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长链非编码RNA TUG1在肝细胞癌中的生物信息学分析 被引量:2
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作者 朱玉翠 张晓彤 +2 位作者 周亚男 胡成进 曹源 《国际检验医学杂志》 CAS 2018年第10期1153-1157,1162,共7页
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴。方法利用UALCAN数据库分析TUG1在HCC中的差异表达,并对TUG1进行生存分析。利用RegRNA 2.0生... 目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)牛磺酸上调基因1(TUG1)在肝细胞癌(HCC)中的意义,并对TUG1进行靶基因预测,为TUG1在HCC中的进一步研究提供借鉴。方法利用UALCAN数据库分析TUG1在HCC中的差异表达,并对TUG1进行生存分析。利用RegRNA 2.0生物学软件、HMDD、targetscan、microT-CDS进行TUG1的靶基因预测,构建lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络。并运用FunRich平台对预测的靶基因进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG信号转导通路富集分析。结果 TUG1在HCC中表达明显增高,随着肿瘤分级增高TUG1的表达呈上升趋势。lncRNA TUG1低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长。TUG1上存在hsa-mir-122-5p、hsa-mir-200a-3p、hsa-mir-34c-3p、hsa-mir-629-3p这4个与HCC相关microRNAs的可能结合位点,从而调节下游245个靶基因,形成了lncRNA TUG1-microRNAs-mRNAs调控网络。在生物学过程中,microRNAs靶基因高度富集到碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢调节等过程。KEGG pathway分析中,microRNAs靶基因高度富集到Syndecan、TRAIL等介导的信号通路。结论TUG1在HCC中表达水平增高,并与不良预后有关。利用生物信息学方法,可以从分子水平探究肿瘤发生机制,可为后续实验及临床诊疗提供有价值的信息。 展开更多
关键词 肝细胞癌 牛磺酸上调基因1 靶基因 生物信息学
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基于蛋白质谱技术建立胃癌诊断预测模型及其初步验证 被引量:5
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作者 王娜娜 张婷 +2 位作者 宋御繁 胡成进 陈英剑 《国际检验医学杂志》 CAS 2018年第22期2741-2745,共5页
目的基于高通量蛋白质谱技术利用ClinProTools系统筛选胃癌患者与健康对照者的血清差异蛋白/多肽,建立胃癌诊断预测模型,发现胃癌的潜在血清标志物。方法收集胃癌患者血清标本60例、对照组血清标本60例,按照3∶1随机分为训练组(胃癌患... 目的基于高通量蛋白质谱技术利用ClinProTools系统筛选胃癌患者与健康对照者的血清差异蛋白/多肽,建立胃癌诊断预测模型,发现胃癌的潜在血清标志物。方法收集胃癌患者血清标本60例、对照组血清标本60例,按照3∶1随机分为训练组(胃癌患者45例,健康对照45例)和验证组(患者15例,健康对照15例)。采用弱阳离子交换磁珠(WCX-MB)吸附低丰度蛋白/多肽,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分析建立相应的蛋白表达指纹图谱,筛选差异表达蛋白/多肽,建立胃癌的诊断预测模型并进行验证。结果筛选出10个具有显著差异的多肽峰,差异最显著的2个多肽峰质荷比(m/z)2 952.57和m/z 5 904.36的受试者工作曲线(ROC)曲线下面积(AUC)分别为0.93和0.81。运用遗传算法(GA)建立胃癌诊断预测模型,验证组验证此模型,结果显示此模型准确性为90.00%,灵敏度为93.30%,特异度为86.70%。结论 MALDI-TOF MS联合WCX-MB能够检测到胃癌患者与健康对照者的血清差异蛋白/多肽,以此建立的胃癌蛋白质谱诊断预测模型存在着潜在的应用价值,m/z 2 952.57、5 904.36有望成为诊断胃癌的潜在血清标志物。 展开更多
关键词 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 蛋白质组学 胃癌 诊断预测模型 弱阳离子交换磁珠
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甲状旁腺激素及其他生化指标在继发性甲状旁腺功能亢进手术中的应用 被引量:5
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作者 张小会 胡成进 王延群 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第17期2128-2131,共4页
目的 探讨甲状旁腺激素(PTH)在继发性甲状旁腺功能亢进手术中的应用价值。方法 选取2017年1月1日至2018年11月30日来该院住院的慢性肾功能不全继发甲状旁腺功能亢进,并进行甲状旁腺切除手术的患者共93例,对其进行术前、术后第1天和术后... 目的 探讨甲状旁腺激素(PTH)在继发性甲状旁腺功能亢进手术中的应用价值。方法 选取2017年1月1日至2018年11月30日来该院住院的慢性肾功能不全继发甲状旁腺功能亢进,并进行甲状旁腺切除手术的患者共93例,对其进行术前、术后第1天和术后第4天血清钙、磷、全段甲状旁腺激素(iPTH)检测,并比较其变化情况。同时监测甲状旁腺切除术前、术中、术后iPTH的变化情况。比较继发性甲状旁腺功能亢进患者与50例体检健康者骨代谢指标的变化情况,包括碱性磷酸酶(ALP)、25-羟维生素D(25-OH-VD)、总Ⅰ型胶原氨基端延长肽(tPINP)、β-Ⅰ型胶原羧基端肽(β-CTx)、骨钙素(OST)。结果 术中20 min、术中30 min、术后第1天和术后第4天血清iPTH结果均较术前有所下降,差异有统计学意义( Z =-8.374、-8.374 、-8.374 、-8.374,均 P <0.001)。术后第1天和术后第4天血清磷均较术前有所下降,差异有统计学意义( Z =-8.202 、-8.371,均 P <0.001)。术后第1天和术后第4天血清钙均较术前有所下降,差异有统计学意义( Z =-7.813 、-6.190,均 P <0.001)。继发性甲状旁腺功能亢进患者ALP、tPINP、β-CTx、OST检测结果均较体检健康者偏高,差异有统计学意义( Z =-9.691、-10.373、-10.094、-9.952,均 P <0.001);继发性甲状旁腺功能亢进患者25-OH-VD检测结果与体检健康者相比,差异无统计学意义( Z =-0.50, P > 0.05 )。结论 联合检测钙、磷、iPTH及其他骨代谢指标,对肾功能不全继发性甲状旁腺功能亢进患者进行甲状旁腺切除手术有重要的指导意义,且继发性甲状旁腺功能亢进患者骨代谢指标的变化所导致的骨代谢紊乱可作为手术切除甲状旁腺的重要指征。 展开更多
关键词 慢性肾功能不全 继发性甲状旁腺功能亢进 甲状旁腺激素 甲状旁腺切除
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Rapid,specific and sensitive detection of Vibrio vulnificus by loop-mediated isothermal amplification targeted to vvhA gene 被引量:1
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作者 ZHANG Lina WANG Mingyi +5 位作者 CONG Dianxia DING Shuyan CONG Rinan YUE Jinyong GENG Jianli hu chengjin 《Acta Oceanologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期83-88,共6页
Vibrio vulnificus is an estuarine bacterial pathogen for human.The rapid,specific and sensitive detection of V.vulnificus is urgently needed for early disease diagnosis and timely treatment of V.vulnificus infection.I... Vibrio vulnificus is an estuarine bacterial pathogen for human.The rapid,specific and sensitive detection of V.vulnificus is urgently needed for early disease diagnosis and timely treatment of V.vulnificus infection.In the study,a loop-mediated isothermal amplification(LAMP) technique was developed for V.vulnificus detection with a set of primers,composed of two out primers and two inner primers targeted to vvh A gene.The optimal amplification temperature was 63°C and the reaction only took 35 min.The amplification products could not only be detected by agarose gel electrophoresis with ladder-like pattern bands,but also could be visualized using calcein with naked eye directly.Forty-five strains were tested for the specificity of LAMP assay,and all the V.vulnificus strains were identified correctly while other strains were negative results.The sensitive of the new LAMP assay was 100-fold more sensitive than the conventional PCR.Meanwhile,all the V.vulnificus strains were detected correctly in spiked,clinical and environmental samples by the new LAMP assay.Compared with other well-known techniques,the new LAMP assay targeted to vvh A gene was extremely rapid,simple,sensitive and specific for V.vulnificus identification. 展开更多
关键词 Vibrio uulnificus loop-mediated isothermal amplification vvhA gene
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肠道微生态影响肿瘤免疫检查点抑制剂疗效的研究进展
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作者 周亚男 张晓彤 +1 位作者 胡成进 曹源 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期386-389,共4页
免疫检查点抑制剂(ICIs)逐渐成为治疗恶性肿瘤的新策略,多个药物已被批准上市,但是只有10%~30%的患者受益。研究表明,肠道微生态可通过免疫调节来影响肿瘤患者ICIs的治疗效果。本文回顾了近年来肠道微生态对ICIs治疗的影响及调节作用,... 免疫检查点抑制剂(ICIs)逐渐成为治疗恶性肿瘤的新策略,多个药物已被批准上市,但是只有10%~30%的患者受益。研究表明,肠道微生态可通过免疫调节来影响肿瘤患者ICIs的治疗效果。本文回顾了近年来肠道微生态对ICIs治疗的影响及调节作用,介绍肠道微生态影响免疫治疗的可能机制,总结肠道微生态相关检测方法,对其临床应用转化的前景进行展望。 展开更多
关键词 胃肠道微生物组 非小细胞肺 黑色素瘤
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