, HBe Ag seroconversion was observed in 27.1% patients. Thirty-six point nine percent patients achieved virological response, and 15.6% patients exhibited combined response. Sustained response was obtained in 26.2% patients. The main HBV genotype of the study was genotype B. Patients who infected with HBV genotype B or C showed better treatment efficiency, no matter which clinical outcome was considered. Among the four SNPs assessed, rs303218(A > G) was found to be significantly associated with the end point virological response when assuming additive model [OR = 0.64(95%CI: 0.42-0.96), P = 0.032]. Patients who carried rs303218 GG genotype had a rather higher rate of achieving virological response(response rate: 52%, OR = 0.40, 95%CI: 0.18-0.91; P = 0.028) when compared to those had AA genotype(response rate: 27%). The most significant interaction was observed in patients who had relative lower baseline aspartate transaminase. No association between SNPs and HBe Ag seroconversion, combined response or sustained response was observed.CONCLUSION IFIT1 involves in the regulation of IFNα treatment for CHB and its polymorphism rs303218 can predict the end point virological response. The finding requires further validation. 展开更多
关键词 Virological response HEPATITIS B virus infection IFIT1 INTERFERON-Α therapy POLYMORPHISM
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