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东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建
1
作者
丁艺冰
辛旭霞
+5 位作者
冯智尊
曹越
郭娟
dipak k santra
王瑞云
陈喜明
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1181-1192,共12页
本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分...
本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977~2.9975和2.2872~3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532~1.0990和0.9535~1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434~0.8037和0.3162~0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654~0.6672和0.5645~0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648~0.6664和0.5628~0.6686,平均值为0.6441和0.6452;多态性信息含量为0.6657~0.8356和0.6493~0.8340,平均值为0.7974和0.7944。全部种质与核心种质的分子标记的相关指标进行t检验,结果无显著性差异,且PCOA分析表明核心种质与全部种质具有相似的遗传多样性和群体结构,同时发现8个SSR标记(RYW5、RYW8、RYW16、RYW28、RYW40、RYW53、RYW62和RYW67)可区分190份核心种质,构建了东北糜子核心种质的分子身份证。
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关键词
糜子
东北春播区
SSR
核心种质
DNA分子身份证
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职称材料
用微卫星标记分析北方春糜子区黍稷的遗传差异
2
作者
段政勇
邢志
+4 位作者
王海岗
陈凌
dipak k santra
王瑞云
乔治军
《山西农业科学》
2022年第4期494-503,共10页
利用80对高基元SSR引物检测北方春糜子区48份黍稷材料的多态性,用PowerMarker 3.25对多态性进行分析,用Structure 2.2对群体遗传结构进行分析,使用MEGA 5.0构建聚类图,通过PopGen 1.32进行等位基因、有效等位基因数和多样性指数的计算,...
利用80对高基元SSR引物检测北方春糜子区48份黍稷材料的多态性,用PowerMarker 3.25对多态性进行分析,用Structure 2.2对群体遗传结构进行分析,使用MEGA 5.0构建聚类图,通过PopGen 1.32进行等位基因、有效等位基因数和多样性指数的计算,用NTSYSpc 2.11软件进行主成分分析。结果表明,80个标记在48份材料中检测到206个等位变异,每个位点检测到2~3个,平均2.575个;其中,产生2个变异的位点有34个,产生3个变异的位点有46个。80个位点多样性指数介于0.6655(RYW95)~1.0786(RYW166),平均为0.8608;80个位点PIC值介于0.1850(RYW151)~0.7062(RYW111),平均为0.4536。不同地区的黍稷种质间的遗传距离为0.0286~0.0456,遗传一致度为0.9555~0.9736。基于UPGMA聚类分析,48份黍稷分为3个类群,类群Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ分别以青海、山西和内蒙古材料为主。Structure分析结果将参试材料分为4个群组,分别以青海、内蒙古、甘肃和山西材料为主。PCA主成分分析发现,第1类群试验材料均来自青海,第2类群试验材料均来自甘肃,第3类群试验材料均来自内蒙古,第4类群试验材料均来自山西。通过对北方春糜子区48份样本黍稷的遗传多样性、遗传距离和遗传一致性分析,发现青海省材料具有最丰富的遗传多样性和复杂的遗传背景。
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关键词
黍稷
高基元SSR
遗传多样性
遗传结构
聚类分析
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职称材料
题名
东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建
1
作者
丁艺冰
辛旭霞
冯智尊
曹越
郭娟
dipak k santra
王瑞云
陈喜明
机构
山西农业大学玉米研究所
山西农业大学农学院
内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心
山西农业大学杂粮种质创新与分子育种山西省重点实验室
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期1181-1192,共12页
基金
山西农业大学杂粮种质创新与分子育种国家实验室(筹)(202204010910001)项目
国家自然科学基金项目(31271791)
+6 种基金
财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-06-14.5-A16)
山西省现代农业产业技术体系建设专项资金项目(2023CYJSTX03-12)
山西省重点研发项目(2022ZDYF110)
山西农业大学杂粮种质创新与分子育种山西省重点实验室项目(K462202040)
山西农业大学生物育种工程项目(YZGC069)
山西农业大学农学院研究生教育改革项目(2023YJG05)
山西省科技成果转化引导专项(201904D131056)资助。
文摘
本研究以500份东北春播区糜子资源为材料,利用169个SSR标记,采用UPGMA聚类分组,进行分层抽样,构建核心种质,同时应用ID Analysis 4.0软件构建分子身份证。利用等位基因数(Na)等遗传多样性衡量指标评估核心种质的遗传差异,并利用PCOA分析核心种质。结果表明,对169对SSR引物进行筛选,发现30对多态性好,利用30对SSR引物构建的糜子核心种质包含190份材料,占全部种质的38%,全部种质与核心种质的均检测出91个等位变异,保留了100%等位基因;有效等位基因数为2.2977~2.9975和2.2872~3.0173,平均值分别为2.8198和2.8297;Shannon多样性指数为0.9532~1.0990和0.9535~1.1162,平均值为1.0645和1.0667;观测杂合度为0.3434~0.8037和0.3162~0.7849,平均值为0.5399和0.5359;期望杂合度为0.5654~0.6672和0.5645~0.6707,平均值为0.6448和0.6473;Nei’s基因多样性指数为0.5648~0.6664和0.5628~0.6686,平均值为0.6441和0.6452;多态性信息含量为0.6657~0.8356和0.6493~0.8340,平均值为0.7974和0.7944。全部种质与核心种质的分子标记的相关指标进行t检验,结果无显著性差异,且PCOA分析表明核心种质与全部种质具有相似的遗传多样性和群体结构,同时发现8个SSR标记(RYW5、RYW8、RYW16、RYW28、RYW40、RYW53、RYW62和RYW67)可区分190份核心种质,构建了东北糜子核心种质的分子身份证。
关键词
糜子
东北春播区
SSR
核心种质
DNA分子身份证
Keywords
Panicum miliaceum
the Northeast Spring sowing region
SSR
core collection
DNA molecular ID card
分类号
S516 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
用微卫星标记分析北方春糜子区黍稷的遗传差异
2
作者
段政勇
邢志
王海岗
陈凌
dipak k santra
王瑞云
乔治军
机构
山西农业大学农学院
山西农业大学农业基因资源研究中心/农业农村部黄土高原作物基因资源与种质创制重点实验室/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室
内布拉斯加大学林肯分校农艺系小宗粮豆研究与推广中心
出处
《山西农业科学》
2022年第4期494-503,共10页
基金
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-06-13.5-A16)
国家自然科学基金项目(31271791)
+1 种基金
山西省现代农业产业技术体系建设(杂粮)项目(2022-03)
山西省自然科学基金项目(201901D11126)。
文摘
利用80对高基元SSR引物检测北方春糜子区48份黍稷材料的多态性,用PowerMarker 3.25对多态性进行分析,用Structure 2.2对群体遗传结构进行分析,使用MEGA 5.0构建聚类图,通过PopGen 1.32进行等位基因、有效等位基因数和多样性指数的计算,用NTSYSpc 2.11软件进行主成分分析。结果表明,80个标记在48份材料中检测到206个等位变异,每个位点检测到2~3个,平均2.575个;其中,产生2个变异的位点有34个,产生3个变异的位点有46个。80个位点多样性指数介于0.6655(RYW95)~1.0786(RYW166),平均为0.8608;80个位点PIC值介于0.1850(RYW151)~0.7062(RYW111),平均为0.4536。不同地区的黍稷种质间的遗传距离为0.0286~0.0456,遗传一致度为0.9555~0.9736。基于UPGMA聚类分析,48份黍稷分为3个类群,类群Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ分别以青海、山西和内蒙古材料为主。Structure分析结果将参试材料分为4个群组,分别以青海、内蒙古、甘肃和山西材料为主。PCA主成分分析发现,第1类群试验材料均来自青海,第2类群试验材料均来自甘肃,第3类群试验材料均来自内蒙古,第4类群试验材料均来自山西。通过对北方春糜子区48份样本黍稷的遗传多样性、遗传距离和遗传一致性分析,发现青海省材料具有最丰富的遗传多样性和复杂的遗传背景。
关键词
黍稷
高基元SSR
遗传多样性
遗传结构
聚类分析
Keywords
broomcorn millet
high motif SSR
genetic diversity
genetic structure
cluster analysis
分类号
S516 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
东北春播区糜子核心种质及其DNA分子身份证构建
丁艺冰
辛旭霞
冯智尊
曹越
郭娟
dipak k santra
王瑞云
陈喜明
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
用微卫星标记分析北方春糜子区黍稷的遗传差异
段政勇
邢志
王海岗
陈凌
dipak k santra
王瑞云
乔治军
《山西农业科学》
2022
0
下载PDF
职称材料
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