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志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列的特点及其关联性分析 被引量:1
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作者 王颖芳 王鹏飞 +3 位作者 段广才 郗园林 张晓萌 詹煜慧 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1131-1137,共7页
目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列... 目的:利用数据库和临床分离的志贺菌菌株分析志贺菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)的特点,探讨CRISPR-Q1的特性及CRISPR间的关联性。方法:根据志贺菌基因组数据库利用引物序列和PCR扩增获得志贺菌的CRISPR序列信息,采用多序列比对等方法获得每个菌株中CRISPR的分布、间隔序列数及序列特点;利用BLAST分析CRISPR-Q1中重复序列和间隔序列,检测重复序列和间隔序列在菌株中的分布特点以及CRISPR-Q1在菌株中的位置及特征;分析数据库和实验室中志贺菌CRISPR-Q1中间隔序列数与CRISPR1或CRISPR2的关系。结果:在数据库107株志贺菌中,106株志贺菌含有CRISPR1或CRISPR2,8株志贺菌的CRISPR1或CRISPR2含有多个间隔序列;106株志贺菌含有CRISPR-Q1,其中有13株志贺菌的CRISPR-Q1中有多个间隔序列。在实验室12株志贺菌中,有6株含有CRISPR1或CRISPR2,12株均含有CRISPR-Q1;CRISPR-Q1间隔序列中的一部分(约35bp)在同一个菌株的染色体基因组上分布广泛,重复序列同样如此,CRISPR-Q1中还存在基因外重复序列(REP)元素。数据库志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(χ~2=61.6,P<0.01),实验室志贺菌中的CRISPR-Q1间隔序列数与CRISPR1和CRISPR2有关联(P=0.015)。结论:CRISPR-Q1在志贺菌中广泛分布,其序列中存在REP元素;志贺菌的CRISPR1和CRISPR2与CRISPR-Q1有关联。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 间隔序列 基因外重复序列
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O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析
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作者 王鹏飞 王颖芳 +4 位作者 段广才 詹煜慧 陈帅印 郗园林 徐亚珂 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第2期363-371,共9页
为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大... 为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围,利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示,O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点(CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3),每个CRISPR位点上的序列一致;CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构,环上的碱基易发生变化;CRISPR2中存在一段长451 bp的序列(命名为序列X),该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b,其碱基A和T比例为74%,在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列,在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点;侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游,序列长340 bp,其碱基A和T比例为69%,在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列,其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点;在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中,有15株具有完整的cas基因簇,有5株缺乏cas 3基因。本试验结果表明,O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定,序列具有较高保守性,cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守,可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。 展开更多
关键词 O157∶H7型大肠埃希菌 CRISPR CAS
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郑州市冬季雾霾空气中细菌的多样性及耐药性检测 被引量:2
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作者 李梦臣 刘俏丽 +9 位作者 段广才 晋乐飞 李影 孙甜甜 吴慧颖 党德建 刘慧莹 徐亚珂 陈帅印 郗园林 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2018年第4期507-510,共4页
目的:了解郑州市冬季雾霾空气中细菌的种属多样性及耐药性。方法:采用ETW-6型六级筛孔撞击式微生物采样器分别对郑州市烟厂(烟厂)、郑州大学第一附属医院(一附院)、郑州纺织机械厂(郑纺机)、郑州市环保局(市环保局)4个环境监测采样点进... 目的:了解郑州市冬季雾霾空气中细菌的种属多样性及耐药性。方法:采用ETW-6型六级筛孔撞击式微生物采样器分别对郑州市烟厂(烟厂)、郑州大学第一附属医院(一附院)、郑州纺织机械厂(郑纺机)、郑州市环保局(市环保局)4个环境监测采样点进行采样。使用营养琼脂平板培养细菌,采用改良K-B纸片法进行药敏实验。结果:2016年12月至2017年2月,于郑州市雾霾空气中共分离细菌28株(烟厂区域检出芽孢杆菌6株、假单胞菌1株;一附院区域检出志贺菌1株、葡萄球菌1株、芽孢杆菌4株、蛾微杆菌1株;郑纺机和市环保局区域检出芽孢杆菌各7株),其中芽孢杆菌比例最高,为24株。分离出的28株细菌对氨苄西林、庆大霉素、环丙沙星、头孢曲松、头孢哌酮、复方新诺明的耐药率依次为7.1%、0%、0%、17.9%、7.1%、0%。结论:郑州市冬季雾霾中不同地点空气中细菌的优势菌属基本相同,医院区域细菌种类较其他区域多样。雾霾空气中细菌对复方新诺明、氨苄西林、头孢哌酮、头孢曲松的耐药情况较环丙沙星、庆大霉素严重。 展开更多
关键词 雾霾 芽孢杆菌 多样性 耐药性
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Multi-drug Resistance and Characteristic of Integrons in Shigella spp.Isolated from China 被引量:11
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作者 ZHU JingYuan duan guangcai +2 位作者 YANG HaiYan FAN QingTang XI YuanLin 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 2011年第1期56-61,共6页
Objective To investigate the characteristic of integrons and the relationship between integrons and antimicrobial resistance in Shigella spp. Methods Ninety Shigella strains (83 S. flexneri and 7 S. sonnei) were iso... Objective To investigate the characteristic of integrons and the relationship between integrons and antimicrobial resistance in Shigella spp. Methods Ninety Shigella strains (83 S. flexneri and 7 S. sonnei) were isolated from the stools of patients in China. Susceptibility to 8 antimicrobials was tested for all isolated strains. PCR, RFLP and sequencing analysis of integrons were applied to all of them. Results High prevalence of multi‐drug resistance (95.6%) was identified. Of the isolates 79 (87.8%) carried integrase genes of class 1 integron (3.3%), class 2 integron (10.0%) or both (74.4%). No intI3 was detected in the tested isolates. The prevalence of intI2 was significantly higher in isolates with multi‐drug resistance to at least 3 antibiotics than that in isolates with resistance to 2 and less antibiotics (P0.05). Gene cassettes dfrA17‐aadA5, dfrA12‐orfF‐aadA2 of class 1 integron and dfrA1‐sat1‐aadA1 of class 2 integron were identified. Conclusion The class 2 integron may play a role in the emergence of multi‐drug resistance in Shigella spp. 展开更多
关键词 Resistance Shigella flexneri INTEGRON Gene cassettes
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肠道病毒感染致神经损伤小鼠脑组织NOD样受体蛋白3的表达
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作者 张梦娣 梁若楠 +10 位作者 纪望全 张雪 陈晨 闫玉洁 张楚雯 朱培育 李栋 陈帅印 杨海燕 段广才 晋乐飞 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2022年第2期191-196,共6页
目的:探讨NOD样受体蛋白3(NLRP3)在肠道病毒(EV)感染导致的神经损伤中的作用。方法:30只BALB/c小鼠分为对照组、肠道病毒(EV)71组和柯萨奇病毒A组2型(CVA2)组,每组10只。EV71组和CVA2组小鼠分别经腹腔注射EV71或经肌内注射CVA2,观察临... 目的:探讨NOD样受体蛋白3(NLRP3)在肠道病毒(EV)感染导致的神经损伤中的作用。方法:30只BALB/c小鼠分为对照组、肠道病毒(EV)71组和柯萨奇病毒A组2型(CVA2)组,每组10只。EV71组和CVA2组小鼠分别经腹腔注射EV71或经肌内注射CVA2,观察临床症状和生存情况。感染后第7天,采用HE和尼氏染色观察脑组织病理变化,采用免疫荧光对NLRP3和EV71/CVA2进行共定位观察。使用qRT-PCR法检测小鼠脑组织NLRP3、Caspase-1、IL-1β、IL-18 mRNA的表达,Western blot法检测NLRP3、Caspase-1和IL-1β蛋白的表达。结果:EV71和CVA2感染后小鼠出现明显的嗜睡、昏迷、共济失调、肢体麻痹等神经系统受累症状。与对照组比较,EV71组和CVA2组小鼠脑组织出现炎细胞浸润、血管袖套、胶质细胞聚集和神经元退行性病变。EV71组和CVA2组小鼠脑组织病毒抗原蛋白与NLRP3存在共定位。与对照组比较,EV71组和CVA2组小鼠脑组织中NLRP3、Caspase-1、IL-1β、IL-18 mRNA的表达升高,NLRP3、Caspase-1、IL-1β蛋白的表达升高(P<0.05)。结论:NLRP3炎性小体活化可能参与EV71或CVA2感染所致的神经系统损伤。 展开更多
关键词 肠道病毒71型 柯萨奇病毒A2型 神经系统 NOD样受体蛋白3
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河南省2012-2023年儿童青少年病毒性脑炎的流行病学特征分析
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作者 韩书婕 陈守航 +9 位作者 戴博雯 陈雨 韩淑娟 张如玉 王臣玉 王青梅 郑嘉颖 段广才 王芳 晋乐飞 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期852-856,共5页
目的分析2012-2023年河南省儿童青少年病毒性脑炎流行特征及其时空变化趋势分布。方法以河南省儿童医院/郑州儿童医院(国家儿童区域医疗中心)为研究现场,收集入院时间为2012年10月1日至2023年7月26日的病毒性脑炎病例信息,分析病例的时... 目的分析2012-2023年河南省儿童青少年病毒性脑炎流行特征及其时空变化趋势分布。方法以河南省儿童医院/郑州儿童医院(国家儿童区域医疗中心)为研究现场,收集入院时间为2012年10月1日至2023年7月26日的病毒性脑炎病例信息,分析病例的时空分布特征、重症发生率、年龄构成、病原构成和影像学检查结果的情况。结果本研究排除信息不全的病毒性脑炎病例后共纳入6276例。病例主要来源于郑州市(38.96%),其次分别为周口市(9.93%)、许昌市(8.68%)、驻马店市(7.90%)和平顶山市(7.39%)。病例中男性占62.13%,女性占37.87%,7~13岁病例数最多(72.45%)。2012-2023年总体重症率为4.51%,不同地区、年份的重症构成比差异有统计学意义(χ^(2)=5.33,P=0.021;χ^(2)=48.14,P<0.001)。病原分型中肠道病毒构成比最大(31.57%),其中柯萨奇病毒居多(58.37%)。影像学检查结果表明,儿童青少年患病毒性脑炎大脑半球的损伤最常见(54.93%)。结论2012-2023年河南省病毒性脑炎病例中男性较多,7~13岁儿童青少年为主要发病人群,肠道病毒尤其是柯萨奇病毒感染应当引起重视,在诊断病毒性脑炎后要特别注意预防大脑半球的损伤。 展开更多
关键词 病毒性脑炎 肠道病毒 柯萨奇病毒 儿童青少年
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CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价 被引量:2
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作者 梁文娟 崔聪聪 +5 位作者 段广才 刘慧莹 徐亚珂 郗园林 杨海燕 陈帅印 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1607-1610,共4页
目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种... 目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500bp侧翼序列,使用ClustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果73.4%(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4%(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%(35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61bp侧翼序列,序列一致性为99%,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有良好的效果。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 志贺菌 成簇规律间隔的短回文重复序列 侧翼序列 鉴定
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