小熊猫源铜绿假单胞菌耐药性和耐药基因的研究

为了鉴定小熊猫(Ailurus fulgens)肺源致病菌并研究其耐药性和耐药基因,从死亡小熊猫肺部组织中无菌分离培养致病菌,进行革兰氏染色及16S rDNA测序鉴定。采用纸片扩散法(K-B法)进行细菌药敏试验和小鼠致病性试验,应用PCR法检测分离株的28种β-内酰胺酶相关基因、6种氨基糖苷类修饰酶基因(AMEs)、外膜蛋白D2基因(oprD2)、磺胺耐药基因(qacE△1-sul1)、3种整合子基因(intⅠ1、2、3)和主动外排泵调节基因(mexR)等共40种耐药基因。肺组织样品中分离培养的1株菌鉴定为铜绿假单胞菌,革兰氏染色阴性,药敏试验对氯霉素敏感,对β-内酰胺类、头孢类、氨基糖甙类、大环内酯类、硝基咪唑类、喹诺酮类和利福霉素等均具有耐药性,小鼠表现与小熊猫相似的症状而死亡。5种耐药基因TEM、aac(3)-Ⅱ、ant(3″)-Ⅰ、qacE△1-sul1、intⅠ1为阳性,其他35种为阴性。该小熊猫肺源铜绿假单胞菌具有较强的致病性和多药耐药性,其耐药机制与5种耐药基因有关。

马来穿山甲源嗜水气单胞菌亚种的分离鉴定及生物学特性分析

为鉴定马来穿山甲(Manis javanica)腿部致病菌并研究其致病性、耐药性和耐药基因,从救护的1只马来穿山甲腿部溃烂处采集样品,无菌分离培养致病菌,进行形态学观察、革兰氏染色及16S rRNA和gyrB基因测序分析,并开展细菌药敏试验和小鼠致病性试验,随后通过PCR扩增6种毒力基因(rtxA、earA、hlyA、alt、act、epa)及19种耐药基因(5种β-内酰胺酶相关基因、6种氨基糖苷类修饰酶基因、6种氯霉素耐药基因、2种磺胺耐药基因)。结果显示:分离的1株优势菌为革兰氏阴性短杆菌,经16S rRNA和gyrB基因测序以及序列进化树分析鉴定为嗜水气单胞菌亚种(Aeromonas dhakensis),其gyrB基因序列与马来西亚分离株高度同源,推测此致病菌可能由非法走私的穿山甲从马来西亚携带至我国。药敏试验显示,其对头孢曲松、头孢克肟、庆大霉素和氧氟沙星等药物敏感,对青霉素、阿莫西林、头孢氨苄、头孢克洛、氯霉素、磺胺甲恶唑、甲氧苄啶和林可霉素耐药。4种耐药基因tem、aac(3)-II、flor、sul2为阳性,与抗生素耐药表型相符。4种毒力基因earA、hlyA、alt、act为阳性,小鼠半数致死量为3.75×10^(6 )CFU/mL。根据药敏结果使用敏感抗菌药物治疗穿山甲,其腿部患处有好转。因此,引起穿山甲腿部溃烂的病原嗜水气单胞菌亚种(Aeromonas dhakensis)可能为国外传入菌株,具有较强的致病性和多重耐药性。本研究为嗜水气单胞菌的流行病学调查及其感染的防治提供了依据。

对叶榕果实对苏卡达陆龟粪便微生物的影响

为了更好地了解人工饲养条件下,食物对苏卡达陆龟Centrochelys sulcata肠道菌群的影响,本研究采用高通量测序技术,分析比较了7只大小相近苏卡达陆龟在自主取食对叶榕Ficus hispida果实前后,粪便微生物菌群结构及其功能预测结果的变化。结果表明,Alpha多样性指数和优势菌门及其相对丰度在组间无显著差异,相对丰度>1%的菌属数量和相对丰度的组间差异显著。主坐标分析和层次聚类分析显示菌群存在明显的组间分离现象,LEfSe分析显示2组样本均有各自的标志物种。KEGG代谢通路分析结果显示,取食对叶榕果实期间,粪便菌群表现出抗生素类物质如四环素、聚酮类化合物及抗氧化活性物质甜菜素的合成显著高于非取食期间,而对环境污染物如乙基苯、双酚、阿特拉津和多环芳烃等的降解能力显著高于非取食期间。苏卡达陆龟肠道菌群对食物组分的变化具有积极的响应能力。

四种救护陆龟粪便菌群组成分析

为了解不同陆龟的肠道微生物菌群的区系特点,采用高通量测序技术,分析比较人工养殖的缅甸陆龟(Indotestudo elongata)、苏卡达陆龟(Centrochelys sulcata)、辐射陆龟(Astrochelys radiata)和豹龟(Stigmochelys pardalis)粪便微生物多样性。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、互养菌门(Synergistetes)和变形菌门(Proteobacteria)均为4种陆龟的优势菌门,与其他已报告的爬行动物优势菌门相似。虽然陆龟属于后肠发酵动物,但4种陆龟粪便样本中相对丰度排名前10的菌属(普雷沃氏菌属Prevotella、瘤胃球菌属Ruminococcus、梭菌属Clostridium等)与反刍动物瘤胃菌群有着极为明显的相似性。NMDS分析结果显示来自相似环境的龟粪便微生物差异更小,LEfSe分析显示每种龟都有着各自的标志物菌,因此导致肠道菌群差异的根本因素很大程度上取决于自身的遗传特质。氨基酸球菌属(Acidaminococcus)和费氏刺骨鱼菌属(Epulopiscium)在已报导的爬行动物肠道微生物中未见提及,但在4种陆龟中均被检测到,且个别陆龟粪便样本中相对丰度接近20%。