Orphanet数据库架构及数据获取方法与流程

Orphanet是欧盟委员会支持的研究项目之一,目前它已发展为一个多达37个国家的巨大网络,其成员国遍及全球.在此数据库中我们可查询到罕见病的临床体征、基因、分类、罕见病的药物数据集以及最新发现的罕见病和与之对应的研究报道、研究机构和专家信息.它是有关罕见病不可多得的一种独特资源,具有实时收集和更新有关罕见病知识的功能,从而改善对罕见病患者的诊断,护理和治疗.本文是对Orphanet背景简单的介绍,以及对不同模块的数据集挖掘进行指引.

cBioPortal数据库介绍及数据提取流程

肿瘤是对人类健康造成巨大威胁的一个因素,对肿瘤的不断深入研究是医学科研人员不可推卸的责任。对于缺乏数据的科研人员,医学公共数据库的广泛建立缓解了研究者长期缺乏数据的困境,大部分数据库获取数据都要经过繁琐的注册及申请流程。cBioPortal数据库无需研究者注册申请,可直接访问数据库,而且cBioPortal对数据做了可视化处理,这对研究者无疑是有益的。本文将对cBioPortal数据库进行简单介绍,以及获取数据的方法阐述。

急性心肌梗死患者短期死亡风险预测模型的构建与评估

目的 本研究的目的是识别影响急性心肌梗死(AMI)患者的临床主要风险因素,并建立死亡风险预测模型预测AMI患者的短期死亡率。方法 从MIMIC-Ⅲ数据库中收集符合纳入标准的AMI患者数据。采用随机森林算法进行变量重要性排序。结合多元logistic回归识别AMI相关死亡危险因素,并以列线图表示结果。结果 最终纳入患者4610例,90天(d)内死亡的患者共894例。研究结果显示AMI患者的死亡风险因素为年龄,肌钙蛋白T,室性心动过速,心室颤动,心肌梗死史,APSⅢ,冠状动脉搭桥手术和经皮冠状动脉介入治疗。与全球急性冠状动脉事件登记评分(GRACE),APSⅢ,序贯器官衰竭评分(SOFA)相比,本文构建的风险模型AUC最高(训练集:0.826,测试集:0.818)。Hosmer-Lemeshow拟合优度检验和标准曲线结果一致。NRI和IDI值均表明该风险模型具有显著的预测能力,DCA结果表明该风险模型具有良好的净效益,可供临床应用。结论 随机森林算法结合多元logistic回归可识别AMI相关危险因素,据此构建的模型具有良好的死亡风险预测能力,对改善AMI患者的预后有一定的指导意义。

Grazing and performance of the copepod Pseudodiaptomus poplesia on a Chinese strain of Aureococcus anophagefferens

Brown tides have recurred in estuary areas globally,but trophic interactions between the causative species Aureococcus anophagefferens and planktonic copepods remain poorly understood.In this study,we investigated performance（ingestion,growth,development and reproduction） of the planktonic copepod,Pseudodiaptomus poplesia,offered either mono-algal or mixed-algal diets containing a Chinese strain of A.anophagefferens.A typical Michaelis-Menten pattern existed between ingestion rate and food level when copepod fed on the monoalgal diet of this species.Nauplii exhibited the highest maximum ingestion rate（Imax） than copepodids and adult females.In addition,Imax value was higher in nauplii feeding on A.anophagefferens than on Skeletonema costatum.When fed mixtures of A.anophagefferens and S.costatum,P.poplesia selected against A.anophagefferens cells,but less strongly at the naupliar stage.Nauplii did not undergo metamorphosis and died at late naupliar stages feeding on A.anophagefferens alone,similar to those under starvation.Furthermore,the presence of A.anophagefferens greatly reduced the reproduction rate of females in mixtures but did not influence the growth rate of copepodids.These results suggest that P.poplesia nauplii may exert grazing pressure on A.anophagefferens population during a brown tide,which,however,may not be persistent because of copepod population decline.

ncRI数据库介绍及数据获取方法

ncRI是一个手动管理的数据库,用于记录实验验证的炎性疾病中的ncRNA,主要通过ncRNA和相关疾病相结合的方式搜索数据。数据库中包含了炎症过程中有关ncRNA的全面描述,机制和证据。目前ncRI共有11 166条记录,每条记录均包含有关ncRNA的名称、炎性疾病、机制、实验技术(例如RNA-seq、qRT-PCR)、实验样品(细胞系和/或组织)、ncRNA表达模式的详细信息(上调或下调)、参考信息等,其中包括来自2000多篇文章的1976种miRNA,1377种lncRNA和107种其他ncRNA,涉及3个物种(人类、小鼠和大鼠)。所有这些数据都是免费的,用户可以搜索、浏览和下载,ncRI数据库的目的是提供有关ncRNA及其在炎症性疾病中作用的相对全面且可靠的信息。